他做学问“事必求其根柢，言必求其依据”，“无一字假”。这种学风，对乾嘉学派的形成影响很大。纪昀对他在考据学上的贡献给予很高评价：“百年以来，自顾炎武以外，罕能与之抗衡者。”江藩汉学师承记将阎若璩推为清代汉学家第一。
阎若璩的古文尚书疏证是清代考据学的一面旗帜。它与顾炎武等人横扫了当时流行的空疏无本的心学，开创了清代朴实学风，即朴学的道路，后来形成了乾嘉考据学派。
20世纪初叶，胡适、顾颉刚的疑古学派兴起，尚书被拉下神坛的同时，梅颐也被从坟墓里扯出来鞭尸。他成了一个伪造尚书的大骗子。这个伪孔传尚书，被疑古派认为不仅不能作为研究中国古史的可信史料，而且是应当痛加贬责的“伪书”，所附的孔安国传述，也被称为所谓“伪孔传”。而梅颐其人，因为他在历史中提供了这部绝版的尚书，成了一个被鞭尸并饱受苛责的文化罪人。那么，伪尚书到底伪在何处呢？
通常认为，伪尚书的硬伤有三：
一是关于文体问题，认为书中词句深浅难易似不统一。朱熹说：“孔壁所出尚书，如禹谟、五子之歌、胤征、泰誓、武成、冏命、微子之命、蔡仲之命、君牙等篇皆平易，伏生所传皆难读。如何伏生偏记得难的，至于易记的全记不得？”朱子语类卷七十八我们用脚趾头想一下，也确实如此。
二是篇章问题。梅颐本篇章与记录中的孔安国传本篇章不符。
三是孔安国其人的真伪问题。梅氏本所附“孔传”，竟然提到了汉武帝巫蛊以后事，而清儒指出，当时孔安国应当已经死了。死人还能出来写书做传，岂不是见了鬼了？于是，“鬼作传”的新名词诞生了。
梅颐功过各几分
然而，后来又兴起鸣冤派，他们认为，20世纪以来商周彝鼎金文大量出土，其文体用语与梅传尚书非常相似。如大小盂鼎、毛公鼎的金文铭文，就与梅传本中如周书诸诰的语法、用语极相类似。所以朱熹的怀疑无根据，属于瞎猜。
至于论据二更可以有多种解释。古籍流传，传抄错讹在所难免当然，笔者相当认同。尚书“武成”一篇，清儒多曾指其为确定的“伪书”。然而1976年陕西出土了一件西周青铜器“利簋”西周王室盛菜的盘子，其铭词记录武王伐商的“甲子”日期，与尚书武成所记时日准确相符。可见被清儒确认为“伪书”的，内容实不伪。这一条很有力，这个“利簋”是个什么鬼？它也是实物证据！这样一来真是难分伯仲，难定是非。
自清代以来，一些不相信疑古论点者，也一直在努力为尚书辩诬，有人对保存于各种典籍中的尚书片段，与梅氏传本作了严密对勘比较，发现其中大部分内容可信。例如王国维就认为：梅颐的尚书不可能完全出于伪造，至少也是一个晋代汇集各种残篇的辑佚本。王说：永嘉乱前，尚书仍有多种传本流行于世。到梅赜时，这些传本在民间至少仍有若干残篇在流传。梅氏本的编纂者不会不参考它们。西晋初年汲郡出土汲冢周书和汲冢周志，是记载周代历史的真实资料。梅氏本的编写者也不会不重视、利用这些史料。
两个孔安国
最为有趣的是鬼做传的问题，即被清代疑古者断为铁证的关于汉孔安国与梅本孔传年代不合的问题，经已故陈梦家考证发现：汉晋时代历史中竟然有两个都为尚书作过传的“孔安国”：一位是西汉名学儒孔安国，一位是东晋学者孔安国。然而宋、清诸儒不知道存在两个治尚书的不同孔安国，因此列举证据指责梅氏尚书中的“孔传”并非汉孔安国所传，而诋之为“伪孔传”。殊不知孔传就是孔传，只是另有一个晋人孔安国，他当然可以熟悉汉末的故事。所以此孔传仍然非“伪孔传”也。此论一出，考据派又懵圈了……，谁能想到，历史上居然有两个孔安国？他们的三条驳论里可是有两条跟孔安国有关啊！
如此看来，在疑古思潮全面逆袭的时候，阎若璩得到的一片叫好的尚书疏证也并不可靠，甚至漏洞百出。而后来的鸣冤派根据最新的考古发现已经雄辩地证明了伪孔传尚书是个假命题，至少部分是。
全面客观地评价，梅颐在古本尚书失传之际，为后人汇辑、保存了这部古籍，使已经失传的尚书得以再现和保存至今，这正是他对于中华文化的重大历史功绩，而绝不是一种罪过。毕竟，如果另有别人也献上几部尚书，比照之下，谬误也就得到纠正了，问题是，偌大天下，当时甚至以后，也就只有梅颐一人献上了尚书。
但是，请注意，这里又出现了但是！2008年清华大学入藏了一批战国竹简，被学界称为清华简，清华简中发现了尚书的部分篇章。其中尹诰和说命傅说之命两篇与梅氏尚书中的题目相同的两篇全然不同！所以梅氏尚书存在问题是必然的，只不过板子不应该打在他身上就是了。最应该打板子的不应该是秦始皇、项羽、永嘉之乱的罪魁祸首们吗？我们不应该苛求经历了秦火等战乱和诸多磨难的那样一个版本多么完美，即便古人确实是背了不少的假的尚书。
结语
清代段玉裁在古文尚书撰异里说：“经惟尚书最尊，尚书之离厄最甚。”确为至论。这场离厄到现在仍无定论。
不过，笔者还设想了一种情景：如果你能穿越回古代，见到读书人，告诉他正在背诵的尚书的某几篇是假的。他或许不仅不会尴尬，甚至还可能会对梅颐称赞有加。“这个版本好啊，”他说，“这个多好记！真的肯定很难记。谢谢梅颐了！向他致敬！”这样一来，你只能两手一摊：“好尴尬呀！”