六月，明宪宗将项忠罢职为民，过没过几天，明宪宗又恢复了西厂的设置。商辂气得请辞。秋八月，锦衣卫官校捉住了工部尚书张文质下狱，明宪宗知道后，就将张尚书给放了。冬十月，明宪宗重新设立哈密卫于苦峪谷，并给当地将士们耕牛和种子，让他们种田生产。成化十五年夏四月，明宪宗将驸马都尉马诚关进锦衣卫狱。不久，大臣马文升、牟俸事得罪了汪直，明宪宗将来进谏的李俊、御史王浚等五十六人杖打于宫门外。
秋七月，汪直替明宪宗巡视大同、宣府两大边关重镇。冬十月，抚宁侯朱永被任命为靖虏大将军，汪直则做监军。十二月，明宪宗论功封朱永为保国公，给汪直增加一年的俸禄，升赏者达二千六百余人。成化十六年春正月，明宪宗命保国公朱永为平虏大将军，王越提督军务，汪直又做监军。夏六月，明宪宗禁止天下豪强侵占民田。秋八月，明宪宗又命天下各官府存恤各地孤老。王越很快大破亦思马部众于威宁海子。冬十二月，亦思马部众进犯大同，朱永、汪直、王越率京军前往抵御。
成化十七年夏四月，亦思马部进犯宣府。五月，汪直监督军务，王越被任命为平胡大将军，抵挡亦思马部。秋七月，明宪宗命边关各地镇守总兵、巡抚听从汪直、王越的节制。十一月，明宪宗没钱花，就取出太仓陈银三分之一纳入内帑。这一年，安南黎朝大王黎灏进犯老挝宣慰司，明宪宗给安南王赐敕令晓谕他退兵。成化十八年六月，亦思马部又进犯延绥，汪直、王赵调兵抵御将他击败。
成化十九年秋七月，迤北小王子进犯大同，总兵官许宁抵御他，却遭到了失败。明宪宗只好命朱永为镇朔大将军，率京军御敌。八月，小王子进犯宣府。气得明宪宗贬汪直为奉御，他的徒众王越、戴缙等人全都遭到了贬黜。这个月，朱永大败小王子于大同、宣府。冬十月，明宪宗召朱永班师。成化二十年春正月，明宪宗再度敕令群臣修身自省。又下诏让天下减少进贡的物品，同时加强边备。六月，宪宗又下诏廷臣，今后盛暑和严寒之际上奏之事不得超过五件，因为他身体不太好，打理不了那么多事情。这年冬天，达延汗也称大元汗，即小王子再度进犯兰州、庄浪、镇番、凉州等地。
成化二十二年秋七月，小王子进犯甘州，指军使姚英等战死。冬十一月，占城被安南所侵，占城王子古来跑到京师来投奔。夏四月，明宪宗再命群臣修身自省，这个月朵颜三卫的兵马为避那孩部进犯，奉旨全部迁入辽东，明宪宗命他们在附近的边塞牧马生活，并给予米粮和布匹。秋七月，宪宗封皇子朱佑杬为兴王，还有四个儿子也封了王，佑杬就是明世宗嘉靖帝的老爸。八月，明宪宗大病不起，皇太子朱佑樘替他在文华殿理事，没过几天，宪宗就驾崩了，终年四十一岁。九月就葬入了茂陵，他的陵号居然和汉武帝一样。
史书上说他年幼的时候早早就做了皇太子，后来因为他爸爸英宗搞出个木土堡之变，他叔叔景泰帝称帝后，废掉了他的储君之位，后来他爸爸恢复皇位，又将他提为了皇太子，他做皇帝之后，并没有践踏叔叔景泰帝，而且还给景泰帝上了尊号，又抚恤了忠臣于谦之冤，重用了大批贤良辅臣，可以说他是恢弘有人君之度也！
他把这些元老大臣放在朝堂，任人唯贤，又经常以天戒来警示自己，朝堂之事还是非常谨慎的，天下的税赋也比较少，比起仁宣之治也是可以媲美的，只是他宠爱万贵妃、重用西厂汪直，使得一些小人盗窃天子的威柄，甚至到了弄兵行恶的地步，可宪宗还是非常明断，能及时后觉，并制止这种蒙蔽和蛊惑，只是他时常还是比较心软，如果运气不佳的话，酿成的祸患真是可畏也！明宪宗的书法和绘画都非常厉害，有着名的《一团和气图》，他的画作居然还被后世称之为“吉祥三宝”。
明宪宗在位期间，东北女真部的建州三卫假借进贡之名，频繁来京师讨要巨额的赏赐，气得宪宗不愿意再为他们“劳费实多”，于是就下旨限制他们入京拿便宜土产进贡，这使得建州三卫对宪宗的“小气”大为不满，于是就纵兵在边地大肆劫掠，宪宗无奈只能下旨“犁庭”，两次出动大军深入东北腹地，沿途一路进行招抚和征剿，并修建了东州、马根单、清河、碱场、叆阳、凤凰、镇东、镇夷等堡垒进行防范，又命忠诚属国李氏高句骊出兵助剿，建州三卫从此元气大伤，直到一百五十年后，后金崛起才再一次成为了明廷的心腹大患。
明宪宗在位时，还有一件事也备受后世诟病和非议，就是宠爱一度在他人生最灰暗时期保护过他的万贵妃，也就是叔叔景泰帝在位的八年，景泰三年他被废了太子之位，于是过上了五年被废黜冷落的可怜生活，所以后来他为了万贵妃他甚至可以“因妃废后”，后世有人把他这段刻骨铭心的“姐弟恋”说成是“恋母癖”。
因为万贵妃和他的生母周太后居然是同岁，明宪宗三岁时，就一直是二十岁的万贞儿陪伴他，两人差不多相恋了三十八年，直到万贵妃去世的那一年，痴情无比的明宪宗也很快就驾崩了。即位十年，也就是明宪宗二十九岁那年，亲信太监给他梳头，他对着镜子中早生华发的自己，感慨自己尚无成活的子嗣，也曾感叹
“老之将至矣！奈何江山可托何人？”#图文夏日征集令#
后来有人将五岁的明孝宗抱到他面前的时候，他才认为自己的人生从此踏实了，可见明宪宗其人完全不像一个威严的天子，为了爱人冲动废后，为了儿子苦恼，为了报恩对嫡母钱太后尊崇有加，被叔叔废黜薄待，居然还能做到往事如烟，以德报怨，并公正对待一代忠臣于谦，不得不说明宪宗在冷酷的帝王之中，倒是一个真正善良的性情中人，看官们你们认为历史上还有比他更良善仁慈的君王吗？
苏州端午节为何是“端阳祭伍”，为何后世无人敢说伍子胥是叛臣？