铁掌帮命人追来，郭靖只能背着黄蓉前往瘴气林，裘千仞等人无奈只能止步瘴气林外。黄蓉在瘴气林中发现阵法，两人走出阵法找到一木屋，两人求助前往木屋暂时休息，在这里碰到了神算子瑛姑。黄蓉看出瑛姑的算术之题答案，瑛姑也惊讶黄蓉的天资聪慧。裘千仞千里传音希望瑛姑帮忙寻找瘴气林中的郭靖黄蓉，瑛姑质问郭靖黄蓉两人身份，郭靖坦诚两人是洪七公弟子，因为闯入铁掌山被裘千仞所伤，瑛姑告诉裘千仞自己自会料理两人。瑛姑为黄蓉把脉发现她被裘千仞的铁掌功所伤，不出几日就是大限。郭靖不满瑛姑如此说法，本想带黄蓉出去求医，瑛姑不满两人随便进出，两人交手时瑛姑绝望发现自己十余年苦练的武功还不如郭靖。
瑛姑道出黄蓉所受之伤如今世上只有一人可以救，只是那人肯不肯施救就不得而知了。在郭靖的恳求下，瑛姑给了两人三个锦囊，临别之际发现黄蓉是桃花岛黄药师之女，提醒她九花玉露丸虽是圣药却不可多服。郭靖带着黄蓉离开瘴气林，从锦囊中得知黄蓉所受之伤只有段皇爷能救，两人赶往桃源县求见段皇爷。段皇爷得知黄蓉是黄药师之女且也是洪七公之徒，看到她身受重伤同意帮她疗伤，段皇爷耗尽毕生修为，施展绝学一阳指救治黄蓉，黄蓉感激对方救命之恩，拿出桃花岛圣药九花玉露丸赠送。不想段皇爷服用九花玉露丸后竟然中毒，段皇爷从郭靖黄蓉口中得知他们是因为瑛姑相告才找到自己，也猜出九花玉露丸是瑛姑暗中下毒，目的就是为了要毒害自己。段皇爷并未责怪两人，只当这是在了断他和瑛姑之间的因果。
二十二年前，华山论剑之后，九阴真经归于全真派王真人保管，王真人担心无法防备西毒欧阳锋抢夺九阴真经，来大理和他互传一阳指，而陪同王真人前来大理的正是周伯通。周伯通闲来无事在皇宫游荡玩耍，在皇宫偶遇了刘贵妃，两人来往之间突破禁忌。段皇爷看在王真人的面上放过周伯通，警告周伯通再也不要再来大理。他也愿意成全两人放刘贵妃离开，但是周伯通不知对方贵妃身份，更后悔自己所作所为，道歉后匆忙离开大理。后来瑛姑在书房独自生下一男孩，后来孩子被人所伤，瑛姑前来求段皇爷救人，但是段皇爷最终没救孩子，后来因为愧对瑛姑将皇位传给段家人之后出家为僧。虽然瑛姑的孩子不是段皇爷所杀，但也确实是因为他的嫉妒和冷漠而死，两人的恩怨一直是困扰段皇爷的心结，如今也算可以解开。瑛姑午夜前来寻段皇爷寻仇，郭靖现身劝说瑛姑放过段皇爷，眼见瑛姑不听劝说，郭靖只能动手阻拦瑛姑动手杀人。却不料段皇爷用一阳指困住郭靖，这些年他一直等着瑛姑前来，就怕等不到瑛姑来了解这段因果。段皇爷让瑛姑亲手了解自己，但是瑛姑想到这些年来段皇爷对自己的好，还是不忍亲手杀了对方。
裘千仞追随而来，瑛姑意外发现裘千仞的笑声和当年杀了自己儿子的笑声一致，才知道当年是裘千仞杀了自己儿子。当年裘千仞为了华山论剑少一个对手，才动手伤了孩子，希望段皇爷救孩子而耗尽修为。瑛姑想要杀了裘千仞但是却不是对方对手，裘千仞不仅伤了瑛姑，更感谢对方让黄蓉前来求医，不仅让段皇爷中了毒更耗尽了真气。
郭靖黄蓉现身阻拦裘千仞杀害瑛姑，裘千仞更是动了心思想要杀了黄蓉乱了黄药师的心智，到时候华山论剑他就能再少一个对手。黄蓉知道郭靖难以伤了郭靖，只能和他联手戏弄裘千仞，让对方有所提防，而段皇爷现身让裘千仞以为对方功力尚在，裘千仞只能暂时离开。瑛姑已经放弃寻段皇爷寻仇，只求对方能日夜为自己死去的孩子超度。瑛姑意外从黄蓉口中得知周伯通已经出岛，劝说瑛姑留着性命去寻周伯通，和对方一起去杀裘千仞。九阴真经最后几章是梵文，郭靖得知九阴真经或许可以帮助段皇爷疗伤，主动默写下九阴真经，助段皇爷疗伤。段皇爷也答应帮忙翻译梵文，待他研究好也会传授郭靖黄蓉两人。
金人节节败退，完颜洪烈收到六道密旨密令催他回朝，若是还不能拿到武穆遗书扭转败局，圣上大怒他和杨康父子也没有好日子过。杨康表示江湖高手都会在八月十五前往嘉兴醉仙楼比武，郭靖和江南七怪一定会前往，杨康表示这是他们夺回武穆遗书最后的机会。
江南七怪知道全真教和黄药师之间的误会，为了江湖不起纷争，几人前往桃花岛去寻黄药师解释此事。江南七怪来到桃花岛，但因为黄药师不想见几人，他们只能被困在桃花岛大阵中无法找到黄药师。段皇爷照着九阴真经的功法修炼，或许用一个月就能有五年之功，他将功法交给郭靖，让郭靖转交洪七公修炼，或许能让洪七公打通奇经八脉恢复武功。郭靖和黄蓉辞别段皇爷前去寻师父洪七公，
洪七公让郭靖和黄蓉回桃花岛问清事情真相，柯镇恶这里有他和周伯通看顾，郭靖临别之前将段皇爷翻译的九阴真经交给洪七公，让洪七公修炼此功来修复奇经八脉恢复功夫。
郭靖和黄蓉来到桃花岛，在黄蓉母亲的墓地发现了江南五怪其他师父们的遗体，黄蓉遍寻岛上没有发现爹爹黄药师的踪迹，郭靖怀疑是黄药师用九阴白骨爪杀了他的师父们，黄蓉认为黄药师如今生死未知，郭靖凭什么迁罪于自己爹爹。黄蓉希望郭靖能冷静一些，待找到黄药师之后再下定论。情绪崩溃的郭靖想要亲手将师父们埋葬，恰在此时他听到是四师父的声音，疯癫的四师父临终前恢复神志，本想告诉郭靖谁是害死他们的凶手，但最终未能给出完整信息，郭靖却认定杀人凶手就是黄药师。郭靖虽然知道黄蓉无辜，但是如今她是自己的仇人之女，郭靖无法再和黄蓉在一起。
黄蓉拿出岛上的醉生梦死酒，让郭靖喝过酒后忘记自己，去寻她爹爹报仇，甚至回草原做金刀驸马。郭靖表示如果有一天自己死于黄药师之手，也希望黄蓉不要难过。郭靖埋葬好师父们，与黄蓉断情打算就此离开桃花岛。郭靖离岛时碰上全真教等人，全真教等人得知江南五怪惨死桃花岛，也准备去寻黄药师报仇。
全真教广发英雄帖约黄药师一战，黄药师得信后来赴约，但是全真七子压根不是黄药师的对手，柯镇恶也来为兄弟们报仇，洪七公拦住郭靖，表示黄药师不是滥杀无辜之人，如今能不杀柯镇恶和全真教之人，说明他并非是杀害江南五怪得凶手，如今郭靖气怒之下不愿相信，始终将黄药师视为仇敌。郭靖补上天罡北斗阵，联手全真七子向黄药师报仇，黄药师不惧几人，马钰质问黄药师可曾杀害谭师弟和周伯通师叔，黄药师不屑解释，郭靖却出面告诉众人谭道长死于欧阳锋之手，而周伯通也没有死。如今全真教与黄药师的仇也算了了，郭靖打算单独和黄药师算师父们的仇，黄药师并不承认杀了江南五怪，黄蓉来此为爹爹解释，她知道黄药师不会杀了江南五怪。洪七公出面劝说众人暂时休战，莫要让外人看中原武林的笑话。
洪七公不相信黄药师杀了江南五怪，劝说郭靖将此事查清楚，而黄药师也到此时才得知有人趁他不在桃花岛将江南五怪尽数杀了诬陷自己。完颜洪烈、欧阳锋带着杨康等人来到醉仙楼，丘处机要杀了杨康这个认贼作父之人，全真七子和欧阳锋相对，郭靖在黄蓉的有意激将之下，也下场同全真七子一同作战。杨康和王府四大高手联手对付柯镇恶，眼见柯镇恶受伤，黄蓉现身救下柯镇恶。
郭靖与欧阳锋对阵中途周伯通也赶来相助，周伯通看到欧阳锋欺负全真教师侄和郭靖，却不想欧阳锋压根不愿和他对阵，直接退场离开。随后完颜洪烈命令金兵围攻众人，大家只好暂时躲进醉仙楼。杨康逼迫郭靖交出武穆遗书，郭靖不愿连累大家，准备自己出去周旋，让马钰道长带着武穆遗书和大家离开此处。黄蓉不舍郭靖出去送死，全真教也愿意留下相助，黄药师索性提议和洪七公一同出去对阵，不想柯镇恶提出新的办法能救大家出去。