杨康等人察觉异常，进入醉仙楼查看发现郭靖等人行踪全无。原来柯镇恶本就是嘉兴人，曾与醉仙楼掌柜颇为熟识，后来掌柜为了防止意外在后厨挖了一条通往外界的密道。柯镇恶带着大家逃出生天，全真七子告辞离开，黄药师也带着洪七公前去寻找调养之地。
杨康带着王府四大高手拦住郭靖索要武穆遗书，郭靖誓死不愿拿出武穆遗书，眼见裘千仞也现身相帮杨康，郭靖出手和裘千仞对战，杨康趁机抓住柯镇恶为难郭靖，他以柯镇恶性命威胁郭靖拿出武穆遗书。郭靖不忍大师父命丧杨康之手，拿出武穆遗书交换，此时周伯通和黄蓉现身相帮，黄蓉告诉当年裘千仞欺负瑛姑，让周伯通出手教训裘千仞，而她则趁机救走柯镇恶。
黄蓉将柯镇恶带到一个破旧铁匠铺休息，还特意给了柯镇恶疗伤之药。柯镇恶虽感恩于黄蓉的救命之恩，但兄弟几人都死于黄药师之手，他还是打算杀了黄蓉让黄药师知道失去至亲之痛，他也打算随后撞死在黄蓉身旁以酬今日之情。此时黄蓉察觉金人来此，带着柯镇恶避入暗处。
完颜洪烈带着杨康等人来此休息，随后欧阳锋也带着傻姑来此会和，欧阳锋表示傻姑是黄药师得意弟子曲灵风的遗孤，他打算用傻姑来钳制黄药师。黄蓉为了护住藏身暗处的柯镇恶，主动现身人前，黄蓉为了支开欧阳锋，故意将黄药师参透九阴真经怪文一事道出，以此诱惑欧阳锋前去相帮正被全真教为难的黄药师，欧阳锋并未完全相信黄蓉所言，只答应次日再动身离开。
黄蓉找到傻姑问话，问及她被带离桃花岛之前的事情，得知当日黄药师安排江南七怪暂时留在岛上，而他则离岛寻黄蓉，吩咐傻姑在岛上迎接全真七子。黄药师离岛后，杨康等人就来到桃花岛，他们发现傻姑行踪，从她口中得知江南七怪也在桃花岛上。黄蓉猜出是杨康等人杀了江南五怪，毕竟她知道爹爹不会将别人的尸身留在娘亲墓地里。
黄蓉道出欧阳锋和杨康杀了江南五怪，故意留了柯镇恶一口气，就是为了将此事诬陷给黄药师。为此黄蓉拿出二师父临终前手中紧握的翡翠小鞋，此物是穆念慈比武招亲的信物。柯镇恶得知真相气怒不已，欧阳锋等人也察觉动静，黄蓉为了护住柯镇恶故意套话傻姑，让她道出曲三酒馆中瘸腿鬼被杀一事。杨康本想杀了傻姑杀人灭口，欧阳锋急于知道真正护住傻姑。
面对黄蓉的询问，傻姑道出杨康杀了瘸腿鬼欧阳克一事，黄蓉也道出当日自己所听所见，杨康气怒黄蓉毁了自己大事，出手想要杀了黄蓉却被她身上软猬甲所伤。此前黄蓉曾被临死前的四师父打过一掌，不想软猬甲上沾了毒液，刚好杨康被伤也因此中毒。欧阳锋为了给侄儿报仇告诉完颜洪烈等人杨康已经中了蛇毒，若被中毒人抓伤也会染上此毒。
完颜洪烈恳求黄蓉看在穆念慈的面上救下杨康，但是黄蓉表示欧阳锋的毒无人能解。王府众人见杨康必死无疑，带着完颜洪烈迅速离开此处。杨康汲汲营营一生，最终惨死此处，临死前悔恨未能和父母、穆念慈平安度过一生。次日一早，黄蓉面对欧阳锋质问坦诚昨日撒谎，道明昨日请欧阳锋出面救爹爹只是为了帮他寻到杀害欧阳克的凶手。欧阳锋有意知道九阴真经的内容，以柯镇恶的性命逼迫黄蓉，黄蓉答应跟着欧阳锋离开，临别前交代柯镇恶一定要保重自己。
丘处机和郭靖寻到此处发现了柯镇恶，郭靖看到杨康惨死，心中悲痛。丘处机也自责未能教育好杨康，郭靖亲自安葬了杨康，以全两人兄弟之情。靖联合丐帮众人一同寻找黄蓉，但是连续一个月他们也未能找到黄蓉线索。郭靖和鲁有脚北上寻找黄蓉意外碰到金兵和蒙古兵对战，郭靖出手助蒙古兵打败金兵。郭靖再见托雷，托雷询问郭靖可愿一同返回草原，郭靖犹豫不决，鲁有脚让郭靖先回草原见母亲，他带着丐帮兄弟们继续寻找黄蓉，有消息会尽快通知郭靖。
郭靖重回草原，母子相见两人都非常开心，郭靖告诉母亲自己这一年的经历，李萍看出儿子喜欢黄蓉，但也担忧郭靖与华筝公主的婚约问题。郭靖想要向大汗说出实情解除婚约，李萍表示无论儿子做出什么选择，她都支持儿子。
郭靖前来拜见大汗想要取消和华筝公主的婚事，各位王子认为郭靖三番两次想要取消和华筝的婚事太过羞辱他们，想要出手教训郭靖，华筝现身维护郭靖，甚至不惜以自尽的方式逼迫父兄让步。华筝询问郭靖她哪点不如黄蓉，眼见郭靖不愿回答，她表示自己会一直等着郭靖。铁木真给郭靖一个戴罪立功的机会，让郭靖跟着他一同去西征，铁木真还封郭靖为那颜，给他一万人马跟随他们出征。郭靖对行军打仗一窍不通，但想起岳飞的武穆遗书，郭靖苦心钻研，希望能有所帮助。鲁有脚和陆冠英得知郭靖即将西征，两人前来寻郭靖准备相助，丐帮等人未能寻到黄蓉消息，陆冠英告诉郭靖师祖已经前往白驼山寻欧阳锋了，让郭靖莫要担心。眼下宋蒙联合攻金，丐帮和归云庄的英雄好汉都前来相助。
郭靖对武穆遗书中的很多兵法都不甚理解，鲁有脚主动为郭靖一一解释，也因此郭靖迅速成长，成功夺得一战胜利。郭靖再次请教鲁有脚兵书问题，鲁有脚还是推辞到明日再解说，郭靖起疑跟随鲁有脚，却意外在树林碰到来此寻找黄蓉的欧阳锋。欧阳锋想要拿下郭靖逼迫黄蓉现身，两人对阵引来丐帮众人，而欧阳锋也不慎被郭靖打伤，为了不引人注意，他只能暂时离开。
铁木真因为攻打撒马尔汉城失败而动怒，如今进退两难，鲁有脚提出建议，郭靖从其中也猜出这是黄蓉出的主意，让鲁有脚带自己去见黄蓉。鲁有脚眼见瞒不住郭靖，只得带他前去见黄蓉。鲁有脚告诉郭靖帮主就在秃木峰山顶，郭靖为了见黄蓉不惧被摔死的风险，一次次试图攀峰。鲁有脚不忍郭靖受伤，给他出主意让他利用羊腿搭建攀岩梯子顺势爬上山顶。郭靖与黄蓉再次相见，两人相拥一解思念之情。郭靖因为自己此前误会黄药师和黄蓉而道歉，也坦诚对黄蓉是真心相对。郭靖询问黄蓉如何逃出来，黄蓉解释她故意带着欧阳锋前往归云庄，利用归云庄的八卦阵困住欧阳锋，趁机逃走。后来黄蓉想重回桃花岛，但是欧阳锋一路追拦，她只能一路向北来草原寻郭靖。她潜入军营，而欧阳锋为了找她也潜入蒙古族军营，为了不给郭靖添麻烦，黄蓉才一直没有寻郭靖。
郭靖让黄蓉日后就陪在自己身边，再也不要离开自己。黄蓉察觉欧阳锋也来附近，故意和郭靖提起九阴真经，她表示自己会译好的九阴真经默写出来，而为了防范欧阳锋她们也不能将九阴真经带离山顶之外。欧阳锋听到两人对话，决定在山顶等着两人。郭靖和黄蓉从山顶下来后，就顺便将羊腿搭建的梯子烧毁，势必要将欧阳锋困死在山顶。欧阳锋在山顶等到半夜也没发现郭靖和黄蓉，他大骂两人不讲诚信。