李建成带着两万人，在长安城北城这边守了一天，眼见长安城内杀声震天，自己这边却毫无动静，心中一直不是滋味，但是军令在身，也不敢随便乱动。到了亥时末，李建成接到探子传来的消息，有一队千余人的隋军，连夜出了芳林门，往东边逃去。李建成大喜，点起一万人马，便亲自带人追了上去。阴世师等人在城内跟唐军斗了一天，到此时已经精疲力竭，李建成没费多大的劲，便将阴世师一行人给活捉了。李建成连夜带着代王杨侑、韦保峦、阴世师几人，从北面进了长安城。
李世民接过隋军的防守后，便让士兵连夜寻找代王的下落，结果一番寻找之后，这才从隋军口中得知，韦保峦、阴世师两人，带着代王从芳林门出逃了。李世民正准备带人前去追击，李建成带着代王杨侑进了皇城，李世民大喜，便与李建成两人商议了一下，先让代王杨侑仍然回到寝宫去休息，李建成亲自带人看管好他，又将阴世师和韦保峦两人关押了起来，等天亮后再交由李渊发落。
唐军攻下长安城的第二天，李渊在太极宫与代王杨侑见了面。十一月十五日，李渊立代王杨侑为皇帝，在天兴殿即皇帝位，改元义宁，遥尊远在江都的杨广为太上皇。隋帝又授李渊为假黄钺、使持节、大都督内外诸军事、尚书令、大丞相，加封唐王。李渊与民约法十二条，以武德殿为丞相府，改“教”称“令”，视事于大兴殿虔化门，一切事务“咸归相府”。同时设置丞相官属，以裴寂为长史，刘文静为司马，李纲为司录。十一月十八日，榆林、灵武、安定诸郡都派遣使者前来请求任命。十一月十九日，杨侑下诏：凡军政事务无论大小，以及文武官员的任职无论贵贱，典章制度的执行惩处，全部归丞相府处理，只有在郊外祭祀天地，以及四季祭祀祖先时，要上奏杨侑。十一月十九日，平凉留守张隆归降，平凉虽仍被薛举围攻，但是张隆孤身一人逃出平凉，李渊感其忠义，仍命他为平凉留守；十一月二十一日，河池太守萧瑀以及扶风、汉阳郡相继来归降李渊，李渊封窦璡为工部尚书，燕国公；封萧瑀为礼部尚书，宋国公。
李渊又上奏隋帝，封李建成为唐国世子，李世民为京兆尹、秦国公，李元霸为卫国公，李秀宁为平阳郡主，又封在晋阳留守的李元吉为齐国公。仍命韦保峦为滑国公，削职在家养老，韦义节出任礼部侍郎，屈突寿、屈突诠二人也都有分封。李渊又命人去把卫文升找来，并扬言道：“老夫与他卫家，乃两世交情，老夫倒想问问他，为何要掘我祖坟、烧我家庙”！李世民等人虽然劝阻，但李渊却是不听，执意让人去召卫文升。使臣去到卫家，得知卫文升已死了数日，使臣怕卫文升诈死，强行开棺验尸，这才发现卫文升真死了，便回来告知了李渊。李渊听到卫文升居然死了，一腔怒火顿时无法发泄，只得命人将阴世师和骨仪，连同他手下几名挖掘李氏祖坟的下属，一起给判了斩立决，并择日处决。
攻下长安城后，李渊忙着跟各位王公大臣打交道，李建成在一旁协助他，应付朝中的公务。李世民、李秀宁、李寿等人，先是将鄠邑的军队、晋阳的军队、投降的隋军，共计二十多万人马，进行了合并。在京兆郡下面的十个县，每县各置一员正将两员副将，带四千人马守护县城；在长安城周边，设东、南、西、北四个大营，每营三万人，东营主将李秀宁，南营主将李寿，西营主将李世民，北营主将柴绍；又在长安城中分置前、后两禁卫，前禁军三万人，负责长安外城的守护，主将李元霸；内禁军两万人，负责长安内城的守护，主将李建成。
李世民、李秀宁等人，一边调整军队，一边带人修复长安城中，被损坏的房屋，一边治疗受伤的士兵，一边清理隋军残留在城中的各种防守设施。长安城中的老百姓，见到唐军军纪严明，便都放下心来。又见之前城中的一应防守之物，都被清理走了，街市上便慢慢有了生气，整个长安城，也逐渐的热闹了起来。
李秀蛾因军功被封为行军总管，仍在李秀宁帐下任职。李秀蛾对这个行军总管倒是不在意，却对自己和李元霸攻长安城时，首登之功被李世民部下得了，很是不服气。这天李秀宁、李秀蛾、李元霸、柴绍四人，忙完军务后，回到柴绍当初在长安城的院子，李元霸见李秀蛾有点闷闷不乐的样子，便安慰她道：“这首登之功有什么好争的，咱们下次再夺回来就是了”！柴绍笑道：“秀蛾不是在意这功劳，是不服气输给了二哥”！李元霸好奇地问道：“我们怎么就输给了二哥？阴世师的主力，可都被咱们给牵制了，哪就输了啊”！柴绍叹了口气道：“你呀！就知道一个劲的往前冲，也不知道算一下帐！你看看啊，这首登之功，是二哥得了吧；先打进长安城的，也是二哥的军队；代王和阴世师，是大哥捉住的；就连骨仪，都是李寿叔拿下的；你们再算算你们自己的帐”！柴绍这么一说，李秀蛾更郁闷了，李元霸脑子转了一下，这才反应过来，顿时便也是一脸的不服气。
李秀宁白了一眼柴绍道：“就你会算帐，行了吧！本来这事就够让人心烦的了，你还来加油添醋的”！柴绍被她这一通埋怨，只得做了个鬼脸，来掩饰自己的尴尬。李元霸越想越不舒服，便想去找李世民说说理，李秀宁叫住他道：“现在事情这么多，你帮不上忙就算了，就别再给二哥添乱了！反正这长安城是打下来了，还计较那么多干嘛”。李元霸听了她的话，虽然不去找李世民评理了，但仍旧心有不甘，柴绍便宽解他道：“你们这是受盛名所累！阴世师在你们手下败了几仗，所以把你们当成死敌了。他把主力都调过来对付你们，结果让二哥钻了空子占了便宜。大哥就更轻松了，一个守株待兔，就得了一大功。这人啊，有时候吧，都是命，没办法强求的”。李秀蛾哼了一声道：“我才不信命呢！要是按命数算的话，我就是一乡下女孩！天生给人当丫头的命！现在不也上战场立功了”？李元霸连连称赞道：“说得好！说得对！咱们才不信命数那一套呢”！柴绍本来想宽解一下他们的，结果反倒把他们的好斗之气给激起来了，这下就更尴尬了。李秀宁笑他道：“早跟你说了！你就不会拍马屁！更不会安慰人！还非要来显摆”！说罢便举起粉拳，装作要打他的样子，柴绍一个闪身，躲过了李秀宁的拳头，叹了口气、摇了摇头、尴尬一笑，李秀蛾和李元霸见了他这副怂样子，也开心地笑了起来。
李秀宁跟几人说道：“听说阿爹今天要处理几个人，你们都知道吧”。柴绍连忙点了点头道：“是啊，除了阴世师、骨仪，和几个挖李家祖坟的，还有一个是晋阳那边的人，听说叫什么李靖吧”。李秀蛾连忙问道：“这人怎么没听说过啊？老爷干嘛不肯放过他”？柴绍想了一下道：“听说这人原来是岳丈大人的手下，当初在马邑郡当郡丞，又与你们李家是同宗，岳丈大人本来对他很是看好的，把很多重要的事情，都交给他去办理了。结果听说这人忠心隋朝，反倒收集了很多岳丈大人造反的证据，从晋阳逃了出来后，准备到江都去告岳丈大人的状。只是他没想到，长安到江都的路，都被叛军给断了，只得滞留在了长安城。现在岳丈大人拿下了长安城，肯定是要治他的罪了”。李秀宁叹了口气道：“这人也算是忠义之士了，再说他犯的也不是多大的罪，怎么就不能放过他呢”？柴绍想了一下道：“我猜岳丈大人，是最恨这种叛徒吧。当初岳丈大人有多器重他，现在就有多恨他，应该是这样了”。李秀宁想了一下道：“不行，咱们得去劝劝阿爹，让他不要再乱杀人了！咱们刚拿下长安城没多久，现在最重要的是安定人心。阿爹让人去找卫老将军来问话，结果去到卫家的人，给卫老将军来了个开棺验尸！这事在长安城中，肯定已经传遍了，要是再弄出这种报私仇、泄私愤的事情来，只怕长安城中，人心更是不稳的”。柴绍几人听了后，也都点头称是，于是跟着李秀宁，一起前往丞相府，去找李渊求情。
李秀宁几人刚到丞相府门前，便见到李世民也正要进府，李秀宁便与他说起了李靖的事情，李世民高兴地说道：“我来找阿爹，也是因为这事！这个李靖啊，是不可多得的人才，我正准备求阿爹放过他呢，你们来了正好，咱们一起都去劝劝他吧”。于是几人一起进了丞相府，找到了李渊，说明了情况。李渊听到他们这么一说，便跟他们解释道：“这个李靖，我是知道的，他能从咱们眼皮子底下逃出来，足见这人确实挺有能力的。但是这种人呢，如果不能为我所用，那就是大祸害！咱们如果今天心软放了他，将来指不定会给咱们，造成多大的麻烦呢”。李秀宁想了一下道：“那想办法让他臣服不就好了？当年诸葛亮为了让孟获臣服，都能对他七擒七纵，咱们何不效仿一下”？李世民大喜道：“此计确实可行”！李渊见他们都是这个意见，便也不再坚持，跟他们说道：“那行吧，我跟你们一起去，看看这个李靖到底是何态度。他若仍是不肯归降，我倒要看看，他有几颗脑袋”！说罢一行人便去往刑场。
李渊一行人到了刑场，监斩官先是斩了阴世师、骨仪一干人等，轮到李靖时，李靖虽跪在地上，但仍不服的叫道：“我是大隋的臣子，吃得是大隋的俸?。食君之?，当忠君之事！见到有人犯上作乱要造反，我难道不应该有所作为吗”？李渊见他还不服气，便想让人斩了他，李世民连忙反驳李靖道：“我们是举义兵，清君侧，怎么是犯上作乱了！你再执迷不悟，就不要怪军法无情了”！李靖听后沉默不语，李秀宁见他已经悔改之意，便进一步劝道：“我听说将军一身本领，乃是将帅之才，可在大隋朝中，却无施展的机会，以至于到今天，仍是一事无成。难道将军还不明白，这大隋已是病入膏肓，无药可救了？将军真打算为了这腐朽的大隋朝，葬送自己一生的理想吗？将军还请三思啊”！李靖听后，长叹了一口气，闭上双眼，还是一言不发。李渊故意大声叫道：“刽子手，准备行刑”！李世民和李秀宁也连忙求情道：“还请父帅三思”！李靖又长叹了一口气，缓缓睁开双眼，抬起头看着李渊，大声道：“明公兴起义兵，本是为天下除去暴乱，怎么没有完成大事，而以私人恩怨斩杀壮士呢”？李渊见他终于服软，哈哈一笑道：“说得好！说得对！现在天下还没平定，怎么能因为一点私人恩怨，就斩杀壮士呢”！说罢便让人给李靖松绑，李世民连忙向前，给李靖松了绑，并扶他起来。李渊又对李靖说道：“你我之间的恩怨，现在一笔勾销！你先到我儿世民帐下，听命用事，将来若有功勋，老夫自不会亏待于你”。李靖这回死里逃生，自是无话可说，低头应了一声喏，便随李世民去了。李渊见李靖的事情处理好了，便和李元霸一起回了府。
李秀蛾见李世民又收了一员大将，回到城外大营后，便不服气地跟李秀宁说道：“主帅，二少爷的手下，人是越来越多了！可咱们呢，人可是越来越少”！李秀宁笑问她道：“你要那么多人干嘛？你真想当大将军啊”？李秀蛾撅着嘴说：“我也不是想当大将军，就是有点不服气”！李秀宁知道她是想证明自己，所以心里才会有点不服气，便安慰她道：“咱们先别想这么多，等长安城安定下来后，我想跟阿爹说说，把你跟元霸的婚事先给办了，你们也不小了，是该考虑这件事了”。李秀蛾听到这个，顿时满脸通红，嘴上虽说着没事没事，心里却美滋滋地。