公元318年，司马睿在建康正式登基称帝，是为晋元帝。追谥司马邺为“晋愍帝”，立司马绍为皇太子，加封王导为骠骑大将军，王敦再加封一个江州牧，其余百官依次受封。

当他坐在御座上，接受众臣的朝拜，享受着山呼“万岁”时，竟然跑下御座来，拉着王导的手说：“来来来，王爱卿你与朕一同坐这御座吧！”王导吓了一跳，连连摆手拒绝。

可司马睿却依旧不依不饶地要他上来，王导只得说道：“皇上，您是君，我是臣，怎么可能同朝而坐呢？太阳之所以光芒照射着大地，正是因为它高高在上，倘若它也和寻常事物一样，我们又如何能感受到太阳的温暖呢？”一番话说得司马睿大为感动。

司马睿又赏了建康城中劝进他的大小官员乃至百姓，因此获利的竟有十万人以上。而琅邪王家则在这次封赏中一跃成为江南第一大士族，并历经东晋、宋、齐、梁四朝不衰。

随着琅邪王家的功高震主，东晋变得动荡不安，长期处于一种军阀林立、派系倾轧的状态。而正是这种状态导致了东晋早期一直疲软无力，对于北方只能以消极防御为主。

而在北方，刘聪沉溺美色，让儿子刘粲做大单于，总掌朝政。刘粲害怕他的叔父刘义夺他的权力，用收买、恐吓等手段叫人诬告刘义谋反。

又用严刑逼迫氐、羌首领自诬与刘义共同谋反，结果引起氐、羌十余万落的反叛。刘聪等残酷地掠夺和压迫各族人民，加上连年的自然灾害，阶级矛盾日益尖锐。都城平阳“流叛死亡，十有五六”，司隶部所属汉人，20万户逃到河北，3万人逃到河南。

刘聪死后，大臣靳准发动政变，刘聪的子孙全被杀死。一些大臣逃出平阳，拥立坐镇长安的刘曜为帝。318年，刘曜遣兵至平阳，族灭靳氏，迁都长安，改国号为赵，史称前赵。

而在辽北，鲜卑各部争斗。其中与刘琨合作的段部鲜卑也在公元318年5月，称刘琨要自立为帝，自己奉了东晋的密诏，将叛逆之徒刘琨处死。刘琨死的时候是四十八岁，同时遇害的还有他的四位子侄。

公元319年，石勒在河北称赵王，都襄国，史称后赵。

刘琨殒命北疆，作为他的挚友——北伐中原的祖逖也即将在孤独与愤慨中走向了生命的终点。祖逖在巩固了河南之地后，便有心东进收复山东，北上收复河北。可是山东被乐陵太守邵续所占据。

于是，祖逖便把目光继续调转到石勒的身上，准备北上进攻河北。石勒此时还与他人作战，为了防止腹背受敌，进行求和。

多番因素考虑之下，祖逖还是同意了石勒的请求，开放边境，允许互市，并宣布不接纳后赵叛逃过来的人。然后祖逖挥师西进后，先后夺取了成皋和虎牢关等地。