九月十五日己丑，御史冯三元列举了辽东经略熊廷弼八条无谋之过和三条欺君之罪。熊廷弼请求朝廷对他免职。杨涟上奏说：“对辽东经略的评价终究无法抹杀他的功劳，但同情辽东经略也不能掩盖他的过失。熊廷弼的功劳在于艰难支撑，使辽东暂时安宁了一年；过失在于面对长期衰颓的局面，无法振作，对实现全面稳固无良策可施。”二十二日，御史张修德建议将熊廷弼贬谪流放。熊廷弼上书请求朝廷审查其是否有守辽之功。
户部科道官员王继昌奉旨参与讨论，上奏说：“熊廷弼遭人诟病有三个方面，一是熊廷弼以粗暴谩骂下属的方式展示其威势和魄力，导致将帅们无法被有效调动，也就无法取得军事上的成功。二是最初未能充分利用辽东本地人的力量，而是过度依赖外来援兵，这些援兵又对辽地造成严重破坏，导致人心背离，失去了民众的支持。三是熊廷弼大规模调集全国各地的兵力，耗费了巨额财力，军队在行进过程中，对沿途驿站承受巨大压力，同时军队叛兵在逃亡过程中肆意劫掠、奸淫，给沿途百姓带来了深重灾难。”
熊廷弼请求免职的奏疏中写道：“辽东官军三路覆没，开原再次失陷，我仅率领几百疲弱士兵匆忙出关，到达杏山时又得知铁岭失守。那时，辽东士民认为辽东必亡，纷纷夺门逃走；文武官员认为辽东必亡，各自暗中准备马匹打算逃走；各道官员认为辽东必亡，派开原道韩善、分守道阎鸣泰等官员前往沈阳，他们均不愿前往，阎鸣泰甚至半路痛哭而返；辽西地区认为辽东必亡，计划加强海州三坌河防守，以固守广宁门户；关内地区认为辽东必亡，都不愿转运粮饷而留给自用；全国士民都认为辽东必亡，不愿发放军器火药，以免落入敌手；各级大小衙门认为辽东必亡，担心敌军直逼京师，日夜忙着转移家眷财物；朝廷内外官员都认为辽东必亡，要么主张固守京城门户山海关，要么提议戍守海州作为辽阳退路，戍守金伏作为山东防线。连敌人都认为辽东必亡，打算在此建都。当时人心惶惶，情况危急，危在旦夕，而如今辽东局势转危为安，地方安定，朝廷上下安然无事、安然自卧，这绝非前线不练兵、不部署、不安抚，只靠专注于打嘴仗、滥用刑罚的朝中大臣所能达成的。至于指责我统兵十余万却未能大胜或小胜敌军，未能杀敌擒酋，反而害民失地，遭敌人嘲笑，确实存在这样的遗憾。但说到杀敌擒酋之事，在当时的兵员将领条件下，实在不宜轻易谈及。之前因朝廷催战导致张承允牺牲、杨镐三路大军惨败，在这样的教训面前，我此刻怎敢轻率行事”等等。
于是熊廷弼交还印信，静候朝廷处分。熹宗皇帝命令解除熊廷弼的职务，让他返回原籍接受审查。十月十日，朝廷任命袁应泰为辽东经略。
熊廷弼在辩解奏疏中陈述：“去年秋天，辽阳以北各城人口逃散，如今在沈阳、奉集以南，不仅原本逃走的民众陆续回归，而且开原、铁岭、蒲河以南，每日聚集大量人口，各地商客也日益增多，这是当地人口情况。清河、抚顺、开原、铁岭、蒲伊汛等地均被敌军攻占，虽然尚未收复，但沈阳、奉集、宽叆、醮阳、长永、宽奠等地曾被弃守的城池、堡垒现已重新驻守，辽阳更不用说，这是当地城池状况。去年秋天，辽阳仅剩孱弱的骑兵四五千人、川兵一万人，沈阳驻军万余人，现今援兵、募兵总计达十三万，各堡开始屯兵，各城逐渐加强防御，这是当地兵马情况。自去年八月至今年九月，当地总共耗费白银二百三十一万余两，米豆一百余万石，不知大臣们奏疏中说的我‘一年虚耗八百万’从何而来，这是当地的钱粮情况。各类军器中，除上疏向内库及各边军索取的部分不计外，我制造的大炮中，重二百斤以上的数百门，八九十斤至百斤的数百门，百子炮上千门，三眼铳、鸟铳七千余支，此外还有盔甲、胸甲、臂盾、甲梁、战车、枪刀、弓箭，以及钢轮、火人、火马、火罐、钉獗、盾牌等，数量以千万计，这些是当地武器装备情况。每一项物资都是我大声疾呼、奋力争取所得，每一件事都是我废寝忘食、呕心沥血所办理，每一处防守区域都是我亲自踏勘、亲手规划。辽东地区各项事务复杂困难，有的疆臣几年都无法妥善处理，我一年之内就全部承担起来，身为臣子实属不易。近年来朝廷议论纷纷，全然不顾当地军中实际情况，仅凭塘报中敌情的缓急来论断。前年冬天至今年春天，敌军因冰雪将领而攻势稍缓，有人便哄然宣称敌军疲惫、财力匮乏，急催官军作战，战败后又哑口无言，不敢再提一个‘战’字。现在看到我刚将局面稳定下来，那些原本沉默的人又开始起哄，急切要求开战。这些人不过是个矮之人在现场观察，又看不清楚，只知道附和别人，没有一点真知灼见。至于当初启用李如柏、李如桢，裁撤巡抚、增设巡抚，起用赞画、阅科，讨论督护等事宜，无一不是朝廷言官们提出的建议，却没有一项见效。地方事务应当由地方官员处理，他们身处险境，性命攸关，又肩负重任，自然会尽心妥善处置，何必用一些空话、套话话干扰他们，一旦地方官与朝中大臣意见不合，他们又勃然大怒。如果今后朝中议论仍然如此不切实际，那么经略大臣将无法施展手脚。这是我对后继经略大臣、其他封疆大吏以及整个国家的忧虑。”
译者注：1.原文中的“交代”，古语中既有交接的意思，也有解释的意思，此处译为辩解。
2. 原文中的“钢轮”，此处应指钢轮地雷。戚继光在万历八年四月造压发钢轮引爆装置，并在书中对这种装置的用法有较为详细的记载：该种钢轮地雷以填满火药的石炮为炸弹，将机关布置在敌军必经之路上，敌军触发机关后，绑在滚轴上的重物坠落，滚轴带动两端的钢轮旋转摩擦火石点火，以此引燃地雷的药线。
3. 原文中的“火人”，在《孙子兵法》的《火攻篇》中指一种火攻战法，就是点燃敌人的营栅，焚烧其士卒。这里的“火人、火马”，应该是指戚继光所着《武备新书》中记载的一种火攻器械，即以木人、火马、天雷炮并以木为人，缚於马上，饰以纸甲胄，而藏炮於腹，以火爇马尾，使之冲敌。
4. 原文中的“矮人观场”，意为只知道附和别人，自己没有主见，也形容见识不广。
5.熊廷弼作为晚明时期的关键军事人物，他在辽东经略任上面临了极为严峻复杂的内外挑战。冯三元和王继昌等人对其提出了严厉批评，主要集中在熊廷弼的领导风格、用人策略、军事行动及其对辽东地区社会稳定的影响等方面。他们认为熊廷弼的管理方式被认为过于严苛，缺乏有效的激励机制，导致将领之间难以协同作战，且过度依赖外部援军，忽略了本地力量的整合与动员，同时也加重了地方经济负担，引起民心浮动。
熊廷弼择在辩解中强调了他在接手辽东局势时的危急程度，以及通过一系列努力，包括恢复秩序、招募兵马、加固城池、补充军备等措施，使得辽东局势得以暂时稳定，人口有所回流，经济和军事力量有所增强。然而，他也承认在具体战役中的确未能取得预期的胜利，正是这一点受到多方质疑和责难。
从熊廷弼的言论中，不难看出出当时朝廷决策与前线实际的重大脱节以及言官们对战局判断的主观性与表面化，朝中皇帝和大臣们往往根据一时的敌情变化随意鼓吹战略调整，而忽视了战场实际和长远规划。
熊廷弼的经历和遭遇凸显了晚明政治体制的问题，尤其是中央与地方关系的紧张以及决策层在军事战略上的短视和摇摆不定。倘若熊廷弼能够在一个更为理性、高效且支持前线决策的朝廷中枢领导下，或许能在辽东的战略布局上发挥更大作用。