白莲教在民初被禁止，洪武、永乐年间，川、鄂、赣、鲁等地多次发生白莲教徒武装暴动，有的还建号称帝，均被镇压。明中叶以后，民间宗教名目繁多，有金禅、无为、龙华、悟空、还源、圆顿、弘阳、弥勒、净空、大成、三阳、混源、闻香、罗道等数十种，有的一教数名。它们各不相属，教义、仪轨颇多歧异，信奉的神极为繁杂，有天宫的玉皇、地狱的阎王、人间的圣贤等等，最受崇奉的是弥勒佛。

白莲教教徒经常烧香、诵偈、信奉弥勒佛和明王。他们的经典有《弥勒下生经》、《大小明王出世经》等等，为了适应下层百姓白天劳动的实际情况，白莲教徒多是“夜聚晓散”，愿意入教的人不受任何限制，不分贫富、姓别、年龄，男女老少只要愿意均可加入，“男女杂处”。到了明末清初，白莲教逐渐在教理方面趋于完备，教义也更加体系化。

正德年间，开始出现了对无生老母的崇拜，又有“真空家乡，无生老母”所谓八字真言。据称，无生老母是上天无生无灭的古佛，她要度化尘世的儿女返归天界，免遭劫难，这个天界便是真空家乡。各教派撰有自己的经卷，称为宝卷。统治者认为这些不同的教派实际上仍是白莲教，民间也笼统地称它们为白莲教。

白莲教认为世界上存在明与暗两种互相斗争的势力。前者代表善良和真理，后者代表罪恶与不合理。弥勒佛降世后，光明就将最终战胜黑暗。这就是所谓“青阳”、“红阳”、“白阳”的“三际”。教徒们侍奉“无生老母”，信奉“真空家乡，无生老母”的八字真言。无生老母先后派燃灯佛、释迎牟尼佛、弥勒佛下去。他们分别在每一时期统治着人类世界：

青阳时期是由燃灯佛统治着的初际阶段，那时还没有天地，但已有了明暗。明系聪明智慧，暗系呆痴愚蠢；

红阳时期是由释迎牟尼佛统治着的中际阶段，那时黑暗势力占上风，压制了光明的势力，形成“大患”，这就是所谓“恐怖大劫”的来临，这时弥勒佛就要降生了，经过双方的决斗，最后光明驱走了黑暗。

白阳时期是由弥勒佛统治着的后际阶段，明暗各复本位，明归大明，暗归极暗。

初际明暗对立，是过去。中际明暗斗争，是现在。后际明暗各复本位，是未来。教首们宣传，人们如果信奉白莲教，就可以在弥勒佛的庇佑下，在大劫之年化险为夷进入云城，免遭劫难。待彻底摧毁旧制度，破坏旧秩序后，即可建立新的千年福的境界，那时人们就可以过安居乐业的好日子了。

白莲教认为现阶段（即中际），虽然黑暗势力占优势，但弥勒佛最后一定要降生，光明最后一定要战胜黑暗。它主张打破现状，鼓励人斗争。这一点吸引了大量贫苦百姓。使他们得到启发和鼓舞。加上教首们平日的传授经文、符咒、拳术、静坐、气功为人治病等方式吸收百姓昄依，借师徒关系建立纵横联系。

为何说白莲教奇葩呢？宋朝反宋，元朝反元，明朝反明，清朝反清。新中国大力打击邪教，开发民智，白莲教失去生存的土壤。

明朝中叶，明朝吏治逐渐腐败，人民流离失所，白莲教反抗的烽火便又一次燃起。当时白莲教徒许多居住于太原，他们在明政府的追捕下不得不逃入蒙古，投靠到蒙古酋长俺答汗的手下。

在俺答汗那里，白莲教徒成为了汉奸，积极为俺答汗进攻内地出谋划策。白莲教徒赵全等人极力撺掇俺答汗攻入内地，夺取汉人江山，重建元朝。为此，白莲教徒们还向俺答汗行三拜九叩之礼，尊称他为“大元皇帝”。这还不算，白莲教徒还为蒙古人刺探情报，制造攻城武器，削弱了明朝边防。然而这些白莲教徒并没有得到俺答汗的真正信任，当蒙古与明朝讲和后，这些白莲教徒就被当做“和解礼物”送给了明朝，而明朝也不客气，将他们全部杀死示众。

在天启二年也就是明年，白莲教的徐鸿儒还在山东起义，起义持续了190天才被明朝剿灭；但是徐鸿儒起义被扑灭后，当时尊奉徐鸿儒为领袖的白莲教徒还曾跑到沈阳找到黄台吉，希望黄台吉能够出兵帮助白莲教灭明，白莲教教徒还对黄台吉表示白莲教愿意“反明复金”。

黄台吉虽然没有同意关内白莲教的提议，但是黄台吉依然给这些白莲教教徒相当的资助。而白莲教也把山东、北直隶的情况全盘告诉了皇太极。

虽然白莲教没能完成灭明大业，但是客观上他们也为清朝入关出了一份力。