曹操终于完全在东郡站稳了脚跟，接下来的目标是青州黄巾军。青州黄巾军号称拥兵百万，攻城掠地，抢劫世家豪门。青州刺史臧洪得境内世家支持率兵镇压，黄巾军被迫跨地区流窜，向北进入幽州，向南攻下任城，兵锋直指东平，兖州的安全形势急转直下。兖州刺史刘岱决定亲率大军，要与黄巾军对阵厮杀，结果率军出击，陷入重围，兵败被擒，不久后被杀，成为继韩馥之后第二个倒下的诸侯。

黄巾军战胜刘岱过后，直逼曹操的根据地东郡，曹操积极整军备战，兖州失去刘岱群龙无首，出现了权力真空。济北相鲍信此前就一直非常赏识曹操，在他的劝说下刘岱手下的人共迎曹操为兖州牧。当时活跃在兖州地区的黄巾军人数有数十万之众，甚至有些人是拖家带口，在刘岱面前是人多势众，但在曹操面前都是乌合之众，没多少战斗力。曹操代理兖州牧之职后，与鲍信合兵攻打黄巾军，要一举将之荡平。最后攻打黄巾军的战斗胜利了，迫降三十万人，不幸的是鲍信战死，十九路诸侯已去其三。

曹操平定了兖州地区的黄巾军后，他将投降的三十万人中的青壮挑选出来全部收编到自己军中，并加以精心操练，这便是史上有名的青州兵。被淘汰下来老弱妇孺安排到兖州各地屯田，这种方法早被秦锋应用上了，只是秦锋收取十分之二的收益，而原创者曹操收税五成。青州黄巾兵之前人数众多还不堪一击，主要是缺乏组织和严格训练。曹操经过一番收编整顿，任命夏侯惇、曹仁两人为正副统帅，青州兵迅速脱胎换骨，成为了一支战斗力很强的军队。曹操有了兖州一州之地作为地盘，又有了青州兵，粮草不缺，他渐渐脱颖而出成为一方霸主。

公孙瓒谋夺冀州不成，后又听闻青州黄巾军攻打渤海聚众三十万，欲与黑山军会合，公孙瓒率步骑两万人在东光大破青州黄巾，斩首三万余。青州黄巾军丢弃辎重，奔走渡河，公孙瓒半渡而击之，再次大败黄巾军，死者数万，俘虏七万余人，车甲财物无数，此后公孙瓒名声大震。公孙瓒身为北平太守与幽州牧刘虞是面和心不和，公孙瓒自持兵力强大，便放纵自己的部队，肆意妄为掠夺百姓，而刘虞则对百姓十分仁爱，体恤民间疾苦。两人在对待幽州北面的少数民族问题上，公孙瓒主张武力征剿，刘虞认为征剿太过于耗费钱粮主张抚慰，他们的关系越来越恶化，越来越矛盾重重。

孙坚在讨董行动中屡遭打击，饱受冷眼，又损失大将祖茂，对各诸侯不思进取，心怀鬼胎，感到失望透顶心灰意冷。联军解散后他率军返回吴郡富春老家体养，吴郡都尉许贡代替太守盛宪迎接和设宴款待孙坚及其手下一干文武。酒席过后许贡向盛宪进谗言，污蔑孙坚携军到吴郡是来者不善，建议盛宪夜间动手除去孙坚一众人，盛宪心动，招集城中兵马准备夜间三更行动袭击孙坚营帐，杀死孙坚和他手下的文武干将。丹阳人朱治时任吴郡军司马是孙坚旧部，忙将消息传递给老长官孙坚。孙坚将计就计擒杀许贡，盛宪逃走，孙坚顺势接管了吴郡兵马，主政吴郡，也算是有了一席之地。

南阳太守袁术因不同意袁绍立汉室宗亲刘虞为帝的建议，导致两兄弟积怨翻脸反目成仇。袁绍原本想立刘虞为帝抗衡董卓，遭到曹操和刘虞本人抵制，希望得到袁术的支持，但是袁术观汉室衰微，早已心怀异志，不愿意拥立成年的汉朝皇帝，于是托辞国无二君，另立新帝容易造成国家分裂的公义否决了袁绍的提议。袁绍非常生气，派周昕去豫州抢地盘，袁术转而与公孙瓒以及陶谦结盟，与袁绍相互争霸。袁绍联合曹操打击袁术，袁术兵败于匡亭，一路由雍丘退到阴陵，他率领余部前往九江郡，杀死了扬州刺史陈温而自领扬州牧，又兼称徐州伯，封部将张勋、桥蕤为大将军。同时驱逐他堂兄袁遗，致其败走沛国，又被溃兵所杀。

豫州刺史孔伷联军瓦解后，不久病逝于谯县家中。兖州刺史刘岱因粮草不济，向东郡太守借调粮食，乔瑁推辞不予，刘岱引军突入乔瑁营中，杀死乔瑁，尽降其众，同时任命王肱接任其职担当东郡太守。杀人者人恒杀之，刘岱又死手黄巾军之手。善恶终有报，天道好轮回，莫说刑罚远，苍天饶过谁？

河内太守王匡、陈留太守张邈、北海太守孔融、广陵太守张超、汝南太守张杨、西凉太守马腾、徐州刺史陶谦回到辖地，碌碌无为，偃武息戈，饮酒弄风月，起舞论文章。