随着董卓完全掌握洛阳城的军权，董卓的狼子野心就逐渐的暴露出来了。压迫朝廷罢黜刘弘司空之职，任命自己为司空。董卓又认为先前迎接圣驾时，少帝刘辩哭哭啼啼，语无伦次，亳无人君之像，相反陈留王刘协聪明有智慧胆识过人，更适合为帝。董卓知道刘协是董太后抚养长大，董卓自以为是，他与董太后是同族，心中对刘协甚是欢喜，萌生要废去刘辩、拥立刘协之意。

董卓召来众谋士商议废立皇帝之事，袁绍表示不同意。接着又说：“朝中大多数人恐怕都不会同意这件事。”董卓闻言大怒，拔剑在手，继而威胁道：“天下大事难道我不能决定，今日就要这么做，我倒要看看谁人不服，是嫌我董卓的刀剑不快不够锋利吗？”袁绍反唇相讥：“天下之大豪雄众多，难道就只你有刀剑，只有你董卓厉害吗？”说完袁绍拿起案几上的佩剑离去。董卓知道袁绍名气声望地位，也拿他没有办法，任由其退出。原何进亲信鲍信曾建议袁绍设计伏杀董卓，袁绍不纳，鲍信怕事情败露，连夜逃离洛阳城。

董卓对立刘协为帝之心仍然不死，固执己见，又将废立之事与太傅袁隗相询，袁隗同意，袁绍害怕董卓秋后算帐，因而弃官逃亡至冀州勃海郡。

翌日，董卓在朝会上提出废立之事，并以前汉昌邑王刘贺为例，自比霍光，满朝文武只有尚书卢植站出来抗辩，董卓被顶撞得无言以对，气得罢朝散会。事后董卓想寻找机会要杀害卢植，但被杨彪、袁隗劝阻，卢植只得弃官逃亡回乡。

满朝公卿文臣武将迫于董卓兵锋的压力，选择沉默无言，又失去袁绍、卢植的反对，少帝刘辩命运已经注定。五日后黄辰吉日董卓在崇德殿主持废立仪式，太傅袁隗将刘辩扶下御座，解下其龙袍官冕，手棒玉玺印绶转交给刘协，然后扶十岁的陈留王刘协坐上龙椅，宣告正式登基，是为献帝。贬刘辩为弘农王，驱逐出皇宫，逼迫其离开洛阳上路去往弘农藩属地，紧接着董卓又让人弹劾责问何后害死董太后的罪行，将她迁入永安宫中。董卓自封太师，可谓是一人之下，万万人之上，志得意满，行事更加肆无忌惮。

两日后，董卓指使皇宫侍卫对在万安宫中的何太后下毒，使其中毒身亡。董卓霸道的不允许朝廷为何太后举办丧礼，而是让刘协到洛阳城内奉常亭表示哀悼，公卿大臣们穿白衣上朝三天。随后没过多久天弘农传来刘辩身死的消息，实际上又是董卓的手笔，他派手下谋士李儒在刘辩府中灌毒酒将其毒死。随着何进何苗何太后相继死亡，东汉最后一个外戚专权的势力彻底烟消云散。东汉虽然没有了宦官、外戚，但军阀林立，东汉犹如风烛残年的老人，浑身毛病，离寿终正寝不远矣。

董卓初入朝延急需得各阶层的认可，首先遥封远在幽州的幽州牧刘虞为大司马，董卓由司空改任太尉，兼领前将军，加节，赐斧钺、虎贲，更封郿侯。政治上，董卓为第二次党锢之祸”中被捕遇害的众多党人平反，为被诬陷为叛贼的陈蕃、窦武沉冤昭雪、恢复名誉。恢复所有无辜被害人的爵位，并提拔他们的子孙为官。任人选官方面，董卓亲近士人，征召名士入朝为官，授予黄琬司徒、杨彪司空、马日磾司马缓和朝廷老臣对他看法，又选拔大量名士韩馥、刘岱、孔伷、张咨、孔融、应劭、张邈担任地方太守，甚至不计前嫌，对厌恶自己而弃官而走的袁绍、王匡、鲍信等人授以太守，以示和解。可谓是用心良苦，终是无法掩盖其豺狼本性。

董卓性格残忍，乱用刑法立威。往往借题发挥将得罪自己，以前看不起自己或者自己厌恶的人要么活活将其乱棍打死，要么中途劫杀。董卓趁着何太后遗体下葬的时候，开启文陵（汉灵帝陵墓）时，让人偷取其中珍宝。董卓放松对手下兵士的约束，违反军纪、犯罪的士兵不予惩罚，放纵士兵在洛阳城内劫掠富户，搜刮财物，奸淫妇女。董卓自拜相国，有“入朝不趋，剑履上殿”的特权，又封自己的母亲为“池阳君”，设置令、丞，却杀害何后母亲“舞阳君”。自此董卓在朝廷中的权势已经如日中天。