这件事情在曹操的幕府里影响比较恶劣：漂亮的女人一向是亡国祸水，夏商周三代，一个妹喜，一个妲己，一个褒姒，一朝一个，都葬送几百年的基业。而就是这个甄氏，把袁绍给害死了吧。
大家都敢怒而不敢言：曹操性情多变，现在和你称兄道弟，心里面说不定就想着怎么看你脑袋搬家。可是孔融敢！没过两天，就当大家以为此事已经过去了的时候，孔融的一份考古发现呈到了曹操的面前：
武王灭商，苏妲己并不像历史上说的那样被赐死，而是被赏赐给了周公。
历史八卦，是个人就感兴趣，何况曹操也算是个文化人，自然颇为欣喜。于是问道，耶？真有此事啊？从哪里考证出来的？
孔融的回话简单明了：
不过是从现在发生的事情倒推上去，想当然耳。
这件事情有一点人身攻击的意思，曹操不太高兴，但也没对孔融怎么样。却没想到接下来，他做什么孔融反对什么。
建安十年公元205年，曹操征乌桓，孔融立刻上书：“大将军远征，萧条海外。昔肃慎不贡楛矢，丁零盗苏武牛羊，可并案也。”
说曹操这次远征，可以将当初肃慎商周时北方的蛮夷不向周武王敬献生长在北方的树木，苏武在匈奴辛苦放了好几十年却被丁零偷走的羊都连本带利地讨回来了。
人都怕苦怕累更怕死，谁都不喜欢打仗。可是大多数人讲话都比较委婉，满口德政、养民的去劝曹操。孔融的同事贾诩就这样：小事睁只眼闭只眼，大事迂回曲折地劝，看着老板要发飙，赶紧转身就跑。毕竟，乱世里，也只能独善己身，他们都是实用主义者。
只有孔融抱着理想原来的样子。他实在又直率，人家避重就轻，他专拣重要的事、难听的话讲，显示出了极差的人际关系技巧。本来，孔融行走江湖这么多年，不该如此不懂人情世故，可是，在他的时代，在汉末虚伪的“孝”，与曹操虚伪的“忠诚”与“大度”中，他忍得太久。现在，他宁愿去死，也不想再忍了。
孔融的时代，实行察举孝廉的制度。孝悌能够换得官做，所以出现了造假“孝子”的狂潮：有声称为父母守孝二十年，表面上不结婚、不喝酒的，转眼却在墓道里生了五个孩子。有故意犯罪，把官让给弟弟做，博取世人的称赞之后以换得更大的官的……
孔融的老板曹操，讲有容乃大，讲周公吐哺天下归心，可现实中却派了密探去监听臣下家里的密谈；大臣和他意见不合弄不好就被拖出去打屁股，以至于有人为了不受侮辱上朝都带着毒药。
这样的状况下，一个聪明人要不然就该处江湖之远，隐于深山。要不然就在朝廷随波逐流，混口饭吃。可是孔融，他痛心疾首，于是他选择对抗一切，不管那是否是对的。他的逻辑是这样的：既然他的对抗能让这些不正常的人不舒服，那么这些行为一定具有普遍正确性。
作为九卿之一，孔融上朝的时候不遵朝仪，不带礼帽，甚至溜达溜达去了后宫……
孔融曾经对祢衡说，父亲对于孩子有什么恩德呢？他不过是为了满足自己的情欲；母亲对孩子有什么恩德呢？孩子在她的肚子里就像是东西放在缸里，取出来了也就算了……
终于，曹操对他开始感到头疼了——愤青可以容忍，因为他们有愤怒，但是没有社会影响力。可是老愤青就要严格管制了，因为这些人不但自己愤而且还能带领大家一起愤，这就叫社会不安定因素了。孔融既不懂得柔顺，又不想闭嘴，只能杀了。
建安十三年，曹操的秘书班子安给孔融的罪行拟定妥当。一共四条，哪一条也不是必死的重罪：
1少府孔融，昔在北海，见王室不静，而招合徒众，欲规不轨，云“我大圣之后，而见灭于宋，有天下者，何必卯金刀”。
2及与孙权使语，谤讪朝廷。
3又融为九列，不遵朝仪，秃巾微行，唐突官掖。
4又前与白衣祢衡跌荡放言，云“父之于子，当有何亲？论其本意，实为情欲发耳。子之于母，亦复奚为？譬如寄物缶中，出则离矣”。既而与衡更相赞扬。衡谓融曰：“仲尼不死。”融答曰：“颜回复生。”
孔融看到这份罪状的时候心里一定没有太多波澜，对于一个生无可恋的人，死未必是一种惩罚，他甚至可能带有一种悲壮的殉道感——犹如后来本可以苟且逃生的谭嗣同选择血染菜市口。
孔融是这个时代最后一个儒者，尽管不合时宜，但是他还是笃行所奉行的儒家精神。他像是个剑客，单枪匹马地想要恢复一种早已远去的时代精神，却和与风车作战的堂吉诃德一样，成为这个时代一个孤独而怪异的骑士。
黑格尔在《逻辑学的序言里曾经说过，假如一个民族觉得它的国家法学、它的情思、它的风习和道德已变为无用时，是一件很奇怪的事情……就像一座庙，其他各方面都装饰得富丽堂皇，却没有至圣的神那样。
有的人，一辈子也不会发现这样荒唐的虚无。但孔融，过于聪明，又过于理想，在这样充满挫败感的时代，真正能够给他带来存在感的，大概也只有死亡。
孔融之死，妻子皆被诛。他用自己的生命结束了儒家理想在这个时代实现的可能。
只是可怜了他的两个小儿子，和孔融年少之时何其相像的两个聪慧的孩子。得到父亲被治罪下狱的消息时，两人正在下棋，脸上毫无惊慌之色。没有人知道这两个当时一个七岁一个九岁的孩子的想法。知道的，只是这两个本可能和孔融一样在中国的历史上再闪耀几许光芒的孩子，用超越年龄的镇定留下的一句千古名言：
覆巢之下，焉有完卵。