现在不能肯定，燕王何时才开始下定决心对抗朝廷。据有些材料说，他在道衍和尚后名姚广孝的影响下很早就有和朝廷对着干的意思按，道衍是明太祖派到他的王府里来任事的，并博得了他的信任。道衍据说在朱允炆被封为储君以后曾向燕王进言，说他注定会有九五之分他并且鼓励燕王谋划进一步实现他的雄心壮志。当建文朝廷开始清洗他的兄弟们的时候，燕王马上觉察到他的地位危殆，因而他就商于道衍这时道衍已是他的主要顾问和谋略家，应该采取什么步骤来对付这一威胁。12燕王已经用招降蒙古士兵的办法扩充了他的部队，同时他又和那些对新皇帝已不再抱幻想的宦官内外勾结起来。可是他还无意立即行事，因为他的三个儿子正在南京作为人质，以保证他不乱说乱动。与此同时，双方的间谍和代理人来回打报告。燕王在1398年和1399年搞了许许多多鬼把戏，又是装病，又是装疯，请求遣反他的儿子们。直到1399年6月朱允炆才准许他的几个儿子回到他们父亲身边历史学家们把这一决定称为愚不可及燕王这才决心用军事行动抗命朝廷了。

敌对行动爆发于1399年7月末那时有个忠于建文朝的军官抓到了属于燕王藩国的两名下级官员，并把他们送往南京以煽惑罪处死。燕王抓到了把柄，利用这个机会在8月5日向邻近几个州县发动军事进攻，借口要清除朝廷里的奸佞官员。这标志着在朝廷和燕王之间开始了一场血腥的、持续三年的军事对抗后来这场战争被掩饰而说成是“靖难”之役。13

为了给他的叛乱设词辩解，燕王在后来几个月内精心策划了几篇文告：它们包括在1399年8月和12月致朝廷的两封信，以及后来给官民一体知照的宣言。这位藩王坚持说，他正在进行的是终止内乱的正义行动，而且无论衡之以儒家的孝道，还是衡之以规定诸藩王义务的祖训录中的条款，他的行为都是对的。14他指责皇帝，特别是指责他没有把他父皇的病情告知他，没有让他奔临丧葬另外，还指责他毁坏先皇所居之宫室，从而背弃了洪武帝的祖训。

他还指责皇帝受齐泰、黄子澄等宵小之臣的诱惑，对诸皇子进行了迫害，并且错误地指控他在做军事准备来反对皇帝。他争辩说，他所采取的行动是正当的自卫，同时他要求皇帝去掉左右的奸诈顾问们，恢复太祖皇帝的法律和制度。除此之外他还声称，他有义务来执行这次惩戒使命，因为他是马皇后所生的最年长的健在儿子，就责无旁贷他指天誓日地否认他对帝位感兴趣，只是说他是本诸祖训录中的规定而开始清除朝廷中的小人官员的。

根据现代历史学家所提供的材料，他的任何指责是否有充分的事实根据，或者他是否真正能够在当时就把这些论点公诸于世，是值得怀疑的。可是，这些指责对燕王来说却是关系成败的问题最终地它们要使他对抗朝廷的行动站得住脚，并且还可帮助他纠集能够抗命的人马。这就是为什么这位藩王在篡夺皇位以后要窜改历史记述，把那些和他的言论相矛盾的记载统统去掉，换上支持他的合法继承权利的一些历史说词。15

朱允炆从小聪明好学，极其孝顺。十四岁时，朱标生病，朱允炆小心侍候，昼夜不离开一步。这样持续了两年，洪武二十五年1392年朱标病死，朱允炆被立为皇太孙。朱允炆守孝时因过度哀伤而消瘦，朱元璋安慰说：“而诚纯孝，顾不念我乎”。

朱允炆由于自幼熟读儒家经书，所近之人多怀理想主义，性情因此与父同样温文尔雅，即长皆与宽大著称。洪武二十九年，朱允炆曾向太祖请求修改大明律，他参考礼经及历朝刑法，修改大明律中七十三条过分严苛的条文，深得人心。

1368年2月，朱元璋开始为王朝定下传统，即立朱允炆的父亲朱标为太子，因为朱标是他的长子。朱元璋的目标是为皇位的合法继承树立一个正式的原则，希望以此杜绝将来在皇位继承问题上的纷争。朱标在许多方面都不像他的父亲：他性情温和而有教养，但不很勇武。明太祖虽然对他的第四子朱棣的军事才能有很深的印象，但为了王朝的利益，他仍把朱标看作最恰当的继任人选。使皇帝震悼不已的是，朱标在他的盛年37岁时即1392年5月17日死去，谥号懿文太子。按照原则，嫡长子不在则应立嫡长子嫡长孙，但是朱标大儿子早夭，而朱元璋看到嫡长子次孙朱允炆表现的十分孝顺而很是喜欢，后来立其为太孙。4

朱元璋死前密命驸马梅殷宁国公主之夫辅佐新君，遗诏命皇太孙朱允炆继位。朱元璋驾崩几天后，朱允炆于1398年6月30日在南京即位，时年21岁。他确定下一年为建文元年，并尊封他的母亲二皇妃吕氏1402年死为皇太后。关于朱允炆的个性和他在位时的国内发展情况现已无可信材料，因为朱允炆时期的档案文献和起居注全遭毁灭，而私家记述又概遭禁止。5

年轻的建文皇帝书生气十足而又温文尔雅，他继承了他父亲的温和和好思考的脾性。他腼腆，且又毫无国政经验且不说和他的前皇祖考相比，甚至比起他的雄才大略的叔父们，他也没有那种自信心和坚强的性格，甚至也没有那种能力。这位年轻皇帝的温顺性格和儒家教育，因此他衷心向往的是实行理想的仁政。他在政府的言论和行事上努力实行一些较大的变革，但这些变革却招致了灾难性的后果。