12月16日(日军占领第4天):位于南京安全区内的华侨招待所中躲避的中国男女难民5000余人被日军集体押往中山码头，双手反绑，排列成行。日军用机枪射杀后，弃尸于长江以毁尸灭迹。5000多人中仅白增荣、梁廷芳二人于中弹负伤后泅至对岸，得免于死。日军在四条巷屠杀400余人，在阴阳营屠杀100多人。

12月17日(日军占领第5天):中国平民3000余人被日军押至煤炭港下游江边集体射杀。在放生寺、慈幼院避难的400余中国难民被集体射杀。

12月18日(日军占领的第6天)夜，下关草鞋峡。日军将从南京城内逃出被拘囚于幕府山的中国难民男女老幼共57418人，除少数已被饿死或打死，全部用铅丝捆扎，驱集到下关草鞋峡，用机枪密集扫射，并对倒卧血泊中尚能呻吟挣扎者以乱刀砍戮。事后将所有尸骸浇以煤油焚化，以毁尸灭迹。此次屠杀仅有伍长德一人被焚未死，得以逃生。大方巷难民区内日军射杀4000余人。

武藤章是制造这场灾难的罪魁祸首之一。关东军侵略东北期间，为了达到分裂中国并侵占绥远的目的，策划了德王成立伪“蒙军政府“事件，但因中国军队傅作义部发动绥远抗战，德王失败。武藤章参与了绥远事件的全部过程，并出面善后，指挥德王后撤以保存实力。武藤章调任关东军参谋部第三课课长，负责制定作战计划、建立兵站、组织兵员等。，19万人，零散屠杀858案，15万人。日军在南京进行了长达6个星期的大屠杀，中国军民被枪杀和活埋者达30多万人。

参与南大屠杀人日军

部队名称指挥官

华中方面军司令官:陆军大将松井石根

上海派遣军司令官:陆军中将朝香宫鸠彦王

第3师团先遣队连队长:陆军大佐鹰森孝

第9师团师团长:陆军中将吉住良辅

第16师团师团长:陆军中将中岛今朝吾

山田支队(第13师团的一部分)步兵第103旅团长:陆军少将山田栴二

第10军-司令官陆军中将柳川平助

第6师团师团长:陆军中将谷寿夫

第18师团师团长:陆军中将牛岛贞雄

第114师团师团长:陆军中将末松茂治

国崎支队(第5师团步兵第9旅团)支队长:陆军少将国崎登

中华民族在经历这场血泪劫难的同时，中国文化珍品也遭到了大掠夺。日本侵略者占领南京以后，派出特工人员，花费一个月的时间，每天搬走图书文献十几卡车，共抢去图书文献无数。

国民政府即公开进行了强烈谴责，并于1937年12月开始分别派人赴美国纽约、英国伦敦及日本东京，全方位开展了揭露日军南京大屠杀真相的行动。