“朵迷诺想离开也要留下点什么，六尾冰粒”小智不会轻易放过她。
六尾喷出冰粒，打中了朵迷诺的滑翔翼，朵迷诺开始控制不了方向也掉了下来。
“可恶的小鬼”朵迷诺立即放弃滑翔翼，但她还浮在空中，原来是喷气鞋子，虽然还是往下掉，速度明显慢了许多。
不一会有飞机过来把她接走了。
“你看起来很狼狈，朵迷诺”板木笑眯眯的看着回来的朵迷诺。
“都是那该死的小鬼，突然发动攻击”想起这件事朵迷诺就生气，如果不是小智，她怎么会在人生中留下这么一个污渍，那些家伙自以为是的家伙一定会拿这个嘲笑自己。
“这都是你太过自信了”板木转过头看着屏幕里的超梦“即便是我，一不留神都会吃亏，他可是会创造奇迹的人，真新镇的小智”
“超梦，等着吧，命令部队黎明发动攻击”板木一挥手，计划便开始进行。
小智这边可没有什么高科技装备，就一直往下掉。
“六尾接着进化成九尾使用幻象术”小智将特殊进化石扔向六尾，掉下来的六尾接住发出光芒进化成九尾，用幻象术将大家定住浮在空中。
“九尾麻烦你到那边岛上”小智对刚进化的九尾说道。
九尾对着小智点了点头，带着小智他们前往中心岛屿，在岛边缘着陆，他们发现了一处洞穴，然后在洞穴里找到了一条经过人工开凿过的阶梯，再然后在七弯八拐的阶梯尽头，发现了一片由岛上流出的泉水汇聚的池塘
“这是”原本就是来清澈崖研究水质的贝尼博士首先来到池塘边用试管取了一份水样，然后拿出一个是分析仪的机器开始对水样进行分析“真不敢相信！这个水实在是太理想了”然后说了一大堆学术问题。
在另一边，超梦的复制神奇宝贝分成两派，一派是和火箭队决战，另一派是希望离开，不要和他们冲突，双方吵的不可开交，最后超梦决定，让一部分复制神奇宝贝离开，避免全灭，而超梦在互送它们离开的时候，一架直升机就带着强劲气流飞抵现场，坂木出现在了飞机上，对着超梦说“超梦我们又见面了”
面对坂木充满挑衅意味的问候，超梦先是沉默着一挥手，用超能力将被击败并抓进精灵球里的复制小精灵们都放了出来，然后才朝着坂木低声说道“果然是你，我的力量已经和在你身边时更加强大了，你以为还能像那时候一样随心所欲地操纵我吗”
“你的力量确实变强了”坂木自信地笑道“但是人类的技术也同样不可以小觑的”
直升机两侧的舱门缓缓打开，从里面飞出了两个造型古怪的机器。这两台涂装成黑色的机器看上去就像是两个套着铁甲、没有脑袋和下半身，手臂也特别短小的人形，在脖子的地方安装有一个硕大的半球形玻璃晶体，看不到明显的飞行装置却稳稳地悬浮在空中快速移动，一左一右地将超梦包夹了起来。
“这是”不等超梦做反应，两台机器上的玻璃晶体同时一亮，从短小的手臂上亮起闪亮的电弧，在空中结成一张电网将超梦包围了起来，身处电网中的超梦只觉得身体一阵异样，加持在自身用以维持飞行的念力能量被强制驱散，一下子从空中掉了下去，在地面上砸出一个不大不小的坑。
“如何，我们人类科技的力量”坂木微微勾起嘴角“对超能力作战自律机器人2型，其独有的电磁波可以干扰并封印小精灵的超能系能量，这可是我专门为你开发的东西”
“坂木”从坑里起来的超梦看上去毫发无伤，就连身上沾染的尘土也在转眼间被超能力清理得一干二净“你认为凭这些没有心灵的机器就能打倒我么”
“正是因为没有心灵，所以才单纯地以捕捉你为目的而行动，不是么”坂木微微偏过头对身边操纵机器的火箭队员吩咐道“输出能量提升”
两台黑乎乎的自律机器人从空中降下来，再次呈包夹态势放出比先前更加强烈的电网将超梦包围在其中，在缓缓逼近的同时将电网进一步收缩，似乎打算就这样用电网将超梦给捆起来。只见超梦慢慢举起泛起蓝光的双手然后用力向外一推，强大的念力轻而易举地突破了所谓能够封印超能力的电磁网，将两台机器人狠狠弹开。被打飞的机器人撞在不远处的岩石上，冒起一阵电火花后便像是故障了一般，落在地不再动弹。“真不愧是超梦”坂木轻轻鼓了鼓掌，看上去一点也没有自家高科技被超梦完爆的恼怒。“没有心灵的机械不会真正强大，这一点其实我也是知道的”
“那么你还不打算认输么”超梦盯着屏幕上坂木说道。
“你应该知道，凭你的那些机械想要和我交手是没有胜算的”
“所以我准备的，可并不止是机械而已”坂木伸手指了指中心岛屿“到岛上来吧，超梦。在你离开的这段时间里，我已经为你准备好了战斗的舞台”
“你凭什么认为我会按照你的意思行动”
“因为你有心灵，所以也有弱点，超梦”坂木冷笑了一下，意有所指地说道“你的同伴，好像并不止在场的这些吧”可以看出，坂木大叔的话令超梦明显地动摇了一下。
“卑鄙的人类”
“这句话，我就当作称赞收下了”
中心岛屿这边，战斗已经打响了，虽然复制神奇宝贝爆发出强大的实力，顽强的抵抗火箭队的攻击，但毕竟缺少指挥，被火箭队分割开来一个一个捕捉，最终败下阵来，小智这边也遇到了麻烦。
“这是什么”小智他们在下楼梯的时候正好撞上了捕捉器，全部被牢牢套住，虽然小智有办法让自己挣脱，不过朵迷诺带着火箭队成员出现了，小智不能出手，地方太小，打起来恐怕无法顾及后面的人。
“我们要找的对象不是人类而是神奇宝贝，不过既然知道了这个岛的秘密，那就另当别论了，所以不能轻易放你们离开”朵迷诺拿着她的郁金香妩媚的说到。
小智虽然很想打败他们，不过现在没办法，却只能听他们的。
另一边，板木抓住了中心岛屿上的全部复制神奇宝贝，开始威胁超梦“这个能量场并不是用来打倒你的”坂木微笑的看着超梦“而是用来支配你的精神，让你的心灵能够按我们所想的改变，成为我们火箭队忠实的手下”
“超梦，你要如何选择？是这样抛下同伴独自逃跑，还是为了同伴牺牲自己”
超梦眯起眼睛，用不信任的语气问道“如果我进到那个里面，你如何保证会放过我的同伴们”
“我的实力就是保证”坂木正色回答道，伸手划过下面众多的火箭队部队“和强大军团相比，区区几只复制小精灵根本不值一提！如果不是你的缘故，这些家伙根本不会引起我的注意”
“希望你会信守承诺”低头沉默良久，超梦终于迈开步子，缓缓向机器人中间的红色光球走去。
终于超梦的身躯整个都没入光球之中。在坂木胜券在握一般的笑容中，能量光球被机械发出的牵引光束缓缓升到半空，然后超梦被光球内部突然窜起的电流控制全身，发出低声惨叫。
围观群众看得一头黑线，坂木你确定这玩意真的只是用来洗脑的而不是神马变态刑具？
或者是因为被超梦给摔过，所以觉醒了什么别的功能。
“我是不会输的”在电弧乱窜的光球中超梦咬着牙抬起头来“就算我的身体被你控制，我也不会把心灵交给你”
“是么，那么是你的意志力胜，还是我的科学力胜，我就拭目以待了”坂木再次笑了笑，转身拿起对讲机“通知后续部队，基地的建设工作可以开始了”
“进去吧”朵迷诺将小智他们带入地牢，先将他们关起来，“你们是无法逃脱的”说完，朵迷诺便离开了，她可没时间陪小智他们玩，基地建设还需要她指挥。
“皮卡丘没事吧”小智抱起来皮卡丘。
“我没事”
“小智接下来我们怎么办”小刚问道。
“不急，天无绝人之路”
火箭队他们在热火朝天的建设，完全不顾环境问题，将大量污水排入湖中污染了水源，这可恼怒了下游的虫神奇宝贝，它们发誓要人类付出代价。
大量的虫神奇宝贝进入中心岛屿，对着火箭队成员攻击，一个火箭队成员一不小心，将切割火枪掉进燃料储存区，引起大爆炸。
“怎么回事”板木目瞪口呆的看着满头飞舞的虫神奇宝贝。
爆炸的冲击将门口的守卫全部炸飞，连小智他们的牢房也被炸开，小智他们被吹的人仰马翻。
“太好了，我们可以出去了”小智站起来说到。
“大家到这里来”小智对着大家说到，不过贝尼博士和露娜小姐却去了另一边，看来他们很担心泉水。
横穿基地无一人阻拦，因为他们正面临大量虫神奇宝贝的攻击，没时间顾及那么多。小智一伙顺利到达湖边战场。周围依然是一个火箭队没有，只有两个机器人，和两个机器人不断压制看上去已经出气多进气少的超梦。
“超梦我马上来救你”小智先退后几步“皮卡对着机器使用十万伏特”
皮卡丘纵身一跃，在半空中放出一道闪亮的粗大电流，打在两边的机器身上，机器开始颤抖。
十万伏特强劲的电流烧毁了机器里面精密的电路，身体各处冒出噼里啪啦的电火花，随即爆炸成一团烟火。
失去了机器后，困在空中超梦的光球能量自然无法再保持平衡，超梦也从空中掉落下来。
“成功了”小智欢呼到“赫拉克罗斯接住超梦”
赫拉克罗斯出来马上接住了掉下来的超梦，避免它再受到伤害。
“超梦”小智连忙跑过去和赫拉克罗斯一起扶起超梦。
“小刚，有给小精灵疗伤的药？快拿过来，超梦它伤得很重”
“是”小刚连忙从背包里翻出喷雾器造型的小精灵疗伤药物跑过来。
“你是那个时候的”这时本来已经近乎昏迷状态的超梦清醒了过来，睁开眼睛就看到了一脸焦急的小智。“为什么要救我”
“救人不需要任何理由”小智摸着头，挤出一副笑脸“但是看到受伤的精灵，我没理由站在一边什么都不做？如果是你也会和我做一样的事情”
“不行啊小智”拿着喷雾器在超梦身上忙活的小刚皱紧眉头叫道“超梦的伤势太严重了，普通程度的治疗根本没有效果”
“不用白费力气了”超梦缓缓地摇了摇头，声音中透出掩饰不住地虚弱。“我的情况自己清楚，这具身体已经超出了极限”
“可恶！就没有别的办法吗”小智懊恼地一拳砸在地上，“对了，清澈泉，清澈泉水可以治疗神奇宝贝，它一定可以治好超梦，赫拉克罗斯带着超梦跟我走”
“我不会让你这么做的小智”这时候板木带着火箭队出来阻挠了。
“小智快走，这里交给我们吧”小刚他们和那些复制神奇宝贝档在了板木面前，为小智救超梦赢得时间。
“那就交给大家了，赫拉克罗斯我们走，皮卡丘留下了帮忙”小智马上带着超梦离开。
“为什么你要帮助我”超梦不解的问道，它还是无法完全相信人类。
“因为你救过皮卡丘，也帮助过许多神奇宝贝，这就是理由”小智一副理所当然的回答到。
“就因为这样”
“没错”
“说不定你是个特别的人，特别的训练家”
“你不也是特别的神奇宝贝”
“我还没有搞清楚，自己到底是谁”超梦自嘲的笑到。
“答案其实早就有了，你是超梦超梦是你，世界上独一无二的神奇宝贝”
“我是超梦”
几分钟后，依旧是无人阻拦的小智来到了岛屿中心处的清澈泉。虽然泉水旁边的草地上已经搭起了帐篷并堆满了不少研究用机械，还看到了两个熟人。
“小智你怎么在这里？这只小精灵怎么了”贝尼博士和露娜小姐正蹲在水池边，庆幸泉水没受到污染，看到小智带着超梦过来开口问道。
“超梦它受了很重的伤”小智解释道“我想这个泉水说不定能救它”
“原来是这样”贝尼博士干脆地将手中装满泉水的试管递了过去“快让它把这个喝下去吧”
“单喝是没有用的，它需要大量的水”小智让赫拉克罗斯举起超梦。
“等等，这里有很重要的成分，说不定能拯救人类”贝尼博士知道小智要怎么做出来阻止。
“但我只想救的是他”小智不管以后是否会不会可以拯救人类，让赫拉克罗斯把超梦丢进湖里。
“还是迟了一步吗”板木这时候坐在飞机出现在小智他们面前“不过算了，这里的一切都属于我”
“我不会让你得逞的板木”这时候伤势全好的超梦出来了，“这里不属于你，也不属于我，我不会让你伤害任何人的”
超梦开始释放全部精神力，“在这里释放我的所以力量吧”强大的力量席卷了整个清澈湖，爆发出耀眼的光芒，让所有人都睁不开眼。
等光芒散去，清澈泉水不见了，剩下的是光秃秃的地面和火箭队成员，其中小智一行人和复制神奇宝贝都不见了，不过由于情况太震撼了，大家都忽略了这一点。
“完了”贝尼博士失魂落魄的跪坐的地上。
而小智他们被超梦移到了地下，在那里，超梦早就做好了一个地下室。
“我把水移到了这里，这样就不会有人发现了”
“超梦，你的力量真强”小智看着面前的湖水说到。
“等一下我会消除所有人关于这里的事情，上次你为什么没有被消除记忆”超梦一直很好奇这件事。
“因为我是有波导的人”小智全身散发出淡蓝色的波导，这些波导可以保护他。
“真是特别的人类”
大量巴大蝴出现，对着火箭队的人挥洒大量睡眠粉，让他们陷入沉睡，然后消除他们的记忆，连板木也不例外，他和超梦的关系从此断裂。
“旅行即将开始”在火箭队离开后，超梦准备带着复制神奇宝贝正真投入世界，投入生活。
“超梦以后要多保重，顺便告诉梦幻，你们那天的话我听到了，等成都白银大会结束你们过来找我就可以了”小智站在超梦面前说到。
“我会告诉梦幻的”说完超梦带着所有复制神奇宝贝离开了，而小智他们也继续旅行。