朱由校在南京停留期间，南越的形势发生了巨大的转变，郑氏面对明朝与暹罗、真腊、占城的共同讨伐，不断丢城弃地，被迫派出使者请求受降。朱由校知道这是南越的一贯伎俩，正应了那句“山中无老虎，猴子称大王”，这次他好不容易调集海陆精英南下，正好可以借此机会分化南越的抵抗势力，完成自己既定的战略目标，那就是占领红河以北的土地，红河以南分裂为南越、广南、华英、占城。

原来南越的郑松年老将死，想将权力平分给郑梉和郑椿这两个儿子，面对这种结果郑梉和郑椿都非常不满，暗中互相较劲。郑松的弟弟郑杜趁机煽风点火，很快郑椿便率先发动军事政变，驱逐郑松后独揽大权。

老谋深算的郑杜表面支持郑椿，暗地里却以需要郑氏册封为由，将郑椿骗到自己的军营杀死。郑杜本想故技重施对付另一个侄子，可郑梉却不上当，连夜逃至清化，挟持黎朝神宗共同对抗自己的叔父。郑杜本就是个酒色之徒，名声不怎么好，面对郑梉“挟天子以令诸侯”的攻势很快便败下阵来，最终客死他乡。

在郑氏发生内讧期间，袁崇焕和王三善、余瑊等人趁机发动反攻，很快便将侵入滇南的越军击退。此时刚刚掌握南越大权的郑梉野心勃勃，早年间就曾向其父郑松建议对外扩张，如今他手握重兵，急需一场对外战争的胜利来确立自己的威信，便将矛头对准了后援无继的明军。同时他派遣大臣阮维时、内监潘文治前往广南，要求盘踞在顺化的阮福源上缴地赋，并提供大象、战船、火器等战略物资。

广越虽然臣服于南越政权，但阮福源也是位野心勃勃的政治家，为了巩固自己的地位不惜将几个女儿嫁给郑氏做妾。阮维时、潘文治到达顺化后，他先是用重金收买两人来拖延时间，同时派遣武将阮有镒以吊丧为名前往升龙，暗中联络郑梉的爱妾阮玉秀，获取了郑梉要攻打明朝的情报。

阮福源本想立即将这个消息告知明朝，可是在谋士陶维慈的极力劝说下，他一面与南越虚与委蛇，一面抓紧备战，打算采用坐山观虎斗的策略，在明朝与南越的战争中分得好处。

与阮福源的策略相反，一直据守在高平的莫朝国王莫敬宽认为这是千载难逢的机会，亲自率领军队沿红河上游攻入老街、嘉兴，并占领了嘉兴以西的大片土地和人口。初战告捷后莫敬宽有点被胜利冲昏头脑，狂妄的以为天下唾手可得，不顾袁崇焕的劝阻，继续引兵进攻太原，想一举拿下升龙。

狡猾的郑梉一眼就看出莫军战线过长、后援不济的致命弱点，先是在正面采用坚壁清野的战术挫败了莫军的锐气，然后引兵绕到莫敬宽后方发起突然袭击，莫军立时土崩瓦解，全线溃败。郑梉趁机挥兵北上攻占了高平，处死莫朝的太上皇及皇太子，俘获了莫敬宽的妻妾及子女，并将高平皇宫付之一炬。

兵败后的莫敬宽如同丧家之犬，带着亲兵和次子向袁崇焕投降，表示自己愿以云南沐国公为例，取消年号和庆王的称号，将莫朝土地纳入明朝版图。