克莱尔一路打死了各种的变异生物，发现在一条走廊的尽头的一个秘室，警局局长艾隆斯正躲在里面。令人意想不到的是，在艾恩斯的艺术品收藏室里克莱尔找到了那个小女孩，威廉.帕肯和妻子安耐特.帕肯的女儿——雪利尔，她的母亲告诉她来警察局比较安全。雪利尔告诉克莱尔有一种比丧尸大得多的怪物正朝这里来。她并不知道，大怪物正是自己父亲。“G”基于生物的本能，为了寻找最好的遗传体，也就是威廉.柏金的亲生女儿雪莉，因而不断袭击接近雪莉的人。克莱尔回到局长办公室，发现已经空无一人了。克莱尔在椅子上找到了局长的日记。原来由于他与安布雷拉的交易破裂而气急败坏，他想让镇上所有的人都变成丧尸来满足他杀人的欲望。为此，他在丧尸进攻警察局之前破坏了通讯系统，分散了武器，使警员的救援行动被极大地延误。之后，他又封锁了可能逃出浣熊市的每个出口。在9月26日，他烧死了几名幸存者，并杀死了秘书安迪。以上的种种都表明艾恩斯已经疯了！在地下垃圾厂，雪莉听见父亲的声音，却并没有找到他。地下室里，一个怪物将一生物塞进了局长的口里！克莱尔冲了进去，想除掉那个怪物，却被局长用枪指住。但是，刚才被塞到口里的那个生物迅速成长起来，穿破了艾隆斯的胸膛。克莱尔与雪利尔爬进通向下水道的路时，那个巨大的怪物也就是威廉.帕肯从她们头顶上的走廊经过，雪莉失足落入了下水道的二层。在那里，威廉.帕肯终于找到雪莉。在她昏迷时给雪莉感染上了“G病毒”，于是离去。

克莱尔在寻找雪利尔途中，巧遇雪利尔的母亲安耐特，当她得知克莱尔在一直帮助雪利尔的时候，向克莱尔讲述了灾难的经过，这时，从远处传来了雪利尔的一声尖叫，两人急忙分头寻找，在隧道里，克莱尔找到昏迷的雪利尔。克莱尔一路保护着雪利尔，达到一个车厢内，雪莉感到不舒服，克莱尔感到事情不妙。就在这时，那只人形怪物——威廉出现了，经过艰苦的打斗，怪物被成功地击倒了。

艾达和里昂早先也与威廉战斗过，艾达受伤，里昂将她安置好，一个人先打探出路。返回时艾达已经不见了。里昂继续前进，不巧又碰见了安耐特，安耐特以为里昂是安布雷拉的间谍，还告诉里昂那个叫艾达的女子以找男朋友为借口，其实她也是间谍！里昂不相信。安耐特为报仇，要杀里昂，突然屋子上方的一阵震动将几个大铁管子震了下来，安耐特被砸昏了。里昂从她身上找到了使全镇人疯狂的“G病毒”。里昂乘坐那里的高速列车准备离开这里，但这时艾达出现，并要里昂交出“G病毒”，原来她果真是间谍！里昂不肯，两人这样僵持着。最后，艾达屈服了，放下了手里的枪。就在他们准备利用地下研究所逃生列车离开浣熊市的时候，安布雷拉空投下来的一个tyrant（暴君·改t-002型）出现在里昂面前，为了掩护里昂，艾达被tyrant杀死，翻身掉下铁桥，研究所自毁装置也因tyrant对艾达的致命一击而启动。里昂消灭了tyrant，伤心之极，拿出那支“g病毒”，将它抛向了空中。不久，“G病毒”被幸存者汉克找到，并成功收回。

过了一段时间，安耐特又在别处遇见克莱尔。她想使用研制成功的疫苗将自己的丈夫变回人类。但是，由于威廉已经失去了人性，安耐特被威廉变异的手指杀死。克莱尔从安耐特的手里拿到了疫苗合成方法，于是决定为雪利尔配一支。在撤离途中，大怪物——威廉不依不饶，一定要干掉与靠近雪利尔的人，他从g1变到g3形态，最终还是被克莱尔轰倒。在同时，里昂找到了逃出基地的火车，在和暴君最终形态单挑时，艾达的身影出现并给他扔下一枚救命火箭筒结束了这场战斗。里昂，克莱尔，雪莉乘上火车，却被变异的威廉困在车上，最终火车爆炸，三人逃出了研究所。克莱尔的下一步是去找哥哥。

前S.T.A.R.S成员布拉德.威克斯在城市里被追踪者所杀。

另一边，吉尔正被追踪者（tyrant - 203 型化学武器）追杀，并遇到安布雷拉公司的生化危机特别应变部队的卡洛斯（carlos oliveira），幸存人员还有米克鲁（michael victor）45岁，俄罗斯人，安布雷拉的对策部队bB小队队长。过去曾任kgb（俄国某调查局，类似美国的 FBI ）组织的领导人。尼古拉（niovaef）35岁，u.b.c.s士兵，俄罗斯人，安布雷拉的对策部队B小队B分队的佣兵。尼古拉行踪不明。三人刚将电车开走，追踪者鬼使神差般出现在电车里，米克鲁拿出炸弹与其同归于尽。电车在钟楼外停下来，追踪者复活又出现，吉尔和卡洛斯与追踪者展开殊死搏斗，怪物因受伤过度倒在火海中，而吉尔也负了重伤。卡洛斯上附近大医院取药，凑巧尼古拉也在里面。而且的尼古拉身份在此暴露，实际上他是个监视员。卡罗斯回去医好吉尔，为调查尼古拉，他先行离开。吉尔刚出门和追踪者又是一番激战，追踪者又被打倒。在安布雷拉驻当地的作战室，吉尔与尼古拉相遇，尼古拉说他只是为雇主收集生物兵器的战斗数据。