1998年5月14日浣熊市废弃物处理场处理系统完成。该系统使用特殊瓦斯、化学溶剂与焚化炉，将各研究设施中所产生的废弃物与B.O.W.实验体细胞进行分解销毁的废弃处理。
1998年5月20日，阿克雷山区出现第一例生化怪物攻击人类事件
1998年5月21日安布雷拉企业的研究员于‘娱乐科学’杂志上发表医学论文。该论文提及于拉昆市郊亚克雷山区中所发现，属于同一种的三类新型药草。由于尚未对其学名与正式名称进行命名，故依其标本颜色分别叫做‘绿色药草’‘红色药草’与‘蓝色药草’
1998年5月27日浣熊市时报对于年轻女性被猛兽攻击致死之事件以头条加以报导。
1998年5月中旬浣熊市郊的阿克雷山区附近，连续发生离奇的杀人事件，不少民众在山区附近受到不知名生物的袭击，因而丧失性命。期间相继传出目击犬型怪物的事件。
1998年6月初，位于浣熊市公园内的秘密实验体销毁场因为研究所运来的尸体数急剧增长，而无法以正常方式处理尸体。6月16日大规模生化怪物出没于山区。
1998年6月30日，瑞贝卡·查姆博斯（rebecca chambers）以实地医护人员的身份加入-S.T.A.R.S-布拉瓦小组。
1998年7月9日警方封锁部分森林，并考虑派遣特别对策部队s.t.a.r.s进入山区。至7月中旬，实验体销毁工厂已无法处理数量巨大的尸体，工人们因此被迫暴露在病毒之下工作，部分员工开始呈现被感染症状。同时，安布雷拉公共卫生部常务理事接到总部特别委员会的灾害传真，委员会认为浣熊市病毒泄露事故可能已经无法控制，该委员会决定严守秘密实验，并防止 S.T.A.R.S布拉瓦小组和州警介入。
1998年7月22日，合众国海军特种部队少尉比利.科恩（billy ）因被指控在1997年非洲执行任务过程中枪杀23人，而被军事法庭判处死刑，经由阿克雷山区押送至lexson基地执行。数小时后，押送车辆在阿克雷山区遭受不明怪物攻击，押送人员死亡，比利下落不明。
1998年7月22日为了避免机密外泄，因此安布雷拉隐藏了情报，企图私下解决此一事件。同时为了进行B.O.W的实战能力测验，便透过安布雷拉干部威斯克的安排，引诱s.t.a.r.s.部队进入灾害地区。
1998年7月23日，马库斯博士的复仇计划开始。当天20:00，他指挥水蛭袭击了保护伞公司途经阿克雷山区的列车，成千上万的水蛭落在列车的玻璃上，瞬时冲碎玻璃，车内惨不忍睹。
2小时后，为了解决阿克雷山区的连续杀人事件，浣熊市警局特殊部队S.T.A.R.S的布拉瓦小队，乘坐直升机出动前往阿克雷山区进行调查。但是出发后没多久，布拉瓦小队乘坐的飞机遭受不明武器的袭击坠落，并和浣熊市警局总部失去了联络。布拉瓦小队成员:爱得华·杜威(edward dewey)26岁，直升机机师。恩里克·马里尼(enriarini)41岁，副队长，布拉瓦小队队长。福特斯.斯拜尔(forest speyer)29岁，负债队中的物品整备工作。肯尼恩.j.苏利文(keh.j.sulllvan)45岁，负责队中的侦察和防守工作。理查德.艾肯(richard alken)23岁，负责无线电联络。在树林中，瑞贝卡.查姆博斯发现一辆被严重毁坏的宪兵车，车上宪兵死状凄惨无比。比利已经逃走。恩里克命令就地搜索。在搜索中，瑞贝卡看到了那列被袭击的火车，决定进去调查。在列车里，瑞贝卡和比利相遇。介于情况不明并且十分危险，比利提出合作，瑞贝卡只得勉强答应。除了队长恩里克，其他人都已死亡。威斯克和威廉.帕肯在干部培训所指示delta team队员把列车开走并装毁它，列车一头撞向封闭的隧道。瑞贝卡和比利从列车里逃了出来，却发现这里是干部培训所。这时，马库斯通过监视器告诉威斯克和威廉.帕肯说要进行报复，威斯克和威廉.帕肯意识到安布雷拉将大势已去，脱离安布雷拉的时机已经成熟。两人商量着对策，威廉.帕肯说“T病毒”接近完成，剩下的就是“G病毒”的强化工作，而威斯克则要按原计划把S.T.A.R.S引到洋馆，于是两人离开了干部培训所。
瑞贝卡和比利在干部培训所里遇到重重困难，但在两人齐心协力下一一排除，其间比利还救过瑞贝卡，瑞贝卡发现比利并不象报告上所说的那样凶残，便问起比利是否真的杀了23个人。比利说那是在一次执行非洲内战的任务，他们在行进途中死伤惨重，由于情报的错误，到达目的地时，发现并没有敌人，付出了这么大的代价，为了有所交代，队长命令他向平民开枪，至于他有没有开枪，他却不愿说起。两人继续分头行动，瑞贝卡消灭掉一个暴君试作型，并和比利来到一个步满了水蛭的大房间。原来马库斯正在等着他们，马库斯说要把世界变得充满仇恨，两人经过默契的配合，最终彻底消灭了马库斯。在把干部培训所炸掉后，他们来到山崖边。在山涯下看到恩里克队长所说的汇合点，原来是个洋馆。瑞贝卡说不会在报告中提起比利，比利心理非常感激，两人在山涯上互相敬礼道别，瑞贝卡径向洋馆而去。布拉瓦小队除瑞贝卡和恩里克队长外，爱得华.杜威确认死亡，其余3人也转移到洋馆。S.T.A.R.S-布拉瓦小队失去联络已达24小时，间谍威斯克以支援布拉瓦小队为由，率领阿尔法小队进入阿克雷山区计划通过阿尔法小队的实战收集各种B.O.W数据。阿尔法小队成员：阿尔伯特·威斯克（albert wesker）38岁，s.t.a.r.s直接领导者，队长。巴瑞.博顿（barry burton） 38岁，武器专家。约瑟夫.佛特斯（joseph frost）负责对中的整备工作。克里斯.雷德菲尔德（chris redfield）25岁，原美国空军所属的王牌飞行员。吉尔.瓦伦蒂安（jill valentine），炸弹专家。布拉德.威克斯（brad vickers），35岁，负责队中的技术保障，兼直升机机师。
当阿尔法小队降落到地面展开调查之际，突然遭到两个感染病毒的实验用狗的攻击，约瑟夫.佛特斯不幸殉职，幸存队员进入arkray洋馆躲避，发现这是一个到处充满变异生物体的场所。之后，威斯克射杀了了解真相的布拉瓦小队队长恩里克，并以巴瑞的妻女为要挟听令于他。克里斯在研究所内找到深受中重伤布拉瓦小队成员理查德.艾肯，理查德为救克里斯被大蛇吃掉，克里斯中毒，被瑞贝卡所救。吉尔来到森林的小屋中，遇上了女性实验体，正巧巴瑞也在一口棺材旁，巴瑞鬼鬼祟祟的举动引起吉尔的怀疑，巴瑞要吉尔相信他，吉尔犹豫不决，这时女性实验体lisa苏醒向他们攻击，吉尔最终还是相信了巴瑞，两人共同对付女性实验体lisa，当那口棺材被打开后，女性实验体悲鸣着跳入山崖，结束了她凄凄又惨惨的一生。吉尔和巴瑞经过深入调查，来到实验室，看见威斯克正在操作电脑，巴瑞突然用枪指着吉尔，威斯克告诉吉尔巴瑞的妻女都在他的手上，巴瑞只能听他的。吉尔这才知道威斯克是安布雷拉的人，威斯克拿起枪要解决掉吉尔，关键时刻还是巴瑞的正义感救了吉尔。威斯克马上操作电脑，一个巨大容器内的液体满满退去，一点一点的显出一个3米高的人型怪物。这是“tyrant（暴君）”完成体。皮肤灰白，肌肉强健，身型巨大，有锋利的巨爪，最显著的特征是它的心脏在外边。一切都在威斯克的预想中进行，他已经服用了威廉.帕肯给他的药物，只要让“tyrant”杀掉他，就可以给保护伞公司他已经死亡的假象，而他活过来时，就可以效忠保护伞公司的敌对公司h.c.f了。当tyrant从容器里出来时，威斯克所要做的就是被杀，没有比这更容易的了，成功前竟是这么的轻而易举，使他几乎兴奋着面对“死亡”。“tyrant”一爪子捅进了威斯克的体内，威斯克觉得真的很痛，不过没关系，他只要在地上睡一会就好了。而S.T.A.R.S成功毁灭“tyrant”，甚至炸毁研究所，却是威斯克万万没有想到的，这两样都是他献给新主人的礼物。因此他恨透了克里斯等人。“tyrant”干掉了威斯克，转而向巴瑞，巴瑞躲闪不及，被打晕，剩下吉尔了，她全力以赴与“tyrant”战斗，“tyrant”被打倒。临走时，发现一份“G病毒”记录。事不遗迟，吉尔等人迅速撤离研究所。“tyrant”二次来袭，吉尔用火箭筒将其打碎。4人乘坐布拉德.威克斯的飞机逃离。S.T.A.R.S部队幸存人员名单：克里斯.雷德菲尔德，吉尔.瓦伦蒂安，巴瑞.博顿，瑞贝卡.查姆博斯，布拉德.威克斯。死亡名单：爱得华.杜威，恩里克.马里尼，福特斯.斯拜尔，肯尼恩.j.苏利文，理查德.艾肯，约瑟夫.佛特斯.
话外音；保护伞公司研究员费雷德里克。道恩【生化危机：恶化反派角色】在浣熊市生化危机前从保护伞公司地下实验室偸走T病毒和G病毒，并成功消除自己在保护伞公司工作的记录，成为威尔制药的首席研究员。
1998年9月21日，保护伞公司研究员威廉.帕肯为了保护自己的杰作G病毒与保护伞公司的特种部队在保护伞公司地下研究所发生混战，混战中威廉.帕肯身受重伤，G病毒被保护伞公司的特种部队抢走。威廉.帕肯在临死前给自己注射了G病毒，复活后的威廉.帕肯消灭了保护伞公司的特种部队，混战中T病毒和G病毒泄漏液体被老鼠吞食，保护伞公司的特种部队只有死神汉克幸存。被携带T病毒的老鼠污染了当地的自来水迅速感染了几乎所有的浣熊市的市民，造成‘浣熊市生化危机事件“。