此期间河北冀州、并州，河南司州、豫州，东方青徐兖三州，皆大乱不已，然东晋实力寡弱，不能趁机光复中原。苻健遂乘乱率部离开枋头，西入虎牢关，复西北至壶关。时汉人军阀张平据并州，河南有诸服从冉闵杀胡令的原后赵汉人将领，苻健身为五胡之一的氐人，所率亦多是秦雍氐羌，要自河洛或上党河东之地入关中，可谓前途多阻。
苻健乃分兵两路，一路自领，一路付其侄苻菁，临别泣道，“汝祖托愚叔我以族人部众，嘱我归关中建国。今天下大乱，沧海横流，正是男儿建功立业之时！我若不幸不能入潼关，汝必率所部渡蒲津入冯翊，进取长安！”于是苻健、苻菁叔侄各领兵西进，双双经苦战，苻健入潼关，而苻菁于蒲津渡河，进占冯翊，两支人马数月后合力击败占据长安的汉人杜洪，一统关中。苻健乃以长安为都，建国称帝，国号秦（史称前秦）。
苻健不顾其为晋臣，公然反叛，建国称帝，东晋朝廷却无可奈何。但东晋长江中游的强藩荆州刺史桓温，却瞅准彼时终南山中，那新近为苻健所败，出身关中大族京兆杜氏的豪强杜洪，仍率其被夺去长安之后的余众，依托于朝廷的竹苑藏身，其自不甘心，欲与苻健再战，夺回长安；而新自北来，自称南阳王司马保之子的雍州流民帅司马勋，经都督西部诸州的桓温保举，已由晋廷授职为梁州刺史，兵力不弱，可用以进取汉中。
于是永和七年，桓温趁苻健在关中立足未稳，果断出师，发自江陵，水路进至淅川，乃舍舟上岸，攻克弘农，绕开重兵把守之陕城，攻克武关，进了关中。行前，桓温一面命人联系杜洪，一面命司马勋进向汉中，徐图北上。至此桓温挥师入关，进据灞上，而司马勋已据汉中，正出子午谷北上。苻健虽乘胜灭了杜洪，但灞上乃长安东门，距长安咫尺，桓温亲率大军驻扎，旌旗弥望不绝，苻健君臣大震，关中人心扰动。
桓温既至灞上，欲朝廷即加封赏，又欲持重，乃久驻而不急攻长安。苻健遂坚壁清野，将青苗芟除，使桓温就地补给之计划落空，不得不自江陵千里馈粮。
中条山隐士王猛，自幼聪慧，好读书，而有大节，西晋未乱时，以门第寒微，年至弱冠，未能出仕。后以天下纷乱，乃效汉末大乱时之卧龙诸葛亮，隐居山中以待时。至此王猛见东晋王师伐秦，而西部大都督桓温亲至灞上，乃欣然往赴，欲观桓温为人。
王猛至灞上军营，投刺请见桓温，名刺之上，大书“渤海寒人王猛景略”。桓温见了名刺，不禁惊叹此人虽自称寒人，但写得一笔好字，龙飞凤舞，直欲破纸飞去。桓温暗暗称奇，乃命守门卒引入相见。
王猛入，从容作揖道：“桓公安泰？”桓温道：“除氐贼苻健芟除青苗，使我人马不得食，其余皆好！”乃命坐。
王猛从容坐下，熟视桓温。桓温虽面不改色，心下纳闷，“莫非我似刘司空，却遭刘司空老婢当面耻笑之事，竟已传遍天下乎？”
原来之前桓温于弘农得一老婢，自言曾侍奉刘琨，又道“官似刘司空”，桓温闻言大喜。刘司空即刘琨，字越石，西晋并州刺史，后为晋愍帝拜为司空，独力支撑北方对胡人无论匈奴汉国与羯人石勒之抗战，乃举世景仰之大名人，复为一代名士，门第又高华，出身中山刘氏。蜀汉先主昭烈帝刘备刘玄德，虽亦出中山刘氏，乃汉景帝子中山靖王刘胜之后，却是迁至涿郡的一支，虽犹为当地大族，以仕宦不盛，实寒门也。刘琨至交好友范阳祖逖虽与之齐名，卒赠车骑将军，门第却稍寒微，且非风流名士。
桓温历来景仰刘琨，闻言大喜，恐其老眼昏花，一时未能将自身风采瞧仔细，便命其稍待，自入内修饰了一番，又与相见：“老人家以为寡人何处似刘司空？”老婢熟视桓温，良久道：“面甚似，恨薄！形甚似，恨短！声甚似，恨雌……”桓温听罢，懊恼良久。此时见王猛熟视己身，桓温不禁微微发窘，乃强自镇定，道：“景略渤海人，不知何县之王氏？”
王猛见他与俗人一般，问与门第相关之籍贯，心下鄙夷，乃道：“非南皮非蓨，亦不姓石姓高！”
渤海士族惟南皮石氏，与蓨县高氏及封氏，桓温醒悟，大笑道：“英雄不问出处！如何我却问起景略家门，实在罪过！哈哈哈……”
王猛见他似乎不甚看重门第，适才之问，不过是寻常初见之客套话，人复豪爽，心下对之有了几分好感，乃道：“桓公此番北伐，欲光复中原乎？欲求高官厚禄耶？”
这话却不客气，桓温听罢，却也不恼，从容道：“景略以为如何？”
王猛已由正襟危坐改为盘膝而坐，且解开衣襟搏虱，扪虱而谈：“天下攸攸之口，皆以为桓公停灞上不进，乃养寇自重，效本朝宣帝也！”
桓温微微变色，晋宣帝即司马懿，对阵蜀汉丞相诸葛亮时，多番养寇自重不出击，却宣扬诸葛之能，以图掩世人耳目。幸诸葛亮确有经天纬地之才，自昔隐居隆中之时，便有卧龙之号，故世人深信不疑，只疑其不武而已。后诸葛亮死，司马懿受命讨辽东公孙氏，却破襄平城之后，尽屠公孙氏余众，并筑京观以立威。凯旋回朝，适魏明帝病危，司马懿却留故乡温县联络故旧，迟迟不赴京师，实望明帝辅政大臣之授。明帝忍死相待，诏以实情相告，言“忍死待君”。司马懿得诏，方启程赴都。明帝回光返照之际，仍命齐王芳抱司马懿脖颈相托，道，“此即太子！太子认准骠骑大将军！”司马懿虽亦感动，涕泗横流，然齐王芳即位未久，不过以另一辅政大臣——身为宗室的大将军曹爽锐意改革，触犯了他身为士族与所出身的大族特权者之利益，司马懿便联络朝中诸士族、大族之人，如颍川三大姓巨族陈氏之陈群（陈寔之孙，陈纪之子）、钟氏之钟毓（钟繇之子，钟会之兄）、荀氏之荀顗（荀彧之子）等，举荐琅琊王氏之王祥以为孝行典范，为其筹划的未来倡导“以孝治天下”替代正义的“忠君爱民”做准备，自身以退为进，接受太傅任命，放弃兵权，装病卖痴，最终赚得曹爽不以为意。后曹爽奉幼主齐王芳出都拜谒明帝高平陵，司马懿暴起发难，夺取执政大权，遂为晋朝奠基！如此处心积虑，终于欺人孤儿寡妇而夺取朝权，出身奴隶之后赵主羯人石勒，亦不齿其为人。其玄孙晋明帝司马绍，亦因他晋朝高祖宣皇帝司马懿与其子太祖文皇帝司马昭所行之事，而羞愧难当。
司马懿巨奸大憨也，天下皆知，王猛当面讥嘲桓温效其养寇自重，可谓毫不留情。桓温脸上，便不免有些挂不住了，仍辩解道：“寡人甫入潼关，至灞上，却不闻关中大族豪杰响应，是以迟回不进！后氐贼竟芟除青苗，使我人马不得食，不得已自江陵千里馈粮，如何还敢冒进！”
王猛哂笑道：“桓公以为，关中大族豪杰，何以不率家兵部曲，号召百姓响应王师？”
桓温脸上露出困惑神色，沉吟道：“却是为何？”
王猛笑道：“此辈不知虚实，不知桓公此番北伐，所为立功耶？创业耶？”
桓温变色道：“景略不可妄言！寡人北伐，乃是为朝廷光复中原，自为立功，如何为创业？”
王猛道：“晋室失人心久矣！自古得国不正，莫过于司马氏！今桓公独领南夏之大半，有荆州之武库，率天下之雄兵，若一举而克长安，有关中，拥雍州之地，凭崤函之固，岂不可争天下耶？”
桓温作色道：“寒士好高谈阔论，果不其然，竟开言效贾生！”良久，乃侧身向王猛道：“温实不欲籍籍无名以埋没，寂寂作他人走狗，而为晋文景所笑！因此为正人猜忌，亦所不惜！且纵是忠臣烈士，亦如何取信于人？”
王猛本有试探之意，见他诚恳道出本志，不禁默然，回看桓温，眼神真诚。桓温又道：“自古成王败寇，得胜者有天下。欺人孤儿寡妇，狐媚而取天下，亦尊为高祖皇帝！不能流芳百世，亦不足遗臭万载哉？惟时也未至！”
王猛听到这里，回改正襟危坐，拱手向桓温。桓温苦笑道：“我在南夏，闻昔日蜀汉刘先主，在襄阳荆州牧刘景升处，如厕见髀肉复生，便有‘老矣，一事无成’之叹！今温已过知命，不敢慨然做贼耳！”
王猛默然良久，乃起身告辞。桓温挽留道：“虽与景略不及深谈，然一见如故，有如旧友！如蒙不弃，不论此番北伐结果如何，有幸得一良友，偕同南归，不亦乐乎！景略意下如何？”
王猛道：“我功名之士也，欲立功天下。桓公取长安日，便复来相见，否则相见永无期矣！”乃趋出。桓温叹息良久，乃命整军，不日出战。
三日之后，晋军荆州兵整顿停当，桓温以灞上前方已有苻健命人所掘深沟为障碍，不堪行军，乃麾师进向长安南门蓝田，经苦战，攻陷蓝田城。桓温留人驻守，便亲率军，直奔自蓝田往前汉与晋愍帝旧都长安必经之地白鹿原，欲与兵锋直指长安之司马勋会合，共攻长安。
苻健早有预备，故蓝田守军亦不弱，只不过难抗天下雄师荆州兵耳，因此落败。听闻蓝田失守，桓温率其荆州兵大至，而司马勋亦已率其梁州兵北上，不日便将合兵，自南攻围长安，苻健大惊，乃命其庶兄丞相苻雄偕次子苻生率师，迎战桓温于白鹿原，而以太子苻苌率一支军，抗司马勋北进。
白鹿原战场双方都是劲旅，步军配以骑兵，好一场大战！苻生天生眇一目，虽年仅十五，然驭马娴熟，只见他挺一长槊，身先士卒，于晋军步阵中三进三出，只惊得百战雄师荆州兵亦胆寒，纷纷喊道，“快躲开！避独眼儿！”
桓温幼弟桓冲早有未来名将之目，见苻生骁勇，便挺槊迎战，然非其对手，几次三番对冲下来，落于下风。桓温在中军伞盖下看着，不禁心焦，乃命荆州第一名将毛宝之子毛虎生换下桓冲，才堪堪抵住了苻生的冲击。
另一边，苻雄也开始指挥骑兵冲击晋军左翼。桓冲退下歇息片刻，便请战苻雄。桓温嘉弟志气，许其出战。
苻雄见一小将挺槊迎面而来，不敢大意，忙挺槊迎战。桓冲逼近，以敌长槊已至面前，乃侧身向左避过，不及挺槊，便将槊横扫过去，苻雄低头避过。说时迟那时快，只见桓冲一勒缰绳，将胯下马向左拉开数尺，右手将长槊夹于腋下，俯身向苻雄猛冲过去。苻雄躲避不及，右胁中槊，血流不止。
苻生已战败毛虎生，挺槊来救伯父。桓冲不敢恋战，便撤退回列。双方战至黄昏，不分胜负。桓温叹息良久，命收兵回营。此战秦军虽未能夺回蓝田城，终究挡住了晋军攻势。
不日，苻雄以太子苻苌迎战司马勋吃紧，不顾负伤，仍率师增援，挫败北进之晋军梁州兵于白鹿原西。自此以后，桓温所率晋军荆州兵即便与司马勋梁州兵会合后，亦未能再进一步，不得已而班师，返旆江陵，只留司马勋仍回汉中，为北伐后计。
司马勋却也有野心，回到汉中，便瞅准益州新近方为桓温灭成汉攻取，尚未顺服东晋，乃挥师南下，欲作刘备。幸汉中太守乃桓温亲信，密报予桓温。桓温即命江夏相朱序率荆州兵一部逆汉水而上，西进魏兴，与汉中郡兵合击司马勋于魏兴郡西。司马勋大败被杀，桓温第一次北伐之余绪，亦告结束。
东晋自元帝建武开元，至穆帝永和九年之前，统共三次北伐，第一次由豫州刺史祖逖发起，第二次由征北大将军褚裒以北府兵于永和五年发起，第三次即荆州刺史桓温永和七年北伐苻健之役。前后两次虽前期进展顺利，但终未能实现光复中原之目的。永和五年后赵主石虎死，北方大乱，实为东晋光复中原之绝佳机会，然晋廷以老耄之褚裒为征北大将军镇京口，授以全权主持北伐，京口北府兵皆徐兖二州流民，皆有打回家乡去之愿，惜哉褚措置失当，前方狼狈失利，不得已而退兵，褚且以忧死。两年后，永和八年春，长期仕途蹭蹬，至此为相王司马昱引用为扬州刺史秉政的名士王述，以朝廷受逼于桓温自请北伐河洛之议，不得已做出姿态，方主持筹划晋廷睽违已久的又一次北伐，以期扫平河淮之间通往许、洛之道路，进取许昌与旧都洛阳。
王述以降晋的羌酋姚襄（后来建立十六国之一后秦的姚苌之兄）为前锋，命其待命寿春。姚襄麾下皆北来羌人与汉人，皆欲尽早打回家乡关中去，对晋廷令待命寿春极不满。不久，姚襄见大张晋字的朝廷台军辎重队运来粮草，便袭击运粮队，夺了粮草及车牛。晋廷闻讯大惊，王述本欲待入夏水涨之后，使姚襄自寿春溯淮流而上先发，待其至淮阳，便亲率军与之协力，北上共攻许、洛，却不意姚襄反叛，使北伐第一步便无从走起。不得已，因粮草已失，王述将北伐暂时搁置，并一病不起。
姚襄得了粮草，又取了晋军运送辎重的车牛犒赏麾下，士饱马腾，便北上绕过许昌，直奔晋朝旧都洛阳而去，欲取洛阳号令天下称帝。其时中原大河南北，因后赵灭亡、冉闵屠胡而大乱不已，洛阳后赵守将降了冉闵，但这座晋朝旧都守备空虚，粮草断绝，于是便面临为姚襄攻取之险境。桓温见机行事，再次自荆州城江陵出兵北伐。此番好歹在洛阳城外伊水之上，以荆州名扬天下的舟师，击败了仅不多几条船，且人困马乏的姚襄所率羌汉之众。晋军乘胜一鼓作气，攻破了守备空虚的洛阳城。自永嘉丧乱之后，晋军第一次开进了洛阳城，桓温成为光复旧都的英雄。
桓温洋洋得意，上书朝廷请求还都，将相王司马昱吓得够呛。因一旦答应还都，晋穆帝即成汉献帝，便将成为桓温“挟天子以令诸侯”之工具，而相王之权，自然也不得不全数交给桓温。最终晋廷经商议，决定冷处理，但给桓温加官进爵：爵升一等，由原封为荒郡的临贺郡公，进封为拥有荆州首郡南郡一郡的南郡公；官升一级，由征西大将军、都督荆梁益宁交广六州诸军事、荆州刺史，升为大司马、都督中外诸军事，并仍兼领荆州刺史。于是天下兵权，皆入桓温之手！桓温因此，也就不再坚持还都之请。
司马昱恐桓温不知止足，尚欲入朝辅政，忐忑不安，寻思觅能者与之抗衡。名士陈郡殷浩，在父母墓庐中隐居读书，不肯出仕，时已居墓庐八年之久。其乃故豫章太守殷羡之子，世家子弟，八年之中，朝廷数次征辟，然皆不起。后朝中名士司徒左长史太原王蒙仲祖，与镇西将军、豫州刺史陈郡谢尚仁祖二人，几次三番，联袂赴殷氏墓庐，诚邀他殷渊源出山，殷浩只是不允。王谢二人每叹息道，“渊源不肯出，将如苍生何！”殷浩因此，更加名声大噪，时人誉之为当世管葛，即管仲、诸葛亮在世。司马昱一时情急，不顾真伪，便想到此当世卧龙，于是找来吏部尚书王彪之与王蒙问可否。
王彪之出身琅琊王氏，但淡泊名利，是一真正儒者、礼学专家，对相王欲引殷浩抗衡桓温，不置可否。相王司马昱之相即司徒，故王蒙本相王属僚，自当知无不言言无不尽，于是道，“臣（东晋时属僚仍与秦汉时一样，在朝会之外，对长官称臣，不止对皇帝如此）与谢仁祖，曾数番赴殷氏墓庐，欲邀其出山，渊源只是不肯！仁祖每叹曰，‘渊源不肯出，当如苍生何！’而流俗与有识，皆以为殷渊源实为当世管葛，卧龙之才也！殷若肯出山，便十桓温，又何足道哉！”
相王听罢大喜，合十道，“如是！则如何可请殷出山辅政？”王蒙挥一下麈尾扇，淡然道，“臣亦无计！然相王若能屈尊枉驾，则渊源必出！”
相王立命驾牛车，即赴都城南面丹阳郡城外之殷氏墓庐。殷浩见相王偕王蒙亲至，不再矜持，道，“朝廷孤危，为桓温所胁，相王殚精竭虑，不可终日，恐久矣！浩布衣寒素，不知朝礼，因此不应征辟，不许王长史与谢镇西数番枉顾，皆唯恐污朝廷耳。相王今屈尊枉驾，必为受胁于桓氏而来。浩虽无才，与桓为总角竹马之交，于其为人，可谓了然于胸。语云‘禀性难移’，我知如何应对其无礼跋扈。惟相王是裁！”
司马昱大喜，即命随从以锦袍加诸殷浩身，同乘牛车回都，即日以穆帝名义赐宅第使居之。翌日，朝廷圣旨下，以殷浩为扬州刺史，兼都督扬州之丹阳、吴、吴兴、晋陵、东阳五郡，加中军将军，节制台军即朝廷在都各军，带中书郎，入殿廷视事，办理枢机。
桓温知殷浩之才，闻讯大惊，乃上书北伐，拜表便行，率舟师扬帆东下，而停于建康西门姑孰，向晋廷示威。相王接到桓温的北伐奏表，又闻其已到姑孰，大惊失色，立刻找来殷浩、王蒙、王彪之问计。
殷浩不语，良久道，“相王若为难，便罢了！”王蒙道，“时下朝廷孤危，所倚重者渊源也！渊源何出此言！”
王彪之忿然道，“桓温无礼跋扈久矣！今竟率大军压境，向朝廷示威！是而可忍孰不可忍！”
相王黯然道，“桓不欲寡人为宰执耳，孤便归老会稽罢！惟如此一来，桓恐便留朝辅政矣！奈何？！”
殷浩不语。王彪之道，“君臣父子，天下大义！今桓温以臣逼君，是不道也！相王若退让，天下安有正义在！惟相王亲笔信予之，晓以大义，终了可大言将其军！云晋室江山社稷，上传自宣帝，元帝中兴以来，君臣戮力同心，乃有今日！主上年幼，忽闻西方大军压境，惊惶，问于寡人。孤以实对，主上道，‘荆州国之西阃，天下雄州，朝廷所倚重者也！不意大司马竟以北伐为名，率荆州兵至姑孰，以凌朝廷！’相王当续道，‘国家知大司马忠心，然北伐之事，当近日再议！且今夏无雨，江东诸郡歉收，北伐恐延宕至明年夏，惟大司马知之甚明！’落款作‘仆司马昱百拜叩首’！如是，则庶几矣！”
王蒙听罢点头。殷浩默然，良久道，“我负朝廷重恩，相王又屈驾枉顾！今日之事，亦惟王尚书之法，然桓恐不退兵，则浩归山而已！”
王蒙赶紧道，“王尚书之法诚良法也！渊源既隐居八年，今急流勇进而到此，同僚与公卿，当拥右渊源，以御桓氏！”
于是相王司马昱按王彪之所教言语，写了一封亲笔信，命人送往姑孰军营。桓温看罢，不禁失色，向其大司马参军襄阳罗企生道，“人皆以为建康无人，今却想建康究竟如何！所用者谁哉？”
不日，桓温率军扬帆西上，晋廷解除了危机。相王司马昱大惊喜，然以谁都明白之道理，知道想法子对付桓温以北伐相胁刻不容缓，遂日夜与殷浩计谋，定下了来年北伐的计划，却苦于朝廷无兵无将，一时一筹莫展。
数月后，辽东鲜卑慕容部所建燕国大将慕容恪，以具装马骑兵，击擒了当世项羽冉闵；复乘战胜之威，一举击败盘踞青州多年之段部鲜卑，使燕国疆域成为北方最大。姚襄自上年为桓温所败，便率其部众转而向东，游荡于河淮间。是春慕容氏取青州与兖州大部，进向许、洛，姚襄乃渡淮东南行，抵达长江北岸。晋廷闻讯大惊，相王司马昱以穆帝名义，下令立刻戒严。姚襄恐慕容恪取许、洛之后便南下渡淮，则其必为鲜卑铁骑撵入长江不可！思前想后，他决定孤身秘赴建康，向朝中新晋掌权者名士殷浩解释并请罪，以求得晋廷庇佑。
殷浩正忧无兵无将，北伐无法开展，复因姚襄颇有名士风度，善于谈玄，两人清谈数日，竟惺惺相惜起来。殷浩便打定主意，仍以在江北之姚襄为北伐先锋，如此一可增加晋廷武力，另姚与桓温既有伊水之仇，亦可使桓稍稍知惧，不敢随意东下。
翌年，永和九年早春，慕容恪转而向西，以大军进向许昌、洛阳。洛阳晋军兵力寡弱，守城主将乃吴兴长城人陈佑，本是桓温荆州之将。上年桓取洛阳，不久即留少许兵力守城，便返旆江陵。后以洛阳防卫空虚，桓温上奏以陈佑为河南太守、冠军将军，使其率私属部曲，赴洛阳守城增援。此番战无不胜的慕容部具装马骑兵来袭，陈佑忙寄书桓温求援。桓温见信不复，亦不遣一兵一卒。陈佑无奈，乃上书朝廷求援。相王司马昱与公卿大抵皆以为旧都可弃，免得桓温以还都相胁，于是朝廷不发援兵粮草，惟下诏求贤赴援洛阳。