散居在城内的民众分别从四处十一座城门陆续出城并到指定的地点集中。来到集合地点一字排开列队呈站立状。守在城门口的蒙古哨兵把住门口，不放任何人再回头进城去。
到了这时候才弄清楚了，在这偌大的“高贵的布哈拉”城内竟然有这多人口。比较起来要这要比蒙古军的人数多出两三倍的数量级。
起初，蒙古军长官带着通译挨个走到每个人跟前逐个详细询问每个人的情况，譬如是否是工匠，是属于哪个行业的，有何特长或手艺等。然后他们再把人群进行具体细化分类，将那些有经验的工匠分别挑选出来，单独排列列队站立。紧接着，又将那些年轻体格健壮男子筛选出来，排成另一列，由派出的一名骑兵来负责看守。
到了最后，他们将美貌姣好的漂亮妇女、姑娘以及儿童挑选出来，再排成了一列队形站立。这时人们才渐渐弄明白了，自己即将与亲人告别，或许是永别。这时有人已经哽咽地哭出声来了。紧接着嚎啕大哭声起来，哭声响成一片，人们因绝望而不由自主地伤心地流出泪水。
布哈拉城的新主宰就仿佛像活畜市场上人们进行自由买卖牲畜一样，随意将自己看上的卯卯嚎叫的母牛或咩咩呼唤的山羊一样牵拉走出市场的或者像是操起棍棒驱赶着牲畜到屠宰场去宰杀等情形如出一辙，毫无两样。他们对待倔强不愿服从命令以及离开人群的人，遂采取了相应的强制手段，譬如，用套马绳套住这些人的脖颈后，再用马儿强行拽拉出队或拖拉出去等诸如此类的各种法子来进行惩罚。
因蒙古军采取的手段极其残忍，这给当地民众造成了极大的心理障碍和恐吓，以致使布哈拉城的民众完全丧失了主动进行反抗的任何念头。
一些家里的男人，比如做父亲的或者是丈夫，看着自己的儿女或者是妻子被蒙古士兵拖拉在地上，不堪忍受，将害怕抛在脑后，当即冲出人群，扑了过去并想解救受难的亲人。蒙古士兵见有人过来，遂策马前行，横在前面，动用马蹄踩踏或用实心木棒等方式敲打他们，或者将其打倒在地，以此方式来警示或阻止一些人企图以各种方式来干预、阻挠蒙古军正在采取的这一行动。
在被驱赶到城外的民众人群当中有一些是有一些学问的人士，他们长期在当地宗教经学院任教，曾向来经学院求学的学生教授过深奥渊博的各类学科的知识。在这人群当中，就有这么两位教书匠，他们看到眼前惨不忍睹的暴力场面，感到极度恐慌，魂飞魄散。有一个已经看不下去了，便极其愤慨地对人群大声喊道：
“这些异教徒丧心病狂，将清真寺洗劫一空，用马蹄践踏神圣的经书，抢夺并掐死年幼的婴儿，当着亲人面儿强奸姑娘。我们怎么能对这些罪恶行径无动于衷，默默承受呢，啊？”
本地最有名望的一位学者，名叫鲁克?艾丁?伊玛目?扎德也出面说话了，并试图以此来制止这一行为的继续发生，他说：
“给我闭上你的臭嘴！这是安拉愤恨而引发的一场狂风暴雨！风雨中一介草民危在旦夕，自身难保，有啥可说的。”
即使这样，没过多久，就连脸上一向保持着安详恭顺神态的一位年老的学者最终也忍不住了。当他和儿子亲眼看到蒙古士兵光天化日之下糟蹋妇女时，便冲上去要奋力搏斗，还是被人家当场砍死了。许多在场的人遭受了同样的厄运，他们不忍看到自家人受侮辱，受虐待，或想上前解救或想保护时，均被蒙古士兵用刀枪当场砍杀，倒地后便没命了。
这是布哈拉城民众遭遇到的有史以来最黑暗恐怖的一天，濒临死亡者呻吟哀求声、与父亲、兄弟姐妹永别的妇女儿童的撕裂心肺的哭泣声不绝于耳，让人痛不欲生。遇到这种情形，就连男人们也显得无助无奈、无能为力，这时人们便想起了一个诗人曾说过一句话来宽慰自己那颗紧张的心灵：“谁握不紧乌黑的剑柄，锋利的剑刃必将伤及握刀人！”
蒙古军人再次返回到了威逼民众放弃的这座空城，霎时间一种人走楼空的感觉迎面来袭。他们随意出入各家，将劫来之物尽数驮在马背上，然后燃起一把火把房屋给燃烧了起来。不一会儿整个城顿时陷入熊熊燃烧的一片火海之中。布哈拉古城到处是通红的火舌在飞舞，城中上空浓烟骤起，一时间遮天蔽日，好不恐怖。当地的房屋由于大多数采用的是木料及粘土等易燃建筑材料，所以，全城各处很快变成了一片火海。只有清真寺和一些用砖块等建材建造的宫殿式建筑墙壁依然完好无损，仍然矗立在那一块大地上。
为躲避被熊熊大火的吞没和引火烧身，蒙古士兵不得不急忙骑上战马，忍心割爱地扔掉部分战利品，即刻扬鞭策马向城门外飞奔而去。即使过去了许多年，布哈拉古城当年战火殃及的残檐断壁痕迹仍历历在目，随后渐渐演变变成了豺狼出没、猫头鹰鬼哭狼嚎的场所了。
撒马尔罕城
1220时逢龙年，早春时节，成吉思汗率兵离开古城布哈拉，向撒麻尔罕城一路开拔。沿着泽拉夫尚河两岸大军向前行进。在这次战役中，蒙古可汗已改往常的战法，对即使在蒙古大军到来之前就紧闭城门，负隅顽抗的谢尔普乐、达布希耶等两城不屑一顾，仅派遣了少量兵马对其进行围攻战，进行牵扯。
行至撒马尔罕城下，成吉思汗把前国王位于城郊一处的阔克萨莱宫（意即青色宫殿）作为自己下榻之地。其四公子率领的部队以及在押的战俘陆续来到这儿驻扎。按照预先的部署，所有抵达这儿的队伍将驻扎在该城周边，以便形成了团团包围之势，使该城从此与外界完全断绝任何联系。
据说在花拉子模诸城中，撒马尔罕城防是最为坚固的一座城。高大宏伟的城墙厚实坚固，城门均用铁皮包裹加固，顶楼上还设置塔楼及环形弓箭射孔，再加之有重兵把守。此外，城内守军约有十一万兵马。其中钦察部就有六万之众，主要操突厥语，其余包括塔吉克、古尔、黑契丹以及其他等部族成分构成。再次，还备有二十头面目狰狞的在役大象。假设启用花拉子模国久经考验富有经验诺颜坐镇撒麻尔罕城，比如说重用像卡伊尔汗或者帖木儿 梅里克等首领镇守这里，或许该城还能坚守相当长的一段时间的，尤其在粮食充裕的前提下，守城军民至少可以坚守一年以上。可是，事与愿违，这位刚愎自用的国王却任用了一个从未带兵打过仗的图盖伊汗，要他来做撒马尔罕城的镇守。此公系国王可恶的母后塔尔康? 哈敦之亲兄弟，同时也是当今国王亲舅。
在这一时段，成吉思汗率领亲信花费了两天时间，围绕这座城市进行了一番巡视，对该城高耸的城墙，充盈水流的护城河等周边地形地貌等情况进行了仔细观察，以搜索并寻找攻城时最薄弱的环节，为下一步攻城行动计划做了充分准备和铺垫。
此外，也采取诸多战术手段，比如为了蒙蔽欺骗守军，蒙古大军组织人马，将战俘分类编入到军事编组里，每十个人为一组，并发放一面旗帜。从远处看，就会蒙蔽敌方，撒马尔罕守军就会受骗上当，造成大军兵临城下，其兵马无数，锐不可阻挡的这一错觉。
突厥部阿力普 艾力 希云奇以及巴兰等诸汗领率钦察骑兵率先出城迎战。一场肉搏战即将开始。一仗打下来，未经几个回合交手，仅逮住了几个蒙古士兵，却因此损失了近千名人马，无功而返，不得不退缩回到城内。
自第二天起，钦察部不再不敢出城露面了。然而，事情并未到此结束。一群胆大妄为，蠢蠢欲动撒马尔罕民众向蒙古军分队发起突袭行动。久经沙场的蒙古军遂采取了佯装逃跑的架势，诱惑敌方，叫他们紧追不舍，结果未曾想到却掉进蒙古骑兵分部设下的圈套，正当敌方全力以赴向前冲杀时，不料想，埋伏在附近的几队人马，从四面八方群起而攻之，断其退路，将其全部歼灭之，只有少数幸运者得以生还，不在话下。
到了第三天，成吉思汗亲自上阵，骑着战马，率领众多人马投入攻城之战，一场攻城战役正式打响了。他将各部有序地分散在各个城门，采取同时攻击的战术行动。对胆大擅自出城者一律采取了启用大弓箭远距离点射厮杀的这一战术。至此，蒙古围城攻城战持续了整整一天的时间。到了傍晚，各自鸣金收兵。
就在这一夜里，撒马尔罕宗教大法官（卡迪，宗教首领舍伊赫 乌勒 伊斯兰以及清真寺伊玛目等当地社会上层显贵大人紧急碰头，连夜召集会议，权衡利弊后，决定向成吉思汗提出降服的意愿书。
蒙古军攻城行动到了第四天，这天清晨，他们派人出城与城外进行围困的蒙古军议和。出了城门，他们一群人便径直向可汗驻扎的大本营方向走去。他们的意愿再清楚不过了，就是想通过求和的途径和办法想拯救围困在城里的黎民百姓的生命。而成吉思汗天也有这个意思，于是一拍即合。成吉思汗面见他们后，便承诺，“决不迁怒于民众，允许各回各家去。”求和团一听可汗答应了，可把他们乐坏了，这下城内军民有救了，他们便兴高采烈的返回城内来了。大清早，除了一支队伍占据内城某处一个要地并进行顽强抗争，始终不肯放下武器外，城内以守军司令图盖伊汗为首的钦察诸汗都表达了愿意为蒙古可汗效劳的这一意愿，同时也极力利用各种机会和场合来迎合在城外围进行围攻行动的蒙古军，投其所好。对此，成吉思汗感到十分满意，这脸上时常显露出憨厚且得意的笑容来。
围城行动到了第六天，清晨“乃玛孜”城门（意为礼拜之门）被蒙古分队攻克了，刹那间，只见蒙古不计其数的骑兵像潮水般冲进了花拉子模国的都城。一部分蒙古士兵们押着一群战俘，勒令他们即刻开始拆除城墙上的防御工事。
蒙古军一些士兵不顾此前成吉思汗许下的不毁坏撒麻尔罕城的诺言，撒麻尔罕城的所有男女一律按照一百人为一组的老规矩，将其即刻分类编入队列，整队完毕后，将其驱逐到城门外指定地点集结，并采取了暴力抢劫策略。但是，也有例外，蒙古军队其中包括大法官、舍赫里 乌勒 伊斯兰以及清真寺伊玛目长老等社会贤达等人物则采取了宽容相待的特殊策略，他们这些人的财产却安然无恙，毫发未损。舍伊赫?乌勒?伊斯城内街道等公众场所随即贴出了安民告示，要求所有民众在得知这一告示后，一律到城门外集中，如有违抗命令者，躲在家里抗拒者，一律格杀勿论。当时，蒙古军通过这种形式，无辜杀害了不少平民。兰以
以花拉子模国王亲舅图盖伊汗为首的三万余名钦察兵携带着妻子儿女等家人来到了郊区驻扎，正式接受蒙古军的调遣，以示效忠。蒙古军以配发蒙古军装备为借口，当即悉数收缴其武器装备。除此外，蒙古军专门指定城外郊区一个山谷作为他们独有的驻扎地使用。未曾想到的是，就在第二天，蒙古军便对他们采取突袭的方式向他们驻地发起攻势，将他们尽情杀光，抢走所有财物和家当，以免后患。即便如此，钦察部中仍有少量的生存者存活了下来。每当谈起这一钦察部被全体灭口事件时，幸存者都会情不自禁地痛苦流泪，并且深有感触发出内心的感叹道：“他们不但失去了抵抗的勇气，就连逃命的想法都荡然无存了。”
为了不坐以待毙，当天夜里，内城约千名全副武装的人马在阿里普?艾力汗的率领下，毅然决然地从城门冲杀出来。在蒙古军的围追堵截厮杀下，冲出了包围圈，趁着蒙蒙的夜色，拼命地向外逃跑。直到后来，这队人马便与扎兰丁王子率领的队伍会合了。
话说城外集结的大批民众当中，确实有不少能工巧匠。蒙古人也清楚这一点，遂从中精心挑选出一批技艺高超的工匠，将他们派兵押送至遥远的蒙古本部故乡一带进行劳役。在当时，这些工匠所从事的涉及制造白麻纸、绫罗绸缎、纺织品、头巾、鞣革、马具、大铜锅、银质及金属杯子、剪刀、缝衣针、武器、箭、箭袋以及其他专供皇室家族、富商等阶层使用的各种名贵物品等手工业等行业。这些一流的工匠都被蒙古军有计划地带到内陆地区安置，逐一分配给了成吉思汗后代子女或直系亲属做奴隶，当长工，在专门从事修缮等一流工匠营坊里居住干活。自此以后，蒙古军不止一次地从撒马尔罕城大量挑选、并将一大批内地各行各业所需的能工巧匠以及青壮年劳力输送到那里，为其效力，这也是造成撒马尔罕及其周边地区人口稀少甚至渐渐演变成稀缺荒芜的原因之一。
当撒马尔罕内城被蒙古军完全攻占后，成吉思汗曾经骑马对城区一带进行了一次巡视，内城各个街面到处是堆满尸体、一片狼藉，惨不忍睹场面。尔后返回郊区行宫。当地气候炎热，蒙古军初来乍到，有些苦不堪言。不过，行宫花园中栽培种植的众多树木散发出来的清凉湿气，置身于其中，倒是使这位蒙古可汗感到莫大的清凉和爽快，乐在其中。战乱后在当地造成的哀鸿遍野以及在炎热的气温下大量尸首腐烂发霉，到处散发出一股难闻的臭味，怪味使得当地民众对此不堪忍受，也迫使他们从此地逃脱，远走异国他乡。