桓玄带着几千亲信，跑到了石头城。刘裕进了建康，带着百官去迎接皇帝，把桓玄在建康的宗族都给宰了。刘裕到了建康，大事小情都交给了刘穆之处理，刘穆之那是手到擒来，很快就摆平了。那时候的晋朝，政令松弛，豪强欺压百姓，刘穆之那是根据实际情况，该改的改，该整的整。刘裕自己也是以身作则，不管是宫里宫外，百官都服服帖帖的。
刘毅他们在峥嵘州跟桓玄又干了一仗，把桓玄打得屁滚尿流。桓玄又挟持着皇帝跑到了江陵，宁州的督护冯迁带兵去迎击，抽出刀来就往前冲。桓玄说：“你小子是谁？敢杀天子！”冯迁说：“我就是来杀你这个天子之贼的！”一刀就把桓玄给解决了。皇帝又回到了江陵。刘毅他们提着桓玄的人头，挂在大桁上示众，把桓家的人都给宰了，就饶了桓冲的孙子桓孕一命。
安帝回到了建康，让刘裕都督中拜渚军事，镇守京口。卢循被任命为广州刺史，他派人来进贡，还给刘裕送了益智粽。刘裕呢，给他回了个续命汤，这俩人那是暗地里较劲呢。那时候扬州刺史王猛死了，刘毅他们不想让刘裕进朝廷辅政，想推谢琨当扬州刺史。刘穆之悄悄跟刘裕说：“晋朝的命脉已经掌握在您手里了，您功勋卓着，地位崇高，怎么能当个小小的守藩将呢？扬州是根本之地，不能让别人占了。”刘裕一听，有理，就自己当了扬州牧。
想当年，苻家败落，王猛、孙镇恶这两位英雄好汉就投奔了刘裕。他们骑马射箭可能不是最厉害的，但人家有脑子，做事果断，有人就推荐给刘裕了。刘裕跟他们一聊，嘿，那叫一个投缘，连说：“我听说将门出将，这话真不假！”
后来，刘裕带着水军从淮河杀进泗水，南燕的慕容超急得召集大臣们开会。公孙五楼出了个主意：“吴兵长途跋涉，咱们得速战速决。咱们得守住大岘山，别让他们进来，磨掉他们的锐气，再来个坚壁清野。然后咱们挑些精兵，沿着海边往南走，断了他们的粮道。再让段晖带着兖州的兵马，从山东一路打下来，咱们前后夹击，他们肯定玩完！”可慕容超不听，非得跟刘裕硬碰硬。
刘裕过了大山，那是高兴得手舞足蹈，指着天说：“咱们这回稳了！”旁边的人问：“您还没见到敌人呢，怎么就这么高兴？”刘裕说：“咱们的兵马已经过了险地，士兵们都有决一死战的心，粮食也充足，咱们赢定了！”
果然，刘裕跟南燕的兵马在临朐一开打，南燕那是大败，段晖等十几个将领都被砍了头，慕容超吓得跑回广固去了。这广固啊，就在现在的山东青州府城北。刘裕那是乘胜追击，一直追到广固，把外面的大城给攻下来了。
慕容超带着残兵败将躲进了内城，刘裕就围着他们建了个大围墙，天天守着。北方的老百姓一看这架势，都拿着武器、背着粮食来投奔刘裕，每天都有好几千人。南燕的内城迟迟攻不下来，刘裕干脆带着所有的兵马去攻。结果南燕的尚书悦寿一看大势已去，干脆开门投降，慕容超想跑，结果被刘裕给抓回来了，送到建康给宰了。
再说那卢循，他姐夫徐道复劝他趁刘裕北伐的时候偷袭建康，卢循还真听了。朝廷一看这架势，赶紧召刘裕回来。刘裕正琢磨着要不要留在下邳经营司雍呢，一看诏书，没办法，只好带着精锐步兵回来了。走到山阳的时候，听说何无忌战败身亡，刘裕那叫一个急啊，赶紧带着兵马日夜兼程往建康赶。走到江边要过江的时候，风大得吓人，大家都说不行。刘裕说：“要是天命在咱们这边，这风自然会停，不然咱们淹死算了！”说完就命令上船，结果船一动，风还真停了。
刘裕一到建康，就跟卢循在桑落州干了一仗，结果刘毅的兵马大败。卢循一路跑到淮口，朝廷那是全面戒备。刘裕跟手下的将领们说：“要是卢循直接进攻新亭，咱们可挡不住，得躲一躲。要是他跑到西岸去，那咱们就抓住他了。”结果卢循还真跑到西岸去了，刘裕带着兵马全力一击，卢循大败而逃，跑到豫章去收拢残兵败将，然后又跑回番禺，最后跑到交州去了。结果交州的刺史杜慧度把他给宰了，把人头送到建康去了。
再说刘裕，他那是越战越勇，带着兵马去偷袭荆州，把都督刘毅给宰了，又把豫州刺史诸葛长民给杀了。然后又去打并州的司马休之，司马休之吓得跑到后秦去了。刘裕一看时机成熟，就准备攻打后秦。这时候，刘穆之那是刘裕的左膀右臂，他当上了左右仆射，总管内外事务。刘穆之那是真厉害，宾客满座，找他诉苦、打官司的人那是络绎不绝。他一边看状纸，一边写回信，一边听别人说话，一边还得回话，愣是一点不乱，全都处理得井井有条。
刘裕带着兵马从建康出发，派了王镇恶、檀济、沈田子等几路人马同时进攻。王镇恶和檀道济那是战无不胜，一直打到洛阳，把洛阳给攻下来了。刘裕自己带着兵马打到潼关，后秦的皇帝姚泓派姚丕守渭桥，结果被王镇恶在渭水边给打了个大败。姚泓一看这架势，吓得连仗都不打了，一个人骑着马跑回宫里去，带着老婆孩子和群臣跑到王镇恶的军营前投降。王镇恶那是安抚百姓，号令严明，老百姓们那是安居乐业。
刘裕进了长安，把姚泓送到建康给宰了。刘裕本来想在长安经营西北，可手下的将士们都打累了，想回家。这时候刘穆之又去世了，刘裕一看，没办法，只好决定东归。他留下自己的次子桂阳公刘义真都督雍、梁、秦三州的军事，那时候刘义真才十二岁，王镇恶当他的司马。这一仗啊，王镇恶的功劳最大。可沈田子他们却嫉妒王镇恶，说他家在关中，不可靠。刘裕一听就笑了：“古话说得好，猛兽不如孤群。你们十几个人，还怕王镇恶一个？”
刘裕从长安出发，沿着洛河进了黄河，还开凿了汴渠，准备回家。这消息可把夏国的赫连勃勃给乐坏了，他立马派儿子赫连王贵带着两万骑兵去长安，自己则带着大军在后面压阵。
沈田子带着兵马去抵挡，一看夏军人多势众，就不敢往前冲了。王镇恶一听，火了：“刘公把十岁的儿子交给我们，我们应该共同尽力。你却在这拥兵不前，敌人怎么能被打败呢？”于是，王镇恶就带着兵马跟沈田子一起出击了。
可沈田子和王镇恶一直不对付，这下更是又气又怕。赫连勃勃就怕王镇恶一个人，听说他们俩不和，就派人到处散布谣言，说王镇恶要杀光南方人，占据关中反叛。沈田子一听，正中下怀，就请王镇恶到营中来商量事情，然后假传刘裕的命令，把王镇恶给宰了。
刘义真和王修听说后，赶紧穿上铠甲，登上城门查看情况。王修一把抓住沈田子，数落他擅自杀人，然后就把他给宰了。
赫连勃勃趁机占领了咸阳，把长安的粮道给断了。刘裕一听这消息，赶紧召刘义真回来，让朱龄石代替他镇守长安。赫连王贵带着三万大军去追刘义真，双方激战了好几天，晋军大败，刘义真侥幸逃脱。赫连勃勃占领了长安，朱龄石想逃回去，结果刚到潼关就被夏军抓住，送到了长安，赫连勃勃也把他给宰了。
这时候，宋公刘裕听到一个谶语，说“昌明之后，尚有二帝”。他就想了个办法，让中书侍郎王韶之和皇帝身边的人密谋，准备杀掉皇帝，立司马德文为帝。德文一直在皇帝身边，王韶之一直找不到机会下手。正好德文生病住在外面，王韶之就趁机用衣服把皇帝勒死在东堂。可怜这安帝，在位二十二年，最后落得这么个下场。
刘裕就假称这是皇帝的遗诏，让皇帝的弟弟琅琊王德文即位，这就是恭帝。刘裕自己也升了官，成了宋王，还搬到了寿阳去住。
刘裕想当皇帝，可又不好意思说出口。于是，他就召集群臣一起喝酒，假装随意地说：“桓玄篡位，晋朝的天下就已经不属于我们了。我倡导义举，恢复晋朝，立下大功，于是得到了九锡之礼。现在我年纪大了，不能一直占着这个位置，我想把爵位还回去，回京城养老。”群臣一听，都愣住了，不知道他葫芦里卖的什么药。
等到酒席散了，中书令傅亮才恍然大悟，跑去跟刘裕说：“我应该回京城一趟。”刘裕一听就明白了，什么也没说。
傅亮出来后，看见一颗流星划过天空，他拍着大腿说：“我以前一直不信天文，现在看来是真的有啊！”
傅亮跑到建康，请刘裕回去辅政。刘裕留下儿子刘义康镇守寿阳，让参军刘湛当长史，处理府里的事情。刘裕到了建康，傅亮就准备好诏书，让皇帝写。皇帝高高兴兴地拿起笔说：“桓玄那个时候，晋朝就已经没有天下了，全靠刘公又延续了将近二十年。今天的事情，我本来也是心甘情愿的。”于是，他就用红纸写了诏书，把皇位让给了刘裕，自己住到了以前的府邸里，只当了两年皇帝。
刘裕就在南郊举行了登基大典，大赦天下，改了年号，国号叫宋。他把恭帝封为零陵王，住在以前的秣陵县，还派兵看着他。后来，刘裕用毒酒让郎中令张伟去毒死恭帝，结果张伟自己喝了毒酒死了。刘裕又让褚淡之找机会下手，让士兵翻墙进去，用被子把恭帝给捂死了。
刘裕还带着百官在朝堂上哭了三天。至此，东晋就灭亡了，从元帝丁丑年开始，到恭帝庚申年结束，一共十一个皇帝，一百四十年。如果把西晋也算上，那就是一百五十六年了。刘裕篡位后，就成了宋高祖武帝。