这场胜利让联合舰队成为了宇宙的英雄，但他们也明白，宇宙的和平仍然脆弱。为了维护宇宙的稳定，联合舰队继续在科技和战略上不断进步。

他们在各个星系建立了监测站，利用先进的传感器和人工智能系统实时监控宇宙中的异常能量波动和潜在威胁。同时，联合舰队还加强了与其他友好文明的合作，共同建立起一个强大的宇宙联盟。

然而，新的危机又悄然浮现。一种名为“暗能瘟疫”的神秘力量开始在宇宙中蔓延，感染了无数的星球和生命。被感染的生物会陷入疯狂和变异，对周围的一切进行攻击。

联合舰队立刻展开调查，发现这种“暗能瘟疫”似乎是由一个古老的邪恶意识所控制。为了对抗这股邪恶力量，联合舰队深入研究暗能的特性，开发出了一种名为“光明净化波”的武器，能够驱散暗能的影响，恢复被感染生物的理智。

但在治疗过程中，他们遭遇了重重困难。“暗能瘟疫”不断进化，产生了抗药性，使得“光明净化波”的效果逐渐减弱。

联合舰队不得不加快研发新的治疗方法。同时，他们还要应对那些已经完全变异、失去理智的生物的攻击。

在一次救援行动中，联合舰队发现了一个隐藏在暗能核心的秘密实验室。实验室中保存着关于“暗能瘟疫”的起源和控制方法的关键信息。

然而，当他们准备获取这些信息时，却遭到了一群神秘机械生物的袭击。这些机械生物似乎是为了保护实验室中的秘密而存在，它们拥有强大的攻击力和防御力。

联合舰队与机械生物展开了一场激烈的战斗。在战斗中，他们发现这些机械生物的行动模式具有一定的规律，通过巧妙的战术安排，最终成功击败了机械生物，获取了实验室中的关键信息。

根据这些信息，联合舰队找到了控制“暗能瘟疫”的方法。他们制造出了一种特殊的装置，能够中和暗能的核心力量，从而彻底消除“暗能瘟疫”的威胁。

经过艰苦的努力，“暗能瘟疫”终于被控制住，宇宙中的生命逐渐恢复了正常。但联合舰队的使命还没有结束，他们继续在宇宙中巡逻，守护着宇宙的和平与安宁。

在未来的日子里，联合舰队又发现了一种能够穿越不同宇宙的神秘通道。通道的另一端似乎隐藏着无数的秘密和强大的力量。

联合舰队怀着探索未知的勇气和决心，毅然踏入了通道，开启了新的冒险之旅……