为了应对即将到来的巨大威胁，联合舰队再次踏上了全方位升级的征程。他们深入研究外星生物的科技，试图从中找到对抗宇宙帝国的方法。

在研究过程中，联合舰队发现外星生物的科技基于一种特殊的“生物能量网络”，可以实现个体之间的瞬间信息共享和力量传输。联合舰队的科学家们受到启发，研发出了“心灵连接装置”，让舰队成员之间能够实现更加高效的思维沟通和战术配合。

同时，联合舰队还发现了一种能够中和外星生物能量攻击的物质，将其应用于战舰的护盾系统，大大提高了防御能力。

在武器方面，他们进一步改进了超弦能量裂解炮，使其能够连续发射，并且威力更加强大。还开发出了一种名为“黑洞炸弹”的终极武器，能够制造出小型黑洞，吞噬敌人的舰队。

当联合舰队完成升级准备迎接宇宙帝国的挑战时，他们却收到了来自一个古老种族的求救信号。这个种族拥有着关于宇宙帝国的重要情报，但正遭受着宇宙帝国的围剿。

联合舰队毫不犹豫地改变航线，前去救援。在激烈的战斗中，成功解救了古老种族，并获得了珍贵的情报。

根据情报，宇宙帝国正在建造一种名为“恒星毁灭者”的超级武器，能够摧毁整个星系的恒星，造成毁灭性的后果。

联合舰队决定主动出击，在宇宙帝国完成超级武器之前发动攻击。他们穿越重重星系，终于找到了宇宙帝国的秘密基地。

一场空前激烈的战斗爆发了。联合舰队的战舰在宇宙中纵横驰骋，超弦能量裂解炮、黑洞炸弹等强大武器纷纷亮相。宇宙帝国的舰队也不甘示弱，双方展开了殊死搏斗。

在战斗的关键时刻，联合舰队的主角发现了“恒星毁灭者”的控制核心。他带领着一队精英战士，冒着生命危险冲向控制核心。经过一番激烈的战斗，成功摧毁了控制核心，阻止了超级武器的启动。

联合舰队最终战胜了宇宙帝国，保卫了整个宇宙的和平。但他们深知，宇宙的探索永无止境，未来还会有更多的挑战等待着他们……