对于第二军团而言，这四年战争中与人员和物资等有形的损失相比，他们所受的精神打击几乎是毁灭性的。在与冉丹人的血腥战争中，第二军团引以为傲的社会调查、发动人民变得毫无用处，很多时候还因此中了敌方陷阱。痛苦的军团不得不频繁发动无差别攻击，将自己发誓要保护的帝国人民与异形敌人一起汽化，这让军团自原体以下都开始对自己长久以来的理想信念发生了动摇。当第一军团接手战事时，原体甚至向第一军团原体莱恩表示自己长久以来的信念可能“确实错了”。

与第一军团一同到来的还有由帝皇和宰相马卡多共同签发的调令。

第二军团被勒令立即撤出战斗，返回母星所在星域听候下一步命令。原体本人则被命令返回泰拉向帝皇述职。

军团怀着沉重的心情接受了这一命令。谁都知道，原体返回泰拉述职只是一个好听的幌子，实际上这是一次耻辱的战败检讨。原体本人依旧尽职尽责与第一军团做好了交接，尽可能向莱恩转述了自己的作战经验，并拜托莱恩在未来尽力照顾自己的军团。

原体已经做好了承受一切处罚的准备。

原体回到泰拉之后所发生的一切我们并不得而知，只知道泰拉皇宫中的基因原体雕像群当时并没有完成，而当雕像群最终完工时，所有人都看见只有18座雕像屹立于皇宫之中。

原体回到泰拉后是否离开、第二军团最终的结局从此都成了一个永久的秘密。

关于这一切，其它原体曾经有过各式各样的猜测，而荷鲁斯更是曾经直闯皇宫内廷试图质问自己的父亲——然而他根本没能进入皇宫内廷，直接在终焉之门前被宰相马卡多挡了驾，双方言辞激烈，甚至一度曾差点发生冲突，最终以荷鲁斯被马卡多强大的灵能力量压跪在终焉之门前不能动弹而告终。

而帝皇本人自始至终没有露过面，也没有任何指示从皇宫中传出。

很难说荷鲁斯后来的背叛是否与这一次的事件有关，但可以肯定的是:原体和第二军团就此从帝国的官方记录中消失，甚至这个番号在帝国都成为了某种意义上的禁忌——一直到阿巴顿的第十三次黑色远征结束，帝国在亚空间的风暴中危在旦夕时，重新回归的第二军团才补上了这个记录，我们也才得以知道这一万多年中这个军团的传奇。