于是在荷鲁斯面前，一场激烈的争吵在原体和罗嘉.奥瑞利安之间展开。

罗嘉言辞激烈的指责第二军团的手“伸得太长”了，并借题发挥将第二军团不跪拜帝皇雕像、长期将“帝国”置于“帝皇”之前的不敬以及原体从来就不对自己的父亲顶礼膜拜等事情全部摆出来当作“罪证”，要求原体和他的军团跪在帝皇面前忏悔。

原体同样情绪激动，他愤怒的斥责怀言者那套神棍的把戏不但不是对帝皇的尊重，反而是在把有血有肉的帝皇庸俗化：“你以为你们树立他的神像、建立他的庙宇就是对他的尊敬？你们崇拜的到底是我们的父亲还是一个仅仅存在于你们想象中用来为自己那空虚的精神的伪神？不，我的兄弟，你在对他顶礼膜拜的时候，甚至不曾想过去深入了解他！他是个有血有肉，有智慧有感情的人，和你我、和军团、和帝国所有人民一样的人！他教导我们，他指引我们，但他绝对不希望我们去跪拜他！尊敬他的最好方式是即使他不在了，我们也可以沿着他的理想为了人类的明天继续前进！”

原体甚至声称：“在我看来，你们的那些仪式、那些祷言根本就是你们为了满足自己而非尊崇我们的父亲搞出来的，如果我们的父亲不在那个位置，你们就会去寻找另一个！”

这场言辞激烈的交锋最后随着荷鲁斯的强力干预而终结，第二军团和第十七军团自此分道扬镳。

对于荷鲁斯裁定的第二军团应当修复怀言者的神庙并且不再干涉这颗星球上的任何事务的裁决，军团照办了。但当怀言者们兴致勃勃的来到被第二军团重建的神庙前时，发现神庙主体结构是修好了，但其上被第二军团改造成了一个充满机械和电子设备，二十四小时播放帝皇要求人们反对迷信，信仰科学和理性的公开演讲的全息影像广播塔。

怀言者们站在塔前久久无语，最终选择离开了这颗星球。

火蜥蜴

火蜥蜴和第二军团志趣相投，伏尔甘和原体也算是惺惺相惜，认为自己和自己的军团相互之间都非常类似：二者都认为阿斯塔特接受改造手术，获得超人力量既是一种荣耀，也是一种责任。这些“超人力量”不是为了压迫凡人或者在他们面前自高自大，而是为了保护、服务帝国人民而存在的。在进行作战行动时，两个军团也同样会尽力减少平民的伤亡。

而第二军团对火蜥蜴崇尚技术和铸造也非常钦佩。但与火蜥蜴对产品精致追求到极致不同，第二军团始终认为产品最重要的是稳定、适合量产并且愿意为此付出一定性能上的代价。二者最大的合作项目是曾一起试图让古老的爆炎武器重新变成帝国的可量产装备并取得了突破性的成果，但对最终技术路线的分歧还是对最后的结果产生了影响：为了消除双方在技术路线上的分歧，火蜥蜴派出一支技术小队带着伏尔甘本人的设计图和意见前往第二军团的旗舰，试图再一次以商谈的形式消弭双方分歧（主要技术资料由第二军团保管），据信他们抵达了目的地，但不知道什么原因没有返航——随后这支小队也跟第二军团一起，消失在了帝国所有的记录里。

暗鸦守卫

第二军团的战术风格多变是大远征时期所有帝国军队的共识，这既是他们在原体回归之前曾跟随不同军团作战的烙印，也是原体回归后刻意延续的结果。

原体认为：黑暗的银河中散布着许多不同的种族，有各自的文化、思维、科技和战争理论。帝国军队在征战银河时会面对不同的敌人，如果作战方式一成不变很容易被人克制。在这种前提下，军队需要像海绵一样不断吸收其它帝国军队甚至异形的作战思想，为此，第二军团向其它所有军团派出了观察组以考察其它军团的作战方式。

克拉克斯和第十九军团对来自第二军团的战士们非常欢迎。一方面，这些战士“非常聪明”，对于十九军团的作战方式并没有花太多的时间就轻松适应，一些佼佼者甚至获得了进入十九军团原体卫队实习的荣誉。另一方面，第二军团善于调查、能从信息中抽丝剥茧获得情报的能力也让暗鸦守卫非常喜爱，这能有效为他们更快找到打击的关键节点。

克拉克斯曾经写信给原体，建议双方相互派出部队纳入对方建制内长期配合作战。十九军团之主认为这对两个军团都是好事，可以有效加强双方效率。

遗憾的是，这个建议提出后不久，第二军团就从帝国的一切信息里消失了，原体的答复和这个计划的最终结果不得而知

阿尔法

有人认为第二军团和第二十军团很可能是帝皇特意打造的“镜像”军团。如果说第二军团擅长的是从多个维度建立一个秩序，那第二十军团就擅长从各个维度拆毁一个秩序。在大远征中，两个军团在官方记录里缺乏相互配合作战的记录，但据很多第二军团老兵说，他们在征服一些世界的过程中发现当地原本稳固的秩序在他们抵达前数月突然崩溃，而经过仔细调查又能发现一些帝国方面活动的蛛丝马迹，这让两个军团是否真的有过合作变得扑朔迷离了起来。

为一可信的是，两个军团的原体从没有碰过面，一直到第二军团从帝国记录里消失都是如此。