李斯道：“并非如此。赵高先前卑贱，不懂道理，贪得无厌，求利不止。如今赵高的权位仅次于陛下，但他追求权位的欲望没有止境。故臣以为赵高极为险恶。”

嬴胡亥对李斯喝道：“极为险恶的人是你！你别以为朕不知道，你想骗朕杀了郎中令，断朕臂膀，孤立朕，然后拥立公子信为帝，是与不是！”

李斯辩解道：“陛下！臣万万不敢有此念想啊！”

赵高道：“陛下圣明！李斯顾虑的只有臣。臣若一死，他便可无所顾忌地对付陛下了。”

嬴胡亥道：“师傅！李斯这恶贼，就交由你来查办。”

赵高俯身作揖道：“诺！”

赵高将李斯关进大牢里，套上枷锁，外出抓捕他的家人。

李斯仰天长叹，道：“唉！可悲啊。无道昏君，我怎能为他谋划？先前夏桀杀关龙逢，商纣王杀比干，吴王夫差杀伍子胥。难道这三个臣子不忠吗？然而还是无罪被诛，乃是因为忠非其人。如今我的智谋比不上那三人，而陛下的凶残却远远甚于那三个暴君，我也应当忠君而死。且陛下治国简直胡来！不久前屠戮宗室宗室，现在又残害忠良，任用奸佞，对百姓横征暴敛。这些不是我不劝谏，而是他不听我的啊！长此以往，大秦亡国有日。陛下心中仍未觉悟，居然还信任重用赵高。我必然会看见叛贼攻入咸阳，使麋鹿嬉闹于朝廷之上！”

赵高将李斯全家逮捕，连同李由一并关押入狱。赵高捏造李斯谋反的罪证，将李斯严刑拷打，李斯遭不住，被迫承认自己谋反。

李斯自负能言善辩，不肯蒙受屈辱而自尽，又有大功于秦，确无反叛之心，寄希望于给嬴胡亥上书，令其悔悟从而赦免自己。

李斯上书道：“臣任丞相治民，已三十余年。初来秦时，秦地不过千里，兵数十万。臣尽绵薄之力，助先皇扫平六国，拥立秦王为天子。此罪一也。先皇南征百越，北击匈奴，臣为先皇调集兵员、粮草、辎重等，辅佐先皇开疆拓土。此罪二也。统一文字与度量衡，以示大秦威名。此罪三也。修筑驰道、直道，以供军事。此罪四也。省刑减赋，使百姓感戴皇恩，至死不忘。此罪五也。如李斯这般为臣者，所犯之罪久前便可诛杀，陛下望臣竭尽所能，臣方得存活至今，愿陛下明察。”

狱卒把奏疏转交到赵高手里。赵高浏览了一遍，将奏疏丢在火里烧了，不屑地言道：“囚犯怎么能上书呢？”

李斯让自己的手下假扮嬴胡亥派来复核李斯案子的御史。李斯见到假御史便改口翻供，以实情陈报，赵高命人毒打他。反复折腾两三次，李斯害怕被打，就不敢再翻供。待到嬴胡亥派真御史来复核，李斯还以为是假的，全然供认赵高捏造的罪行。

赵高将李斯认罪的状子上呈给嬴胡亥，嬴胡亥对赵高道：“幸好有师傅你，否则朕几乎要让丞相给出卖了！”

赵高作揖道：“忠于陛下，臣之所职。只是这李斯当如何处置？”

嬴胡亥道：“依师傅看，当如何判？”

赵高道：“依臣看来，李斯谋反，罪无可恕。当处具五刑，而后腰斩，并夷三族，斩草除根。”

嬴胡亥道：“如此甚好！”

嬴胡亥对于李斯的判决晓谕朝野，群臣闻之战栗。李斯赴刑场的前一夜，嬴信去往大牢探监李斯。

嬴信面无表情地问道：“事到如今，师傅可有话要说？”

李斯低着头，满腹委屈，沉默不语。

嬴信道：“师傅，说出来吧，人会好受些。”

李斯终于坚守不住，泪流满面道：“臣说，罪臣全都说……当日在沙丘平台，先皇便已病逝，且立有遗诏，命长公子回咸阳继位。臣与长公子曾有嫌隙，又贪于权位，与赵高合谋篡改遗诏，扶持今上为二世皇帝，并赐死长公子与蒙恬。自那以后，臣日日煎熬，夜夜自责，悔恨当初不该听信赵高之言，也不至于有如今这个局面……”

李斯仰天苦笑道：“师弟啊，李斯不幸被你言中，私心过重而自害其身！”

李斯情绪忽然激动起来，高声呼道：“先皇啊！罪臣有负于你，有负于大秦啊！”

嬴信听罢，心如死灰地离开牢房。

次日艳阳高照，李斯一家被全部押往刑场。李斯被刽子手捆绑住手脚，他的儿子李由也被绑在他身旁。

李斯道：“我儿啊，为父想和你再牵着黄狗，一同出上蔡东门去追逐野兔，已经办不到了！”

父子二人相视痛哭，李家三族皆受处极刑。