但朱允炆的下落终成为一件悬案。谁也不能肯定他是否真的被烧死了后来对他的帝业抱同情心的历史学家们都说他乔装成和尚逃离南京。当时官方的记载当然只能说皇帝及其长子已死于难中否则，燕王就不可能名正言顺地称帝了。朱允炆最后的真正命运仍然是一个谜。

在通俗性的历史著作中，建文之治通过关于这位命途多舛的皇帝的大量传奇故事而受到人们的怀念这些传奇之所以产生是由于人们同情他的苦难遭遇，以及被他的有神秘色彩的命运所吸引。这一传统最初之所以形成，是因为人们天真地相信，在南京陷落时皇帝并没有死于宫中之火，而是乔装成和尚设法逃离了京师，后来情节变得越来越复杂了。

一个稀奇古怪的事件表明了这个传说有多少人信以为真。有一个90岁的老和尚利用这个传说来到了正统皇帝的朝廷，自称他是从前的皇帝。这个骗子后来被揭露并处死了，但这个事件却助长了人们的幻想，也激发了其他相关传说的产生。

在16世纪以后关于这个题材的演义中，朱允炆和他的殉难的随从人士都逐渐变成了悲剧式的英雄人物。这些作品都把这位皇帝描写成为一位勤于政事的和仁慈的君主，对他的叔父慷慨大度，并自动地提出把皇位让给了后者。它们还渲染一个故事，说在京师失守之日他逃脱了叛变者的耳目，当了一位高寿的和尚，死后仍然留有后代。它们也同情地描述建文的殉节者，如齐泰、黄子澄和方孝孺，说他们是忠臣义士，声称他们的身后也仍有许多后嗣，尽管他们受到迫害。这些无奇不有的传奇故事不仅反映了人们对朱允炆及其所信奉的理想的同情。

另有传说，朱允炆逃离京城后，颠沛流离，千方百计逃避追杀，后隐居于湄江的观音崖也有称是陕西城固观音崖一带。诚心向佛，终了一生，著名的藏君洞也因此而得名。说朱允炆在湄江隐姓埋名，自称应文和尚，留下了许多对联诗话。其中对观音崖风光的描写联“峰如巢风彩，崖似卧龙文。”

在长期的流亡过程中，朱允炆一直以晋公子重耳的故事鞭策自己。希望有东山再起的一天。但后来他慢慢地发现，朱棣管理国家的能力比自己实在要强得多，也就慢慢地打消了这个念头。有联为证：“有梦难圆，尘世着魔迷木性无风易醒，洞泉悟道静凡心。“轻风吹拂着平静的心，沉醉于大自然之中，哪还管什么皇权富贵，都是过眼云烟。

多年以后，朱允炆触景伤情，咏联一副：“家从京畿而来，回首五岳峨眉，此等山川甲天下帝似尧舜以后，伉怀秦皇汉武，如我王孙旷古今。“这既是对湄江美丽风光的衷心赞美，也是对自己一生坎坷命运的高度概括，更是对无奈现实的宣泄、壮志难酬的遗憾的真实写照。