某日下午，目暮警官来到了工藤新一的家中，将工藤新一和宫野志保逮捕。尽管两人坚信自己是清白的，但目暮警官并不相信他们。

在警车上，工藤新一和宫野志保紧紧握住彼此的手，彼此安慰着。他们知道，接下来的日子将会非常艰难。在警局里，他们被关押在一个小房间里，等待着审讯。

审讯室里，目暮警官神情严肃地坐在桌前，手里拿着一叠文件。他看着工藤新一和宫野志保，冷冰冰地说：“你们还有什么好说的？证据已经足够证明你们是罪犯。”

工藤新一抬起头，坚定地说：“目暮警官，我们并没有犯罪。这些证据都是假的，我们是被陷害的。”

宫野志保也附和道：“是的，目暮警官。我们是被陷害的，我们需要机会证明自己的清白。”

目暮警官冷笑道：“你们需要机会？你们有什么资格要求机会？你们已经犯罪了，就应该接受惩罚。”

工藤新一咬着牙，说：“目暮警官，如果你不相信我们，我们可以自己找出证据来证明自己的清白。”

目暮警官不屑地看了工藤新一一眼，说：“好啊，给你们一天的时间。如果你们不能找到证据证明自己的清白，就等着坐牢吧。”

工藤新一和宫野志保知道，这是一个艰难的任务。他们需要尽快找到证据，证明自己的清白。于是，他们开始在警局里四处寻找线索，希望能找到证据。

在警局里，他们遇到了一个神秘的男子，他自称是“名侦探”，名叫基德。基德告诉他们，他已经掌握了一些线索，可以帮助他们找到证据。

工藤新一和宫野志保对基德的话半信半疑，但他们也没有别的选择，只能跟着他走。

在基德的帮助下，他们开始展开调查。他们发现，那些所谓的证据都是假的，是他们被陷害的。他们开始寻找真正的罪犯，希望能够找到证据，证明自己的清白。

经过一番努力，他们终于找到了真正的罪犯。他们将罪犯带到目暮警官面前，证明了自己的清白。目暮警官看着他们，感慨地说：“你们真的很了不起，我错了。我会为我的错误负责。”

目暮警官向工藤新一和宫野志保道歉后，他们感到松了一口气。虽然经历了这场风波，但他们也收获了友谊和成长。

经过这次事件，工藤新一和宫野志保与基德成为了好朋友。他们决定一起成为侦探，帮助那些被冤枉的人洗清冤屈。

某日，一个神秘女子出现在工藤新一的家中，她告诉工藤新一，她的名字叫做灰原哀，她曾是黑暗组织的成员，但因为对组织的所作所为感到失望，决定离开。她请求工藤新一帮助她寻找解药，以恢复她的身体。

工藤新一答应了灰原哀的请求，并邀请了宫野志保和基德一起加入。他们决定调查黑暗组织的秘密，寻找解药。

在他们的调查过程中，他们发现黑暗组织的成员遍布各个领域，势力庞大。他们决定先潜入黑暗组织，了解他们的内部情况。

经过一系列的考验，工藤新一、宫野志保和基德成功地潜入了黑暗组织。他们在组织内部发现了许多秘密，也发现了黑暗组织制造新型毒药的计划。

为了阻止黑暗组织的计划，工藤新一、宫野志保、基德和灰原哀决定联手对抗黑暗组织。他们通过智谋和勇气，成功地解除了黑暗组织的威胁。

最终，黑暗组织被彻底摧毁，工藤新一、宫野志保、基德和灰原哀成为了英雄。他们将黑暗组织的罪行公之于众，让那些被黑暗组织伤害的人得以解脱。

工藤新一、宫野志保、基德和灰原哀成为了传奇侦探，他们的事迹被传颂了许久。他们的故事成为了一部经典的侦探小说，激励着后来的侦探们勇敢地追求真相。