与此同时，郑成功的捷报也传到了张煌言这里，张煌言兴奋不已，立刻修书一封，极力主张趁胜追击，直接攻打南京。然而，面对张煌言的提议，郑成功却力排众议，坚持要采取围城的策略。对于张煌言送来的那封言辞恳切的信件，郑成功只是随手放在了一旁，并未予以过多关注。紧接着，他果断地下达命令，让所属部队纷纷安营扎寨，迅速布下了连绵不绝的营帐，将整个南京城团团围住。
当得知郑成功做出这样的决定之后，张煌言不禁连连摇头叹息。他忧心忡忡地说道：“如果不在此时此刻发起进攻，一旦敌方的援兵抵达，与城中原本的兵马相互呼应，形成里应外合之势，那么我们想要再次图谋南京，可就真的如同登天一般艰难了啊！”而张煌言手下的众多兵将们听闻此言，皆是一脸茫然，对郑成功此举感到十分费解。
公允地评论，郑成功的决策有其道理！想当年，郑成功起兵，这一坚持便是十几载春秋。在漫长的岁月里，他率领着主要以水师为主的郑家大军南征北战，围攻过的城池何止一座两座？其中就包括了漳州、福州、温州等战略要地。然而，每一次的攻城之战都异常艰难，由投降明军组成的清军总是拼尽所有力气死死坚守。
原来，清廷方面使出了极其狠辣的手段。他们不仅将守军将领的家属统统扣押在北京作为人质，以此来要挟这些将领必须死战到底；更为残酷的是，还明文规定，如果城池沦陷后又被夺回，那么就会对整座城市进行血腥的屠城行动。在如此重压之下，城中的无辜百姓们也是万般无奈，不得不拼尽全力协助清军守城，以求保住自己和家人的性命。
如今，摆在郑成功面前的是明太祖朱元璋精心修筑的坚固无比的南京城。暂且不说有没有足够的攻城器械，即便手中掌握着数百门威力巨大的红衣大炮，想要攻破此城恐怕也得付出成千上万士兵生命的惨痛代价。而郑成功所统领的大军虽对外号称有十数万人，但实际上真正的核心精锐力量不过两三万人而已。这样宝贵的有生力量乃是他多年征战积累下来的心血，他实在不愿意也绝不敢将其消耗在这场充满变数与危险的攻城战役当中。
当郑成功围攻南京的惊天消息如旋风般传至北京时，整个清廷都被深深震撼了！朝堂上下一片哗然，人心惶惶。此时的顺治皇帝年仅二十二岁，正值青春年少，但面对如此严峻的局势，也不禁慌了手脚。
听闻江南半壁江山即将被郑成功所收复，这位年轻的皇帝起初豪情万丈地扬言道：“朕要亲自率领大军出征，与那郑成功决一死战！”然而，随着时间的推移和对战争形势的深入了解，他心中的勇气逐渐消散，甚至产生了退回关外以避其锋芒的想法。
就在顺治皇帝犹豫不决之际，他的母后孝庄太后站了出来，狠狠地斥责了他这种退缩逃避的行为。孝庄皇后义正言辞地说道：“身为一国之君，怎能轻易言败？若此时退缩，大清国威何在？祖宗基业又将何去何从？”顺治皇帝听了这番话，如梦初醒，终于打消了逃回关外的念头，决心全力应对这场危机。
与此同时，郑成功的军队在南京城外安营扎寨。日子一天天过去，士兵们或许是因为连续的胜仗而心生懈怠，竟然开始纵情饮酒作乐，还有人下河捕鱼，完全没有了应有的警惕和防备。之前接连获胜所带来的高昂士气，如今也慢慢低落下来。
而南京城内的守将郎廷佐则通过探子得知了郑军的情况，心中暗自窃喜。恰在此时，崇明总兵梁化凤率领援兵及时赶到。经过一番精心策划，梁化凤决定趁着夜色发动突袭。当晚，月黑风高，梁化凤带领着精锐部队悄悄接近郑军营地。毫无防备的郑军在睡梦中突然遭遇攻击，顿时乱成一团，根本无法组织起有效的抵抗。刹那间，郑军兵败如山倒，一触即溃。等到他们好不容易回过神来，想要发起反攻的时候，梁化凤早已率部迅速撤回南京城中，并紧闭城门，严阵以待。
数日后，梁化凤再度率领着大批精锐骑兵前来叫阵。他们迅速占领了一处地势高耸、易守难攻的险要之地。只见梁化凤身先士卒，骑着一匹雄健的战马，率先从山上俯冲而下。他身后的骑兵们也如潮水般汹涌而来，马蹄声响彻云霄，气势如虹，锐不可当。
而此时的郑成功所部却因为未曾料到敌军会如此突然地发起攻击，一时间有些措手不及。面对敌人迅猛的冲击，郑军的阵线瞬间被撕开一道口子，队伍顿时陷入混乱之中。士兵们四散奔逃，互相推搡踩踏，场面一度十分狼狈。
然而，郑成功毕竟久经沙场，经验丰富。他很快便镇定下来，并迅速组织起有效的抵抗。经过一番激烈的厮杀和整顿，郑军逐渐稳住了阵脚。随后，他们开始发动反击，以牙还牙，与梁化凤的骑兵展开了一场惊心动魄的殊死搏斗。
就在双方激战正酣之时，一直站在城墙上观战的郎廷佐发现了战机。他急忙下令打开东门，派出一支训练有素的骑兵部队，悄悄地迂回到郑军的后方。这支奇兵如同鬼魅一般出现在郑军的背后，给予了他们致命一击。
遭受前后夹击的郑军终于抵挡不住，开始节节败退。士兵们惊慌失措，纷纷朝着江边狂奔而去，希望能够登上战船逃离战场。但由于船只尚在江中行驶，未能及时靠岸接应，许多郑军士兵无奈之下只得跳入冰冷刺骨的江水中，试图游向对岸。一时间，江面上人头攒动，呼救声此起彼伏，无数生命就这样消逝在了滔滔江水之中。
郑成功麾下最为骁勇善战、威名赫赫的铁人军闻令而动，匆忙披上厚重坚固的铠甲，手持利刃，准备迎战来犯之敌。然而他们未曾料到，清军早已对这支铁军有所防备。此前在镇江一役中的败将，已然详细地向己方描述了铁人的形貌特征：这些战士身披红袍，身挂绿带，远远望去，令人不禁心生惧意。但实际上，这所谓的威慑大半只是虚张声势罢了，因为铁人虽然威猛，但其沉重的铁甲却极大地限制了他们的行动灵活性。由于铁甲重达数百斤，使得他们动作迟缓，转动不灵，根本无法进行长途快速奔袭。
当清军看到铁人如潮水般汹涌而来时，纷纷策马来回奔驰躲避。铁人见状，奋力追击，但仅仅追赶了一段路程之后，便已感到体力不支。此时正值盛夏时节，骄阳似火，炽热的阳光无情地照射在铁甲之上，使其迅速升温发烫。铁甲内部的勇士们更是酷热难耐，仿佛置身于火炉之中。
就在铁人军队因疲惫和酷热而渐渐放缓脚步之时，清军突然折返杀回。只见他们挥舞着锋利的战斧和沉重的铁锤，狠狠地砸向铁人。每一次重击都带来巨大的震动，铁人军的战士们只觉得头晕目眩，站立不稳。有些铁人甚至直接摔倒在地，再也无力起身。而那些倒地的铁人，则很快就被清军士兵迅速抬起，放到车上运走。就这样，原本被寄予厚望用来对抗满清精锐骑兵的铁人军，最终还是以失败告终。
话说那清军狡诈异常，竟另辟蹊径派出一路奇兵从水上掩杀而来。此时郑成功的大部兵马皆在岸上奋勇厮杀，致使留在船中的兵将数量稀少、防守空虚。这路清军见状大喜过望，当即顺着江流急速而下，如饿狼扑食般直冲向郑成功的船队。
一时间，火光四起，清军点燃火把纷纷掷向郑军的大小船只。刹那间，熊熊烈火腾空而起，夜空中的长江被映照得如同白昼一般通红。火势迅速蔓延开来，转眼之间已有五百余艘郑军船只陷入火海之中。那些身处火海中的兵卒们惨呼连连，痛苦不堪地在船上翻滚挣扎，试图扑灭身上燃烧的火焰，但终究无济于事。最终，他们只能带着满身的烈焰惨叫着纵身跳入冰冷刺骨的江水中。
整个江面顿时陷入一片混乱与喧嚣之中，人喊马嘶之声不绝于耳。受伤的士兵倒在血泊之中呻吟呼救，受惊的战马四处狂奔乱撞。滚滚江水也仿佛因这场惨烈的战斗而沸腾起来，波涛汹涌，浪花飞溅。
就在这千钧一发之际，郑成功在忠心耿耿的侍卫们舍生忘死的拼命护卫下，艰难地杀出一条血路，退回到一艘大船上。他望着眼前的惨状，心痛不已但却临危不乱，果断地下令开船撤退。随着一声令下，大船缓缓驶离战场，逐渐消失在了茫茫夜色之中。
清军犹如饿狼一般穷追不舍，马蹄声和喊杀声响彻云霄。然而，就在这千钧一发之际，郑成功的水师迅速反应过来，果断地开炮回击。一时间，炮弹如雨点般倾泻而下，爆炸产生的火光和硝烟弥漫在空中。清军见状，被这猛烈的炮火所震慑，心中不禁生出恐惧之意，深知若再强行追击，恐怕会遭受更大的伤亡，于是只得不甘地停下脚步，缓缓收兵回营。
这场南京之战，对于郑成功来说无疑是一场噩梦。他不仅损兵折将，而且还付出了极其惨痛的代价。甘辉、张英、林胜、潘庚钟等一众大将皆在此战中壮烈牺牲。要知道，这些将领皆是身经百战之人，他们有着卓越的军事才能和丰富的战斗经验，堪称不可多得的将才。如今他们的离去，就如同折断了郑成功的羽翼，让其元气大伤。
与此同时，郑成功的水师战船也在激烈的交战中遭遇重创，许多船只受损严重，无法继续投入使用。修复这些战船需要耗费大量的人力、物力和时间，因此短期内水师的战斗力很难得到恢复。
自那以后，郑成功再也无力发动大规模的北伐行动，而东南一带的抗清活动也随之陷入了低谷。那些原本归附于郑成功的州县，眼见他此次战败，纷纷倒戈相向，重新投向了满清的怀抱。南京城外的这次失利，成为了压垮骆驼的最后一根稻草，使得南明王朝彻底失去了重振旗鼓、反败为胜的最后一线希望。