万灵门历史悠久，创派距今已有上万年的历史，为当今正邪两道正道之首。据传，万灵来派祖师本是位江湖小混混，少年时期穷困潦倒，于是云游四方，路经万灵山，在山顶上的一处山洞中，得到一本无名古籍，上面记载了各般功法，武学奇妙无比，威力无穷。

祖师得此奇遇，苦心修行，潜心钻研。忽忽二十年，小有所成，乃闯荡江湖，又经三十年，有所大成，独霸一方。遂在万灵山上，开业创派，门派名为万灵。因古籍近于道家，他便做了道人，自称“万灵仙”，后世弟子尊称“万灵仙人”。

万灵仙寿终二百一十一岁，身前收了五个弟子。五名弟子中有四名死于江湖厮杀，只剩下一人，如此经过五十余年，万灵山脉没发生过任何天灾人祸，时而有外敌争夺古籍，若非万灵仙留下的三件禁止法宝，万灵门早就被人灭了。

而后过了千年，万灵第十三代弟子中出了一个惊艳绝才的人物达丰。此人乃是一孤儿，在万灵门长大，后因机缘巧合，被第十二代掌门无崖子收为关门弟子，年仅二十四。

无崖子去世后，达丰成为掌门，严格要求众弟子修练。五十年间，赶上其余正派，而后三百年成为正派领袖。

日至今日，万灵门下有弟子数千人，高手如云，名声显赫，与“冰焰谷”、“金蝉寺”、“青木门”并列为当世四大门派。而掌门幻灵真人，是当今一等一的绝世高手。