李世民准备出发的时候，李建成和李元吉一起商议说：“如果秦王到了洛阳，拥有了土地与军队，我们便再也不能控制他了。不如将他留在长安，这样他就只是一个匹夫而已，捉住他也就容易了。”于是，他们暗中让好几个人以密封的奏章上奏高祖，声称：“秦王身边的人们得知秦王要前往洛阳，无不欢欣雀跃。看秦王的意向，恐怕他不会再回长安了。”

他们还指使李渊宠信的官员以秦王去留的得失利弊来劝说李渊，李渊便改变了主意，秦王前往洛阳的事情又半途搁置了。

李建成、李元吉与后宫的嫔妃日夜不停地向李渊诬陷李世民，李渊又逐渐信以为真了，便准备惩治李世民。

陈叔达进谏说：“秦王为天下立下了巨大的功劳，是不能够废黜的。况且，他性情刚烈，倘若加以折辱贬斥，恐怕经受不住内心的忧伤愤怒，一旦染上难以预料的疾病，陛下后悔还来得及吗！”于是，李渊又心疼起儿子来，没有处罚李世民。

李元吉暗中还向李渊说李世民迟早必反，请求过杀掉李世民。李渊说：“他立下了平定天下的功劳，而他犯罪的事实并不显著，用什么作为借口能如此做呢?”李元吉道：“秦王刚刚平定东都洛阳的时候，观望形势，不肯返回，散发钱财丝帛，以便树立个人的恩德，又违背陛下的敕命，不是谋反又是什么！只应该赶紧将他杀掉，何必担心找不到借口！”李渊有所顾虑，并未答应。的确，贸然杀掉李世民，大唐那些武将必然生变，李渊还根本没有完全掌控好那些人的能力。

所以，就连李渊也颇忌惮李世民在军中的实力，也怕他发动兵变。从这点上说，他也是暗中纵容李建成与李元吉发展自己的势力来钳制和抗衡李世民的。

李建成、李元吉因为秦王府拥有许多骁勇的将领，打算引诱他们为自己所用，便暗中将一车金银器物赠送给左二副护军尉迟恭，并且写了一封书信招引他说：“希望得到您的屈驾眷顾，以便加深我们之间的布衣之交。”

尉迟恭推辞说：“我是编蓬为户、破瓮作窗人家的小民，遇到隋朝末年战乱不息、百姓流亡的时局，长期沦落在抗拒朝廷的境地里，罪大恶极，死有余辜。秦王赐给我再生的恩典，如今我又在秦王府注册为官，只应当以死报答秦王。我没有为殿下立过功，不敢凭空接受殿下如此丰厚的赏赐。倘若我私自与殿下交往，就是对秦王怀有二心，就是见利忘义的小人，殿下要这种人又有什么用呢！”

李建成大怒，便与他断绝了往来。尉迟恭将此事告诉了李世民，李世民说：“明公对我的忠心就像山岳那样坚实牢靠，即使他赠送给您的金子堆积到了北斗星，我知道明公的忠心还是不会动摇的。他赠给您什么，您就接受什么，这又有什么值得猜疑的呢！况且，这样做能够了解他的阴谋，难道不是一个上好的计策吗！否则，祸事就将降临到您头上了。”

不久，李元吉指使勇士在夜间刺杀尉迟恭，尉迟恭得知这一消息以后，将层层门户敞开，自己安然躺着不动，刺客屡次来到他的院子，终究没敢进屋。

于是，李元吉向李渊诬陷尉迟恭，把他关进奉诏命特设的监狱里审问处治，准备将他杀掉，由于李世民再三请求李渊保全他的性命，这才得以幸免。

李元吉又诬陷左一马军总管程咬金，要李渊将他外放为康州刺史。程咬金对李世民说：“大王的辅佐之臣快走光了，大王自身又怎么能够长久呢！我誓死不离开京城，希望大王及早将定下计策。”

李元吉又用金银丝帛引诱右二护军段志玄，段志玄不肯从命。

朝中形势越来越明朗了，秦王府的幕僚属官都人人忧虑，个个恐惧起来，不知所措。