政变发生时李渊正在宫内的海池上划船。李世民让尉迟恭入宫担任警卫。尉迟恭身披铠甲，手握长矛，径直来到李渊所在的船上。

李渊大惊，问道：“今日作乱的人是谁?爱卿到此做什么?”

尉迟恭回答道：“秦王因为太子和齐王作乱，起兵诛杀了他们。秦王殿下担心惊动陛下，故派臣担任警卫。”

李渊大惊，痛心地对裴寂等人说：“不料今天竟然会出现这种事情，你们认为应当怎么办呢?”

萧瑀和陈叔达说：“建成与元吉本来就没有参与举义兵反抗隋朝的谋略，又没有为天下立下功劳。他们嫉妒秦王功劳大，威望高，便一起策划奸邪的阴谋。现在，秦王已经声讨并诛杀了他们，秦王功盖宇宙，天下归心，陛下如果能够决定立他为太子，将国家大事委托于他，就不会再生事端了。”

李渊只好顺势说道：“好吧！这正是我素来的心愿啊。”

当时，宿卫军和秦王府的兵马与东宫和齐王府的亲信交战还没有停止，尉迟恭请求（实则带有武力胁迫性质）李渊颁布亲笔敕令，命令各军一律接受秦王的处置，李渊听从了他的建议。

天策府司马宇文士及从东上阁门出来宣布敕令，众人便这样安定下来了。

李渊又让黄门侍郎裴寂前往东宫开导原李建成麾下的诸将士，将士们便都弃职而散。

李渊又召李世民前来，抚慰他说：“近些日子以来，我几乎产生了投杼的疑惑。”李世民跪了下来，伏在李渊的胸前，号啕大哭良久，一再声称斩杀兄弟实非己愿，奈何他们真的在造反围攻玄武门啊。李渊并不清楚具体情况，但他也知道现在算是这个二儿子强势归来了，只是伤怀一下子死了两个儿子，只能黯然地对李世民说道：“事已至此，你料理好他们的后事吧！我已老了，以后要靠你来打理好这江山了！只望你不要像隋炀帝那样！”

结果，李建成的儿子安陆王李承道、河东王李承德、武安王李承训、汝南王李承明、钜鹿王李承义，李元吉的儿子梁郡王李承业、渔阳王李承鸾、普安王李承奖、江夏王李承裕、义阳王李承度等人均伏诛，并除宗籍。

秦王府诸将领准备将李建成和李元吉的一百多名亲信全部诛杀，并将他们的家产没收官府。

李世勣对李世民杀红了眼也有所不忍，便向李世民劝阻道：“罪孽都是两个元凶所犯，而他们已经伏诛了，倘若还要牵连他们的党羽，就不是谋求安定的做法了！以后您治理天下，还是需要那些人才的呀！”李世民这才有所省悟，于是命令诸将领停止了追杀。