李渊闻言大怒，先将李建成、李元吉二人召来，然后又把李世民召来，当着李建成与元吉的面责备他道：“谁是天子，上天自然会授命于他，不是人的智力所能够谋求的。你谋求帝位之心怎么这般急切呢！”

李世民闻言，知道有人在父皇那儿进了馋言，便摘去王冠，伏地叩头，请求李渊将自己交付执法部门查讯证实自己有没有说过这种悖逆之话。李渊仍然怒气不息。

适逢有人奏称突厥前来侵扰，李渊这才改变了生气的面容，转而劝勉李世民，让他戴上王冠，系好腰带，与他商议对付突厥的办法。

武德七年（624年）9月9日，李渊颁布诏书命令李世民与李元吉率领兵马由豳州出发抵御突厥，在兰池为他们饯行。每当发生敌情，李渊总是命令李世民前去讨伐敌人，但在战事平息以后，李渊对李世民的猜疑却越发加重了。

武德九年（626年）6月，秦王李世民与太子李建成、齐王李元吉结下的嫌隙越来越深了。李世民认为洛阳地势优越便利，担心总有一天会发生变故，打算离开京城长安，退守洛阳以自保。所以他就让行台工部尚书温大雅镇守洛阳，派秦王府车骑将军张亮率领亲信王保等一千多人前往洛阳，暗中结交崤山以东的豪杰，等待事态变化。并拿出大量的金银丝帛，任凭他们使用。

李元吉告发张亮图谋不轨，张亮被交付法官考察验证。张亮从始至终一言不发，朝廷没查出任何把柄，便只得释放了他，让他返回洛阳。

之后李建成和李元吉在夜间设宴邀请李世民，暗中在酒中下毒。李世民察觉后，装着突然心痛，咬破舌头吐血无数，淮安王李神通连忙搀扶着他返回西宫。

李渊来到西宫，询问世民的病情，敕令李建成：“秦王向来不善于饮酒，从今以后，你不能够再与他在夜间饮酒。”

当然，若是公正地说，李建成是否有毒杀李世民之谋，并不确切。而李世民以此离席，亦或是计。至少，他自己心有怀疑，故而凭此脱险吧！

李渊因而对李世民说：“首先提出反隋的谋略，消灭敌雠，平定海内，都是你的功劳。我本也打算立你为太子，而你却坚决推辞。而且，李建成年纪最大，被立为太子已经很长时间了，我也不忍心夺去他的太子之位啊。我看你们兄弟似乎难以相容，一起住在京城里，肯定要发生纷争。我应当派你返回行台，留居洛阳，陕州以东的广大地区都归你主宰。我还要让你设置天子的旌旗，如汉朝梁孝王那般。”

李世民闻言连忙哭泣着说自己不愿意远离父皇膝下为由表示推辞。李渊说：“天下都是一家，东都和西都两地，路程很近，只要我想念你，便可动身前往，你不用烦恼悲伤。”

李世民准备出发的时候，李建成和李元吉一起商议说：“如果秦王到了洛阳，拥有了土地与军队，我们便再也不能控制他了。不如将他留在长安，这样他就只是一个匹夫而已，捉住他也就容易了。”于是，他们暗中让好几个人以密封的奏章上奏高祖，声称：“秦王身边的人们得知秦王要前往洛阳，无不欢欣雀跃。看秦王的意向，恐怕他不会再回长安了。”

他们还指使李渊宠信的官员以秦王去留的得失利弊来劝说李渊，李渊便改变了主意，秦王前往洛阳的事情又半途搁置了。

李建成、李元吉与后宫的嫔妃日夜不停地向李渊诬陷李世民，李渊又逐渐信以为真了，便准备惩治李世民。

陈叔达进谏说：“秦王为天下立下了巨大的功劳，是不能够废黜的。况且，他性情刚烈，倘若加以折辱贬斥，恐怕经受不住内心的忧伤愤怒，一旦染上难以预料的疾病，陛下后悔还来得及吗！”于是，李渊又心疼起儿子来，没有处罚李世民。

李元吉暗中还向李渊说李世民迟早必反，请求过杀掉李世民。李渊说：“他立下了平定天下的功劳，而他犯罪的事实并不显著，用什么作为借口能如此做呢?”李元吉道：“秦王刚刚平定东都洛阳的时候，观望形势，不肯返回，散发钱财丝帛，以便树立个人的恩德，又违背陛下的敕命，不是谋反又是什么！只应该赶紧将他杀掉，何必担心找不到借口！”李渊有所顾虑，并未答应。的确，贸然杀掉李世民，大唐那些武将必然生变，李渊还根本没有完全掌控好那些人的能力。

所以，就连李渊也颇忌惮李世民在军中的实力，也怕他发动兵变。从这点上说，他也是暗中纵容李建成与李元吉发展自己的势力来钳制和抗衡李世民的。