同年十一月，黄巢向唐军传檄，让其不要抵抗农民军先锋，随后兵临东都洛阳，黄巢自称“率土大将军”，唐东都留守刘允章未抵抗便向黄巢投降。

农民军逼近潼关，广明元年（880年）十二月初一日，张承范率神策军到达潼关，和唐前线溃军一万多人汇合，但当时唐神策军士皆长安富家子弟，行贿获得军籍，从未上过战场，加上潼关缺粮，士兵毫无斗志，不日潼关便被攻克。

坚持主张镇压农民军的宰相卢携被免去职务，服药自杀，唐僖宗携带文武百官南逃。

不久，黄巢亲率农民军进入长安，长安城内百姓夹道欢迎。

说了句名流后世的诗:

"待到秋来九月八，我花开后百花杀。冲天香阵透长安，满城尽带黄金甲"

并且黄巢带领的农民军纪律严明，还常对贫民施舍财物。

黄巢占领长安后，于十二月十三日正式建立农民政权，国号“大齐”，黄巢称帝，年号“金统”。

他尽杀唐王朝宗室，并命令唐官三品以上一律停职，四品以下留任。

然而，黄巢占领长安后，安于现状，未乘胜追击残余唐军，使得唐廷有时间重新调兵遣将。

广明二年（881年）三月，唐僖宗任命郑畋为京城四面诸军行营都统，负责进攻起义军。

黄巢派尚让、王璠带兵五万攻打郑畋，因急躁轻敌中了埋伏，损失两万余人。

四月，郑畋指挥唐军从四面围困住长安城。

黄巢主动把农民军撤出长安，东屯灞上（今陕西省西安市东南）。

唐军进入长安后，烧杀抢掠，无恶不作。

农民军得知唐军入城的暴行后，分兵数万重新杀进长安城，唐军死伤惨重。

中和二年（882年）正月，宰相王铎兼任诸道行营都统，统领各路唐军将黄巢困于长安城。

九月，黄巢大将朱温见农民军形势危急，杀监军严实，以同州投降都统右司马王重荣。

唐僖宗赐朱温“全忠”之名和高官厚禄，农民军队伍不断被分化。

同年十二月，唐王朝任命沙陀部落酋长李赤心之子李克用为雁门节度使（镇代州雁门，今山西代县），令其带领军队开至河中（今山西永济市西南）。

中和三年（883年）正月，李克用在沙苑（今陕西大荔东南）大败黄巢弟黄揆。

四月，黄巢率领农民军撤出长安，转入河南，以尚书左仆射孟楷为先锋进攻陈州（今河南省周口市淮阳），遭到陈州刺史赵犨的顽强抵抗，孟楷被伏杀。

黄巢大怒，继续围攻陈州，以致错失发展良机，遭到朱温和李克用等部的重兵围堵。

最终，黄巢军败向山东，退至狼虎谷（今山东莱芜西南）后自刎而亡，起义失败。

黄巢起义第一次提出了“均平”的口号，沉重打击了唐王朝的统治，摧毁了门阀士族势力，加速了唐朝的灭亡。