当时，太平公主依仗李旦的信任，在朝中仍拥有强大的势力，七位宰相有五人出自她的门下，文武百官也大都依附于她。她公然提出要废掉皇帝，因宰相陆象先反对而未遂。后来，李旦有意遣皇帝李隆基出京巡边，但最终却因故延期，将日期改为明年八月。据《资治通鉴·唐纪二十六》记载，太平公主依上皇之势，擅权用事，与上有隙，宰相七人，五出其门。文武之臣，太半附之。……初，太平公主与其党谋废立，窦怀贞、萧至忠、岑羲、崔湜皆以为然，陆象先独以为不可。……上皇诰遣皇帝巡边，西自河、陇，东及燕、蓟，选将练卒。……皇帝巡边改期，所募兵各散遣，约八月复集，竟不成行。

先天二年七月甲子日（713年7月29日），李隆基为夺回皇帝应有的权力，抢先发动先天政变，率羽林军袭杀窦怀贞、萧至忠、岑羲等太平公主党羽，随后赐死太平公主。李旦初闻变乱，与宰相郭元振登承天门避乱。他得知李隆基已扑灭太平公主的势力，遂下诏宣布窦怀贞等人的罪状，而后正式归政于皇帝，退居百福殿，颐养天年。至此，李隆基终于掌握了全部朝政。

开元四年六月甲子日（716年7月13日），李旦在百福殿病逝，享年五十五岁。[8]七月己亥日（8月17日），追谥大圣贞皇帝（《新唐书》作大圣真皇帝），庙号睿宗。十月庚午日（11月16日），葬于桥陵（在今渭南丰山）。

天宝八载六月戊申日（749年7月4日），李旦被改谥为玄真大圣皇帝。

天宝十三载二月癸酉日（754年3月5日），李旦又被加谥为玄真大圣大兴孝皇帝。

历史上对于李旦的评价挺好的，而且皇子和兄弟之间相处和谐，是李唐皇室难得一见的和平时期，据司马光评价：相王宽厚恭谨，安恬好让，故经武、韦之世，竟免于难。睿宗鉴前之祸，立嗣以功，所谓可与权矣。（本章完）