董卓想要杀袁绍，但李儒劝阻他说：“事情还未有定论，不可轻率杀人。”袁绍手提宝剑，辞别了百官，把符节挂在东门上，逃奔冀州去了。董卓对太傅袁隗说：“你侄子如此无礼，我看在你的面子上，暂且宽恕他。废立皇帝的事情你们怎么看？”袁隗回答说：“太尉的见解是正确的。”董卓说：“谁敢阻挠这个重大决定，就以军法论处！”群臣都非常恐惧，都说：“一切听从您的命令。”宴席结束后，董卓问侍中周毖、校尉伍琼：“袁绍这么一走了之，我们该怎么办？”周毖说：“袁绍是愤愤而去，如果我们急切追捕他，他势必会起兵反抗。而且袁家四世都积累了大量的恩德，他们的门生和故吏遍布天下；如果他收揽豪杰来聚集徒众，那么英雄就会因此而起，那时山东之地恐怕就不归您所有了。不如赦免他，拜他为一郡太守，那么袁绍会因为免去罪名而高兴，必定不会有什么后患了。”伍琼也说：“袁绍虽然好谋划但缺乏决断，不值得太过担忧；确实不如给他一个郡守的职位，以收拢民心。”董卓听从了他们的建议，当天就派人任命袁绍为渤海太守。
九月初一，董卓请汉灵帝的儿子刘辩登上嘉德殿，召集文武百官大会。董卓拔剑在手，对众人说：“当今的天子昏庸懦弱，不足以君临天下。现在有一道策文，应该宣读。”于是命令李儒宣读策文说：“孝灵皇帝早早地离开了他的臣民；皇帝（刘辩）继承皇位，全国上下都对他寄予厚望。然而皇帝天性轻浮，威仪不整，居丧期间怠慢懒惰；如此不德的行为已经昭彰，实在有辱皇位。皇太后（何太后）的教导没有体现出母仪天下的风范，执政期间也是一片混乱。永乐太后（董太后）突然去世，让众人议论纷纷。三纲五常，是天地间的纲纪，难道不应该有所补益吗？陈留王刘协，圣德伟大，规矩严肃；居丧期间哀痛不已，言辞不邪；美好的名声，天下都听闻了：他应当继承大统，成为万世的皇帝。因此，废除皇帝刘辩为弘农王，皇太后交还政权。请奉陈留王刘协为皇帝，顺应天意民心，以安抚天下百姓的期望。”
李儒读完策文后，董卓命令左右的人将皇帝刘辩扶下殿，解下他的玉玺和印绶，让他面向北方长跪，自称为臣听从命令。又命令太后除去皇后的服饰等候命令。皇帝和太后都号啕大哭，群臣无不感到悲惨。台阶下一位大臣愤怒地高声叫道：“董卓这个贼臣，竟敢做出这种欺天的大逆不道之事，我要用我的颈血溅在你身上！”他挥动手中的象牙朝板，直接向董卓打去。董卓大怒，喝令武士将那人拿下：那人正是尚书丁管。董卓命令将他牵出去斩首。丁管骂声不绝，直到死时神色也没有改变。后人有诗感叹他道：董卓暗藏废立皇帝的阴谋，汉朝的江山社稷危在旦夕。满朝的臣子都默不作声，只有丁公是真正的男子汉。
董卓请陈留王刘协登上嘉德殿。群臣朝贺结束后，董卓命令将何太后、弘农王刘辩以及皇帝的妃子唐氏安置在永安宫闲住，封锁了宫门，禁止群臣擅自进入。可怜的少帝刘辩，四月才登基，到九月就被废黜了。董卓所立的陈留王刘协，表字伯和，是汉灵帝的中子，也就是后来的汉献帝；当时年仅九岁。改年号为初平。董卓自封为相国，朝拜时不需要通报姓名，入朝时不必小步快走，可以佩剑穿鞋上殿，权势和威望无人能及。李儒劝董卓提拔任用有名望的人，以收揽人心，于是推荐了蔡邕的才华。董卓下令征召蔡邕，蔡邕没有赴命。董卓大怒，派人告诉蔡邕说：“如果你不来，我将灭你全族。”蔡邕害怕，只得应命而来。董卓见到蔡邕非常高兴，一个月内三次提升他的官职，任命他为侍中，对他非常亲近和厚待。
然而被废黜的少帝刘辩与何太后、唐妃被困在永安宫中，衣物和饮食逐渐变得短缺；少帝刘辩的泪水几乎从未干过。有一天，他偶然看到两只燕子在庭院中飞翔，于是即兴吟诗一首。诗的内容是：“嫩草绿凝烟，袅袅双飞燕。洛水一条青，陌上人称羡。远望碧云深，是吾旧宫殿。何人仗忠义，泄我心中怨！”
董卓时常派人探听消息。这一天，他得到了少帝刘辩的这首诗，便呈给董卓看。董卓说：“因为怨恨而写诗，杀他就有名正言顺的理由了。”于是命令李儒带领十名武士入宫刺杀皇帝。皇帝刘辩与何太后、唐妃正在楼上，宫女来报说李儒到了，皇帝大惊。李儒献上毒酒给皇帝，皇帝问为什么。李儒说：“春天风和日丽，董相国特意献上寿酒。”太后说：“既然说是寿酒，你可以先喝。”李儒愤怒地说：“你不喝吗？”他命令左右的人拿着短刀和白绫上前说：“寿酒不喝，可以领这两样东西！”唐妃跪着求告说：“我愿意代替皇帝喝酒，希望您能留下我们母子的性命。”李儒斥责道：“你是什么人，可以代替皇帝去死？”于是他举起酒对何太后说：“你可以先喝！”何太后大骂何进没有谋略，引贼入京，才导致今天的灾祸。李儒催促皇帝喝酒，皇帝说：“请允许我与太后告别。”于是大哭并作了一首歌。歌词是：“天地变换日月翻，抛弃皇位退守藩。为臣所逼命不长，大势已去空泪涟！”唐妃也作了一首歌说：“皇天将崩后土颓，身为帝姬命不随。生死异路从此别，奈何孤独心中悲！”
唱完歌后，皇帝刘辩与何太后相互抱着哭泣。李儒呵斥道：“相国正等着我的回报，你们这样拖延时间，还指望谁来救你们？”何太后大骂：“董卓这个贼子逼害我们母子，皇天不保佑我们！你们这些助纣为虐的人，必定要灭族！”李儒大怒，双手抓住何太后，直接将她从楼上扔了下去；他命令武士绞死了唐妃；用毒酒灌杀了少帝刘辩，然后回去向董卓报告。董卓命令将他们的尸体葬在城外。从那以后，董卓每晚都入宫，奸淫宫女，夜宿龙床。有一次，他率军出城，走到阳城地方时，正值二月，村民正在举行社祭活动，男女都聚集在一起。董卓命令军士将村民围住，全部杀死，掠夺妇女和财物，装载在车上，将一千多颗人头悬挂在车下，浩浩荡荡地返回都城，扬言是杀贼大胜而归；在城门外焚烧人头，并将掠夺的妇女和财物分发给众军士。
越骑校尉伍孚，字德瑜，见董卓残暴不仁，心中愤恨不已。他曾在朝服内披挂小铠甲，暗藏短刀，打算找机会刺杀董卓。一天，董卓入朝，伍孚在朝堂门外迎候，突然拔刀直刺董卓。董卓力气很大，两手紧紧抓住了伍孚的刀。这时吕布闯入，将伍孚揪倒在地。董卓质问伍孚：“谁教你反叛我？”伍孚瞪大眼睛大喝道：“你不是我的君主，我也不是你的臣子，何来反叛之说？你罪恶滔天，人人得而诛之！我恨不得将你车裂以谢天下！”董卓大怒，命令将伍孚拉出去剖腹剐杀。伍孚至死骂声不绝。后来有人写诗称赞他道：“汉末忠臣说伍孚，冲天豪气世间无。朝堂杀贼名犹在，万古堪称大丈夫！”