5月份的江南，气温渐渐升高，连绵小雨已经下了整整一天天，所有的道路都变得泥泞不堪，城内的士兵因挤在潮湿的城墙内苦不堪言幸好吃的还是热乎的勉强能忍受，城外的士兵就更惨了，下雨天进攻本就困难，还要被营寨的士兵在夜晚骚扰，只盼望着能早日结束战争。

1644年5月24日拂晓，方国安、陈子龙按照朱慈烺的安排开始了进攻，这次城内只留下一万守军兵锋直指阮大城的军队，方国安的军队从北门杀出去，陈子龙的军队从营寨也往北门赶来，初战时在前后夹击下，数量相差无几的阮大城和刘良佐军队被打的节节后退，阮大城心中疑惑不解，心想：朱慈烺的军队是怎么敢出城的，明明是自己人多，难道是城内已经存粮了，但这才围住了四天，也不敢大意，立马将所有的军队召集起来，正好他们也不想拖延了打个决战。

战至晌午，对方将领也不敢马虎大意，开始调整阵线相互配合起来，朱慈烺的军队因多是新兵渐渐落入了下风，阮大城的军队损失不过两三千人，朱慈烺的军队损失有五六千人。

忽有一支军队从西面杀过来，方国安和陈子龙脸上紧绷的表情漏出了笑容，他知道，是他们的援军到了，随即大喝一声“叛臣阮大城，我们的援军赶来了，你还不快下马受降”，阮大城冷哼了一声不再理会，他又不是瞎子那么多军队填了进来他看得见，但他不能退缩，他一退刘泽清和刘良佐的军队肯定跑的比他还快，而且战败了回去就再也没有机会翻身搞不好还得被问责。

阮大城不得已把刘泽清、刘良佐招过来议事，平复了心情问道“各位将军，如今我们的军队被三路包夹，都有不小的损失，后面的仗我们应该怎么打”，刘良佐和刘泽清一听这话都面面相觑，你作为一个总督师都不清楚怎么打，我们又能有啥办法，刘良佐此时的部队还剩下一万八千，他并不打算把家当都都在这里拼光“阮尚书，随着敌方援军的到来，我们目前劣势很大，逃跑的士兵络绎不绝，拦都拦不住，不如我们早点撤退吧，搞不好会全部折损在此，我们的性命都危险了”，阮大城只得无奈的同意了“就算要撤退也得要想个万全之策，不然敌方人数众多死死咬着我们，很难安全撤退”，刘泽清在之前被打的打败以后早就想跑了，他只有两三千人，这些都是自己的心腹，再打就要死光了，便率先开口道“阮尚书，我以为打了一天了双方士兵都很疲惫，可以在晚上乘着夜色缓缓撤退，就不怕敌方追击了”，三个人都觉得这么说有道理就同意了，，当何腾蛟的军队很快赶到了战场，阮大城、刘泽清、刘良佐都知道在这么打下去毫无优势，但也不敢立马撤退会造成大奔溃，只能咬牙坚持，几个人商量坚持到半夜就可以乘着夜色撤军回南京。

到了傍晚，阮大城的军队又损失了七八千人，此时只剩下了五万人，朱慈烺的参战人数则来到了9万多人，阮大城、刘泽清、刘良佐的军队被挤压在中军大营之中，随着南京城陷落、朱由崧兵败被杀的消息传到了阮大城的耳中，众人皆是震惊，随之而来的就是恐惧，因为他们不仅被包围，还回不去了，顿时乱做了一团，刘泽清和刘良佐凭借以往逃跑的经验各自奔向自己大本营，阮大城慌不择路被杀死在乱军之中，何腾蛟和陈子龙便各自带领一万精锐骑兵追了上去。

朱慈烺这边在收到锦衣卫传回来的捷报，立马派黄得功对刘泽清、刘良佐的军队进行围追堵截陈子龙乘势，朱慈烺则从南京出兵带兵杀向宁国府、松江府、上海、苏州、镇江，因朱由崧被杀的消息早已天下皆知，沿途并没有遇到什么抵抗，方国安则派自己的儿子方元科率兵进攻温州、湖州、宁波、金华。

刘泽清在逃跑到徽州府路上被何腾蛟带兵赶上，五六千只余百名近卫，在走投无路的时候想要投降并愿意献出自己的全部城池，只希望放他回去，但是何腾蛟早已收到了朱慈烺的命令俘虏或者斩杀，刘泽清知道自己以前在崇祯皇帝手下时候，并不服从朝廷命令，如果当了俘虏并没有什么好的下场便当场自尽了。刘良佐带领一万虽然跑的很快，但在庐州府附近就被黄得功拦住了，后面还有陈子龙的军队在追杀，很快就被包围了，在乱战中被杀死，剩余的部队能跑的都跑了，被俘虏的七千人。

在清理了刘良佐和刘泽清的部队以后，朱慈烺带领南京四万人，黄得功两万人进逼徐州，高杰感到非常害怕向朱慈烺写信书表示自己愿意归降。朱慈烺知道他只是假意归降，等清朝打过来了，他绝对会第一个投降，于是就告诉他接受了他的归降，但是需要他亲自到南京重新任命，高杰也没有多想，觉得就像拥立弘光帝一样，只是换了个主子而已。随着高杰到了南京城便被朱慈烺直接杀了，徐州、泗州因没了主帅便乱作一团，高杰的几个儿子互相争权夺利，剩下的将领有的想依附清朝，有的想投靠到左良玉的麾下，清朝还在陷入跟大顺的战事里并不想进行两线作战便没有理睬，左良玉在得知了江南的乱战，他也正好面临着被大西政权和大顺军的来回攻打的风险便同意了他们的请求，让亲信通知他们去牵制朱慈烺的军队，自己带领十万大军号称五十万，但左良玉这支军队只有一万多人是左良玉的嫡系，原先的精锐部队早在与李自成的拉锯战中损耗殆尽，其余都是在武昌刚招募的战斗力低下的流民，以铲除假太子的名义，发布檄文，带兵讨伐朱慈烺。