东晋孝武帝刚刚掌权的时候勤于政事，号令全由自己所出，开了一个好头，但后来逐渐沉迷酒色，将政事全部委托给了弟弟司马道子。而司马道子也是一个好酒之人，于是兄弟俩从早喝到晚，极度奢侈浪费。孝武帝因为崇尚佛学，平时所亲之人也都是些年老的和尚、尼姑，于是放任他们在朝中收受贿赂、广结党羽，甚至担任官职治理民众。
之后司马道子权倾内外，目中无人，曾于醉酒后指着桓温的儿子桓玄说道：“都说你的父亲晚年想做叛贼，是不是真的？”说得桓玄大惊失色，流着汗伏在地上迟迟不敢起身。孝武帝越来越厌恶司马道子，但碍于太后护着他又不好加以惩治，只得到处寻找有名望之人前来制衡。
而桓玄作为桓温的子嗣常以英雄自居，朝廷对他十分忌惮不敢重用，很久才将他封为一个小小太守。不得志的桓玄总是叹息：“父亲是天下的伯爵，儿子却只是郡县的小官。”他在江陵时嚣张跋扈，百姓们都害怕他，于是有人向朝廷告状：“桓玄经常闷闷不乐，不满自己的待遇地位，志趣也与常人不同，恐怕将来又是一个祸害。”
孝武帝不仅喜欢饮酒，还贪淫好色，经常留恋后宫，很少处理政事，朝中大臣几乎见不到他。而后宫嫔妃之中又以张贵人最被宠幸，但其实她是个心肠恶毒的女人，众人全都畏惧她。结果有一次孝武帝喝醉了，当着众人的面开起了她的玩笑：“你年纪这么大了还在后宫得宠，我真该废了你去找更年轻貌美的女人。”此时的张贵人不过三十岁，听到孝武帝这么说后极度愤怒，而孝武帝很快也见识到了胡乱调侃女人年龄的下场——当晚他熟睡之际，竟被张贵人用被子活活捂死。
于是孝武帝成功取代晋废帝司马奕成为了东晋死得最窝囊的皇帝，也是历史上唯一一个被嫔妃用被子捂死的皇帝——由此可见，千万别得罪女人，尤其不要在年龄上得罪女人！
孝武帝死后，司马道子也未多做追究，甚至没去调查凶手，只是迅速扶持太子即位——是为晋安帝。这个晋安帝颇有当年晋惠帝的风范，小小年纪就已口不能言，举止痴呆，甚至连冷热饥渴都不能分辨，生活也无法自理，多亏他舅舅一直在旁悉心照料。
当时各地藩镇和门阀的力量过于强大，致使朝廷的权力越来越弱，宰相司马道子也一直被手握兵权的将领王恭所限，只得暗中安排亲信去往外省担当护卫以求夺回兵权。
王恭得知后，立刻联合其他将领起兵进攻京城，刘牢之劝谏道：“您是国舅，而司马道子是皇上的叔父，本来就是自家亲戚。就算司马道子成功掌管了一部分兵权，对您又有多大损失？而且他曾经为了考虑您的情绪，亲手杀掉自己最爱的臣子，对您的尊重还不够多吗？您实在不应该主动挑起事端。”王恭不听。唯恐天下不乱的桓玄听闻王恭起兵后，也带领军队前去会合。
司马道子的儿子司马元显对他说：“都是我们之前放任王恭才有了今天的祸乱，如果再让他为所欲为，恐怕就要大难临头了。”司马道子不知所措，于是把事情全部委托给了司马元显，每日只是畅饮美酒而已。司马元显聪明机警，志气颇高，将国家安危视为己任，众人都认为他有晋明帝司马绍的风范。之后，司马元显以父亲司马道子身体不好又无日不醉为由，逼迫朝廷免除了他的官职，改由自己独揽大权。司马道子得知后十分生气，但也毫无办法。司马元显掌权之后开始变得越来越不可一世，要求公卿以下的官员见到他必须跪拜，身边亲信的也都是阿谀奉承之人。当时国家已是内忧外患，战乱不断，但司马元显却仍然不停积累财富，生活得比帝王还要惬意。
王恭一向恃才傲物，把刘牢之当作手下呼来唤去，却只给予微薄的待遇。刘牢之同样自负才华，对于王恭傲慢的态度深感愤恨，于是暗中背叛王恭结交司马元显。王恭虽然知道刘牢之对自己不忠，却仍然对他信任，不仅当着众人的面多次称呼他为长兄，还将手下的精兵强将全都交给了他。结果刘牢之趁着王恭出城阅兵时偷袭了他，将他抓获送往朝廷，最终斩首。
行刑之际，王恭神色自若地说：“都怪我过于信任别人，然而我的本心从未不忠于国家，希望百世之后有人能够理解我。”
之后刘牢之率领强悍的北府兵返回京城协助防御，桓玄看到后大为恐惧，只得暂时撤军。
荆州刺史殷仲堪眼见桓玄越来越骄纵，便想联合其他将领共同剿灭他。殷仲堪也信奉天师道，是个大仁大义之人，每当得知有人生病都会亲自前去问诊开药，手下之人都说：“殷大人太过仁慈，没有决断，恐怕不是心狠手辣的桓玄对手。”
果然，由于荆州连年大水，爱民如子的殷仲堪下令将所有粮食全都拿出来接济百姓，导致手下的军队开始缺粮。桓玄自然不会放过这个时机，于是偷袭江陵（湖北）杀死了殷仲堪。殷仲堪兵败逃亡时，有位下属本想誓死追随，但当殷仲堪看到他与家人依依惜别地抱在一起时，便自己一个人骑马走了，最终被敌军抓获后杀害。等到桓玄进入荆州，当地士人纷纷前去拜访，唯独这位下属始终不肯前去：“殷大人以国士的礼遇待我，我却因为被家人牵制而不能为他殉职，如果再投靠敌人，还有什么脸皮活在世上。”最终桓玄因为他迟迟不肯前来，一怒之下将他杀害。
桓玄吞并荆州后，所统领的地区已经达到晋国国土的三分之二，于是不断强迫朝廷将政务全权委托自己，还屡次派人制造祥瑞来为自己造势，意图篡位。晋安帝没有办法，只好听之任之。
正当东晋的权贵阶层内乱之际，民间也同样不平静，有位名叫孙泰的人凭借仙术妖言惑众，得到了众多士兵和百姓的信奉。之后他利用王恭作乱的时机，以讨伐叛军的名义聚集了很多民众，实际上是想自己造反。多亏司马元显和孙泰的私交甚好，于是将他诱骗后杀害，然而却没能斩草除根，孙泰的侄子孙恩成功逃往海上，继续受到民众的支持和资助。
孙恩为了给孙泰报仇，掀起了更大的风浪——组织了一场自汉末以来，最大的宗教起义。他利用民众的爱戴，接连从海上攻取数个州县，然后进攻重城会稽（浙江）。当地的守将是王羲之的儿子王凝之，这个愚蠢之徒出现了巨大失误。由于王家世代信奉天师教，所以王凝之在面对叛军时既不派兵出战也不部署防备，而是整天对着神像磕头念咒，以为可以击退敌人。等到孙恩都杀到城门口了，他才勉强听从部下的建议出兵抗敌，最终被孙恩杀害，会稽城也沦陷了。
王凝之虽然是个废物，却迎娶了一位来头不小的妻子——谢道韫，她出身于当时东晋最大的谢氏家族，叔叔更是大名鼎鼎的谢安。谢道韫从小就有才女的称谓，在一个大雪纷飞的冬天，谢安为了考察小辈们的文学造诣，特意出题“白雪纷纷何所似”，想让他们用自己的话形容正在飘落的雪花。话音刚落，谢安的一个侄子便答道：“撒盐空中差可拟”——以同样白色的盐粒来形容。谢安听后，抚摸着胡须没有说话。而站在一旁年仅七岁的谢道韫也突然开口说道：“未若柳絮因风起！”——来将雪花比作更为神似的柳絮。谢安听后不禁竖起大拇指赞道：“妙哉，妙哉！”自此，谢道韫便得到了一个“咏絮之才”的美称。后世编撰的《三字经》也特意记载了：“蔡文姬能辨琴，谢道韫能咏吟””来表达对她才华的欣赏。就连撰写《红楼梦》的曹雪芹，也是以“咏絮之才”形容书中自视甚高的才女林黛玉，可见谢道韫的魅力影响之深远。
然而谢道韫不仅拥有才华，还是位巾帼不让须眉，能够为国奋战的女将军。正当孙恩叛军攻入会稽，很多男子都争相逃亡之时，谢道韫却亲自披挂上阵，从容地挥舞大刀连斩数人，可惜最终还是寡不敌众，不幸被擒。孙恩敬佩她的勇敢，毫发无损地将她释放。
不久，会稽周边八郡的百姓全都杀死守将响应孙恩，叛军一下子增长到几十万。而其他地区的百姓又长久没有经历战事，对于作战早已不熟悉，每次听到叛军的风声只能四散逃亡。
孙恩得势后自称将军，将部众称为“长生人”，民众中只要有人不与他同心同德就会遭到屠戮，即使是老弱妇孺也一样被杀，很多县城在他的治理下死伤伤超过十分之八。孙恩还下令把攻克的城池的守将剁成肉酱，逼迫他们的妻子吃下，谁不肯吃就会被五马分尸，手段极为残忍。他还喜欢将刚出生的婴儿投入水中，然后欺骗左右道：“我们应当恭喜他早一步登入天庭，我们其他人随后就到。”
而东晋朝廷对于这伙叛军也是办法不多，由于晋安帝即位以来，叛逆割据之人此起彼伏，使得国家对多个地区都失去了管控：南方的荆、江一带被桓玄所占，西边被河南附近的蛮夷侵扰，京口和江北（江苏）则遭到刘牢之的牵制，其实真正能够管理的地区也就只剩下会稽附近，结果又遇上孙恩叛乱。缺兵少将的司马元显无奈之下，也只得硬着头皮前去平叛，刘牢之也发兵讨伐孙恩。
东晋到了此时已然分崩离析，可谓强弩之末。然而时势造就英雄，正当百姓即将被卷入新的一轮战乱时，一位救世英杰终于诞生，他就是两晋乃至整个南北朝最能打的将领——刘裕。
刘裕出生于西楚霸王项羽定都的彭城（江苏），母亲早亡，家里怕养不起他就想将他丢弃。多亏好心的姨母好心相助，用自己的母乳喂养了刘裕，甚至不惜断掉了给亲生孩子的奶水。刘裕长大后，强壮勇敢又胸怀大志，粗略认得几个字，以卖鞋为生，还特别喜欢赌博。而蛟龙成为真龙之前，往往连鱼虾都欺侮它。当时的刘裕无论名声和地位都很低微，被视为轻率狡猾又无品行之人而被乡邻所看轻，士族名流全都不愿与他交往，更是曾因拖欠赌债被人绑在了本该拴马的柱子上。