禹所止辄停车住节，以劳来之，父老童稚，重发戴白，满其车下，莫不感悦，于是名震关西。帝嘉之，数赐书褒美。——《后汉书》
手下将领劝邓禹直接进攻长安。邓禹认为自己人数虽然多，但能打仗的太少。决定取军北上，先平北地，解决粮草问题，寻机而战。刘秀因为邓禹迟迟不进军，命邓禹赶快进军。但邓禹坚持己见，出兵上郡，直到赤眉军西出长安，邓禹才进军长安。
赤眉军西进被陇右隗嚣所败，赤眉军折返长安，击败邓禹军。刘秀眼看邓禹兵败，迟迟无法平定关中。于是派冯异接替邓禹指挥西征军。建武三年，冯异到达军中之后，认为赤眉军实力尚强，不愿出战。但邓禹和手下邓弘立功心切，急于应战，结果再次大败。邓禹仅率24骑逃到宜阳。而冯异被邓禹坑得更惨，弃马徒步逃走。
邓禹引咎辞职，但几个月后再拜右将军。
邓禹离开指挥职位后，冯异收拢残部与赤眉军崤底发战，重创赤眉军，赤眉军投降八万人。赤眉军溃败。刘秀听说崤底之战冯异大胜，亲自领兵入关中，命侯进驻守新安，耿弇驻守宜阳。刘秀亲自前往宜阳，联合诸位将领阻挡赤眉军溃逃，赤眉军投降。关中平定。
门风严正
建武十三年，天下平定。邓禹被刘秀封为高密侯，之后又封邓禹弟弟邓宽为明亲侯。但邓禹不以功高位重而自傲，反而想远离权势。
每次觐见，都恭敬有礼。子女十三人，在邓禹严正的门风教导下，每人必须掌握一门技艺，一切吃穿用度，都只能来自封地，不可以为自己谋取私利。所以邓禹的每个孩子，品格都很好。
汉明帝刘庄继位后，封邓禹为太傅，对邓禹很尊敬。邓禹患病之时，多次问候邓禹。
永平元年，邓禹去世，谥号为元侯。
邓氏家族在东汉时，非常显赫。光是皇后就出了四位。这都来自于邓禹的教导，以及邓家严格的门风。
邓禹位列功臣第一，并不是战功，而且谋略和品行
邓禹领兵打仗的能力，确实挺一般。独当一面的能力也很差，但却是功臣第一。
他的作用，类似于西汉的萧何和张良。为刘秀招揽人才，出谋划策，制定战略。
在动乱年代，君臣互相选择。在乱世之中，邓禹投奔刘秀。邓禹出兵关中之时，投奔邓禹的人如同到了家里一样，功业虽没完成，但道义和仁德得到了弘扬。失败回朝，刘秀和他没有隔阂与猜忌。邓禹堪称是仁人君子的典范。
功虽不遂，而道亦弘矣！及其威损栒邑，兵散宜阳，褫龙章于终朝，就侯服以卒岁，荣悴交而下无二色，进退用而上无猜情，使君臣之美，后世莫窥其间，不亦君子之致为乎。”
本章彩蛋《南召民间故事|邓禹坟》一文载：
南召小店乡的北山沟里，有个古冢，人们说里边埋着汉将邓禹（有争议）。提到这座坟墓，当地群众会谈起当年刘秀访邓禹的故事来。
刘秀准备起兵反王莽的时候，到处访将求贤。他听说邓禹智多谋广，是栋梁之材，和母亲一起隐居在伏牛山，就下决心要把邓禹请出来。
伏牛山山高路险，当时已是寒冬季节，刘秀逢山翻山，遇水蹚河，走了月余时间，访了好多村，问了很多人，没访着邓禹的下落。这一天，刘秀来到伏牛山东部的一条山沟里，天上飘着雪花，他又冷又饿，就到一座庙里避寒。只见一位头发斑白的老太太，面带愁容来到庙内，说：“天上神明，大慈大悲！保佑我儿邓禹灾消病除！”刘秀一听“邓禹”二字，一阵高兴上前施礼说：“邓老伯母受侄儿一拜！”邓老太太十分吃惊，站起来问：“你是何人？”刘秀说：“我叫刘秀，特为找邓禹兄弟来的。”邓母也早听得刘秀大名，说：“俺母子二人进山以后，我儿整日愁眉不展，身染重病，一连几天，茶水不进，卧床不起，是给他寻药回来，路过这里，进庙求告神灵。”刘秀一听邓禹大病在身，说：“伯母不必多虑，带我去看一看。”
邓母领着刘秀回到家里，刘秀见邓禹病势沉重，不省人事，不禁大惊。他连喊数声，邓禹仍然闭目不醒。他忙从邓母手里接过草药，亲自点火煎上。药煎好后，他把邓禹扶在怀里，亲口试热试凉，然后一勺一勺地给邓禹喂药。刘秀看着邓禹病成这个样子，不觉滴下几滴泪水，喂了十几口，邓禹慢慢睁开双眼，当他知道抱他喂药的人是刘秀时，马上又了精神，病好了大半。
刘秀心大喜，就和邓禹谈起国家兴亡的大事来了。当谈到王莽篡位，欺压众卿，残害黎民时，刘秀便提出要邓禹出山，助他中兴汉室，共图大业。谁知邓禹是个孝顺的人，心想：有老母在堂，怎能离开？就对刘秀说：“尽孝不能尽忠，只能等老母百年以后，我一定尽力相助。”
邓母听到刘秀要邓禹出山，共除王莽，心里实在欢喜。想到自己不能为国出力，反拉了儿子后腿，耽误国家大事，心中很是不安。想了一阵子，她决定自己早死，断了儿子的后顾之忧，好让他一心一意为国尽忠。于是就对刘秀说：“你们二人谈话吧，我给你们做饭去。”
邓禹同刘秀又谈了好久，不见母亲过来。到厨房一看，不在厨房。他们找到后院，邓母已经在大树上吊死了。
刘秀披麻戴孝，帮助邓禹埋葬老母之后，又劝邓禹出山，邓禹说：“母亲虽死，理当守孝三年。”刘秀说：“汉室复兴，足慰老夫人在天之灵。”邓禹只是不听。这时北风呼呼，眼看又要降下一场大雪，封了山路，刘秀更加心急火燎，说话间，鹅毛大雪下了起来。刘秀灵机一动，对邓禹说：“邓老夫人为国尽忠，感动上苍，你看天地万物，都为老太太戴孝了！”邓禹说：“天意如此，我只能鞠躬尽瘁，死而后已，那就守孝三天吧。”刘秀只好耐着性子，陪着邓禹守了三天孝。
以后，邓禹随着刘秀起兵，出谋划策，南征北战，刘秀靠着邓禹等二十八宿，推翻了王莽，建立了东汉。邓禹死后，按照他的愿望，便安葬在他生前隐居过的山沟里，就是现在的邓禹坟。