此时世界观已经展开，无数谜团呈现了出来，主线也逐渐清晰，那就是报仇，一个青年刺客报仇之路。

1478年，修炼两年的艾吉奥重新回到了佛罗伦萨这片土地上，盗贼工会头目沃尔佩接应了艾吉奥，并告诉艾吉奥，帕奇家族族长维耶里的老爹今晚有一个秘密会议，艾吉奥从圣墓潜入了进去，而开会的四个人正是当年那帮人。

他们做好了准备要推翻美第奇家族，计划明天早上就会埋伏洛伦佐。

而在圣墓中，艾吉奥发现了跟圣所一样的雕像，并在圣棺中发现了一个机关钥匙。

而圣所中七个雕像是从东方到西方，从古种花家到古埃及的七位伟大刺客。

分别是高曲兰，大流士，魏羽，阿蒙内特，伊尔塔尼，莱奥尼乌斯，以及【阿泰尔】。

将六位刺客雕塑下的机关钥匙带回，便能打开最后的雕像【阿泰尔】所用的传说装备【阿泰尔战衣】。

第二天早上，圣母百花大教堂前，一群圣殿骑士突然暴起，先杀死了洛伦佐的弟弟，随后一刀砍向洛伦佐。

幸亏艾吉奥及时赶到，在帕奇家族的重重包围之下救下了重伤的洛伦佐·美第奇。

再知道了救自己一命的艾吉奥是奥迪托雷家族的人后，洛伦佐感叹这就是自己的宿命。

原来在他六岁时，艾吉奥的老爹奥瓦尼就救过洛伦佐一命。

而帕奇家的一个主教还想鼓动民众，没想到维耶里的老爹尸体直接被艾吉奥推了出来，挂在了半空之中。

民众吓得落荒而逃，帕奇家的主教也骑马逃往城外的城堡。

艾吉奥跟了上去，却看到了害死全家的凶手之一，罗德里戈。

而罗德里戈对帕奇家族接二连三的失败已经忍无可忍，直接杀死了帕奇家的主教，并且罗德里戈早就猜到艾吉奥会在这里。

被发现的艾吉奥与护卫发生了一场恶战，艾吉奥在人群中大杀四方，结束后才发现罗德里戈早已不见踪影。

而这一走，就是两年没有出现。

直到两年后的1480年，艾吉奥才重新收到罗德里戈出现在威尼斯的消息。

艾吉奥在去往威尼斯的路上遇到了达芬奇，以及达芬奇还未设计完成的飞行器。

当达芬奇和艾吉奥介绍这个飞行器的时候，艾吉奥这么多年的刺客直觉让他觉得有些不对劲。

果然，罗德里戈的手下冲了过来，艾吉奥跳下马车阻截追兵，并且和达芬奇约好在前方的弗利相见。

解决掉了追兵，在码头艾吉奥遇到了一个被困在河上的女人，艾吉奥虽然经历了许多，但本性还是没有变，直接上去撩妹。

而达芬奇知道艾吉奥要泡那个女人后，达芬奇笑的很开心，他告诉了艾吉奥对方的身份——米兰公爵的女儿，弗利领主的老婆。

艾吉奥听完越发来了兴趣，而此时露茜却叫醒了戴斯蒙德。

戴斯蒙德在【ANIMUS2.0】中待的太久了，在不醒来很可能和16号一样导致出血症。

不过可惜的是，戴斯蒙德还是出现了症状，恍恍惚惚之间，阿泰尔的记忆出现。

玩家也第一次在这个世界上看到了这个传奇刺客，【阿泰尔】。

‘阿泰尔’跟随一个人影来到了塔顶，遇到了一个女人，女骑士玛利亚。

两人在高塔之上精耕细作一番后阿泰尔从楼顶一跃而下，但诡异的事情来了，戴斯蒙德的记忆没有跟随阿泰尔，而是留在了玛利亚的身上。

戴斯蒙德被惊醒，发现自己躺在了床上，出门后戴斯蒙德发现露茜闷闷不乐，原来昨天晚上刺客组织又失去了八名刺客。

于是戴斯蒙德赶紧进入【ANIMUS2.0】，想要尽快找到神器的位置。

记忆中的时间又是一年，来到了1481年的威尼斯。

在1481年的威尼斯中，艾吉奥亲眼看到普通商人被敲诈勒索，而商人去投诉时又被诬告入狱。

威尼斯的公民被权贵压榨，生活在水深火热之中。

此时艾吉奥遇到了女贼罗莎被卫兵包围，艾吉奥果断出手，将罗莎救回盗贼工会。

盗贼工会会长安东尼奥与艾吉奥的目标都是盘踞在威尼斯的商人领袖，两人目标一致于是开始合作。

艾吉奥的浪子天赋再次发动，和女贼罗莎进行了一番友好沟通，罗莎也交给了艾吉奥一些攀爬技巧。

随后艾吉奥帮助盗贼工会处决叛徒，偷袭商人工会运输队，把盗贼伪装成商人护卫弓箭手，做好了万全准备之后，艾吉奥等人直接强攻威尼斯商人领袖所在的丝绸宫。

艾吉奥偷听了商人领袖和议员的谈话后直接击杀了商人领袖。

帮助盗贼们打开宫殿大门，把商人们搜刮来的民脂民膏重新归还给人民。

而艾吉奥则独自离开，更上了和商人领袖谈话的议员。

果然，跟随着议员，艾吉奥再次找到了罗德里戈，这帮人妄图推翻佛罗伦萨失败后又将目光放到了威尼斯，想将佛罗伦萨的招数用在威尼斯上，通过议员来下毒暗杀威尼斯总督，然后扶持自己人，商人领袖的堂哥上位。

艾吉奥想潜入总督宫，可总督宫警卫森严，根本潜行不进去。

只能另寻办法，去寻找达芬奇，达芬奇再听到潜行不进去后像艾吉奥推荐了自己设计的滑翔机。

然而滑翔机根本飞不出去多远，达芬奇恼怒的将滑翔机手稿丢进火炉之中，而火炉中被烧成碎片的纸屑在半空中飘舞着，这也给了达芬奇灵感。

只要在路线上放几把大火，火焰的上升气流不就能让滑翔机顺利的飞进总督宫。

在盗贼工会安东尼奥的帮助下，盗贼们守住哨所，一切准备就绪，艾吉奥一跃而下，驾驶着滑翔翼在半空中不断飞舞，直奔总督宫而去。

而总督听到了什么动机，站在窗台前看着外面，而议员则担心迟则生变，连忙让总督过来喝下这杯毒茶。

就在总督端起杯的时候，艾吉奥连忙阻止，议员则站了起来离开房间，原来艾吉奥还是来晚了一步，在艾吉奥面前，总督吐血倒地。

艾吉奥愤怒的冲向离开的议员，可卫兵们都以为是艾吉奥刺杀的总督。

来来回回忙活了半天，还是让商人领袖的堂哥上了位，并且这位新总督吸取了教训，加强总督宫守卫之外，并且从不踏出总督宫半步。

幸运的是，威尼斯一年一度的嘉年华要到了，从安东尼奥的朋友泰奥多拉修女处得到消息，新总督也会参加嘉年华。

而浪子艾吉奥对既是修女又是妈妈桑的泰奥多拉非常好奇，谁能想到泰奥多拉表示，她选择践行信仰的方式是运用自己的身体，这是她自己做出的决定，她认为男人必须知道如何爱才能得到救赎。

言归正传，参加这一次内部嘉年华必须获得专门的面具，参加比赛连续胜利的艾吉奥对面具势在必得。

但万万没想到冠军和面具都颁发给了新总督的私人保镖但丁。

但丁曾经是新总督的好友，但新总督看上了但丁的老婆，于是派人暗杀但丁，作为威尼斯卫队的卫队长，但丁连中数刀干掉了所有杀手，最后太阳穴插着刀跑了出来。

最终人活着，但脑子坏掉了，成为了新总督的卫士。

在风俗业小姐姐的掩护下，艾吉奥顺利的偷出但丁身上的面具，随后混进了嘉年华的内场。

新总督已经保持着警惕，一直在船上，然而艾吉奥站在岸边，掏出了达芬奇制作的袖枪，在烟花爆炸声中一枪毙命，随后逃出了嘉年华。

泰奥多拉修女拉着艾吉奥准备‘救赎’一下艾吉奥。

艾吉奥却表示，自己的罪过很大，于是泰奥多拉叫上了几个天使来拯救艾吉奥。

就在艾吉奥帮新上任的威尼斯总督清理前任留下的余孽时，但丁告诉了艾吉奥真相。

原来罗德里戈是故意将他们拖延在这，而他本人的目标则是……塞浦路斯。

时间来到了1488年，距离父兄死亡已经过去了快十年，可艾吉奥总是差那么一点手刃真凶。

罗莎帮助艾吉奥偷来了一份塞浦路斯到威尼斯的货运清单，同时，达芬奇通过这些年破译手稿，终于解密出了一句文字：

当第二件碎片被带到漂浮之都时，先知便会出现。

而这里面的碎片，很有可能就是罗德里戈货物中的一个，而漂浮之都很可能就是水城威尼斯。

显然，大事即将发生，而这似乎和马里奥大伯所说的地下宝库有关，再想到手稿很多都是从圣殿骑士那找到的，也就是说，罗德里戈可能也在找这个地下宝库。

第二天塞浦路斯的运输船抵达后，艾吉奥跟踪从船上下来的密使，果然发现了一个神秘箱子。

艾吉奥暗杀了密使卫兵，换上了他的衣服，一路跟着密室把箱子带到码头。

罗德里戈果然在这里，艾吉奥果断解决密使和密使卫兵。

罗德里戈冷笑几声，他说传说中的先知就是他，而自己手上箱子里的东西则是阿泰尔的【伊甸苹果】。