宇智波辉没想到的是，就在他挖木叶墙角的时候，大蛇丸又带着自己的一群部下窜了回来，他们这回准备突袭木叶的秘密研究院。这段日子大蛇丸凭借自己高超的科技手段培育出了两名木遁忍者，不过付出的代价是接近一千个实验品，几乎把他花了好几年才招募的部下都给折腾光了。

这两个人的体质更能适应不成熟的柱间细胞，所以实力达到了精英上忍的标准。之前抓来的大和已经被折腾得奄奄一息，大蛇丸想着没利用价值了便很友好的把他扔到了木叶医院门口。

这个举动第一时间就被木叶暗部给发现了，以旗木卡卡西为首的精锐部队当即出动。不久三代火影也被惊动了，这个时间点自来也带了一批人在村外追击云隐的间谍，村子里只有靠他老人家来撑门面。宇智波辉在村子边缘看到远处的紫皮大蛇时就知道大蛇丸回来了。这厮简直是丧心病狂，敢在那么中心的区域召唤万蛇。不过这些都跟自己无关，现在跑路才是最要紧的。

离开村子之后，宇智波辉等人一路狂奔来到了早年他置办下的安全屋。稍微休息了一下大家便一起讨论路线，干柿鬼鲛认为直接走东海岸到水之国，这样速度最快。宇智波辉却觉得通灵之岛事件之后，雾隐村肯定又是一波动荡，而且宇智波带土发现自己盯上的鬼鲛不知所踪了肯定也会动用资源进行搜寻。

思来想去之后他做出了一个相当大胆的决定，那就是让鬼鲛和巨萌谷签订单向契约，也就是只许巨萌谷把他给通灵回去，就像鬼鲛是大猫们的通灵兽一样。没想到这种有些歧视的处理方式鬼鲛当场就答应了，所以契约进行的很顺利。最后宇智波辉让漩涡穗乃果和其余四个人在安全屋里等着，他和鬼鲛先回去一趟。

宇智波辉先把小叶子通灵出来当坐标，接着让它向巨萌谷传递逆向通灵的指令。然后他和鬼鲛就被弄回去了。来到巨萌谷的鬼鲛觉得相当新奇，倒是鲛肌有些瑟瑟发抖。因为里面的大猫们体内都含有不同程度的仙术查克拉，所以它很有些惧怕。在把鬼鲛介绍给了胡服等人之后，宇智波辉还让漩涡泉子感知了一下鬼鲛的恶意，结果发现一点也没有。放下心来的宇智波辉立即和小叶子来了个互换通灵，他还得把剩下的人都带回去。

经过了一天的混乱，木叶这边也终于能静下来好好统计统计自己这边的损失情况了。虽然大蛇丸的通灵兽万蛇出现在了村子比较核心的区域，但并没有造成多大的人员伤亡。除了研究院的守卫忍者当场阵亡了四五个之外，大多数人仅仅是负伤而已。在拿到了一些机密资料之后，大蛇丸便和手下们迅速遁走了。

三代火影有些气急败坏，因为他也发现了对方的两个木遁忍者。当年木叶顶着压力让一百多人参与了柱间细胞的移植实验，结果这些人全部死亡了。没想到大蛇丸居然成功的培养出来了新型的木遁忍者，而且他们这次还将研究院里面大量资料给洗劫一空。深感心累的三代强忍着当场吐血的冲动，指挥着众人先收拾残局再说。

由于事涉木叶研究院，所以大蛇丸这次的行动也惊动了团藏。他看到木遁忍者的时候更是百感交集，随即对三代放任大蛇丸的行为深为厌恶。在联手逼退对方之后，团藏对着三代就是一顿埋怨，然后趁机要这要那，两人一通大吵之后不欢而散。