八月二十六日，李芳远与他的两个同母兄益安君李芳毅、怀安君李芳干及同母姐夫上党君李伯卿（庆慎公主之夫）等发难，袭杀了政敌奉化伯郑道传、宜城君南誾及富城君沈孝生（世子李芳硕的丈人）。李芳硕被迫出宫，并在逃亡途中被杀害。此外，神德王后康氏所生的另一个儿子抚安君李芳蕃及其女婿兴安君李济（庆顺公主之夫）等也在此次政变中被杀。李芳远等人声称是这些人假传王命召他们进宫探病，然后伏击他们，但实际上这是李芳远为了自保而采取的行动。史称“第一次王子之乱”，又称“戊寅靖社”。

政变成功后，李茂请李芳远登上大宝，但李芳远拒绝了，他“拔剑骂之”，并请求立兄长永安君李芳果为世子。李成桂被迫承认现状，立李芳果为世子。九月初一日，李芳远的爵位改为“靖安公”，出任右军节制使，而他两个兄长分别为中、左军节制，同掌兵权。九月初五日，李成桂将王位禅让给李芳果。十二月，李芳远三兄弟被补录为一等开国功臣。

失去王后康氏和儿子李芳蕃、李芳硕之后，李成桂患了一种像火一样堵塞喉咙说不出话的疾病。定宗李芳果不喜欢散发着血腥味的汉城，建文元年（1399年），李芳果以参拜神懿王后韩氏的陵墓为由，前往开京，就在开城寿昌宫定居。包括李成桂、李芳远在内的王室成员也都迁居开京。

李芳远三兄弟中，李芳毅无意王位，而李芳干和李芳远的野心产生了冲突。建文二年（1400年），两人的矛盾终于爆发，引发了“第二次王子之乱”（庚辰靖社）。李芳远与李芳干在开京街头火拼，最终李芳远取得胜利，李芳干被流放。建文二年（1400年）二月初四日，李芳远被立为储君。有大臣建议称他为“王太弟”，但李芳果表示自己“以弟为子”，故称“王世子”。十一月十一日，李芳果将王位禅让给李芳远，李芳远“涕泣不受”，最终“不获已受之”，两天后即位于开京寿昌宫。

经过两次变乱，痛失爱子和宠臣的李成桂对李芳远极其反感，时常离京出游。建文四年（1402年），李成桂借去故乡咸州祭拜祖陵的机会，策划安边府使赵思义起兵反抗李芳远。李芳远迅速平息了叛乱，但只杀了赵思义等十六人，并未追究李成桂及其近臣的责任。此后，李芳远一面加强对李成桂的监视，一面极尽“孝养”之能事，直到六年后李成桂去世。

五、巩固王权

李芳远即位后，立即采取了一系列措施巩固自己的王权。首先，他派签书三军府事李詹赴南京，向明廷奏闻自己的即位情况。明惠帝朱允炆批准了李芳远的袭位请求，建文三年（1401年）六月，明惠帝派遣通政寺丞章谨和文渊阁待诏端木礼前来朝鲜，正式册封李芳远为朝鲜国王。六月十二日，李芳远率领百官至汉城宣义门外迎接明使，并在无逸殿接受了册封。这一举动不仅得到了明朝的认可，也增强了他在国内的权威。

然而，就在李芳远巩固王权的同时，明朝爆发了靖难之役，朱棣（后来的明成祖）起兵反对建文帝朱允炆。尽管如此，朝鲜依然与明朝的建文政权保持了朝贡关系，两国的使臣往来频繁。建文四年（1402年）十月，李芳远任命河仑和李詹为贺登极使，前往明朝祝贺明成祖朱棣登上皇位。同时，他们向明朝礼部申请更换爵命印章。明成祖朱棣对李芳远的“识时通变”大加赞赏，遂派遣都指挥使高得和左通政赵居任前来朝鲜册封。永乐元年（1403年）四月八日，李芳远再次接受明朝的册封，正式成为朝鲜国王。

永乐元年（1403年）正月，李芳远派遣使臣前往明朝朝贡，同年四月，他又派遣臣子李贵龄入贡。李芳远在奏文中提到父亲李成桂有疾，需要龙脑、沈香、苏合、香油等物，并请求与明朝互市。明成祖朱棣对李芳远的请求表示赞赏，嘉奖他熟悉中国的礼节，并赐给他金印、诰命、冕服、九章、圭玉、佩玉等物。这些赏赐不仅提升了李芳远的威望，也加强了朝鲜与明朝的友好关系。

当时，朝鲜王室已经迁居开京（松京）数年，但宗庙仍在汉城。永乐二年（1404年）七月，李芳远以“天变地怪，屡彰警告”为由，指示群臣讨论是否还都汉城或将宗庙迁到开京。群臣多数倾向于后者，但李芳远不满意这一结果，命令维持现状。九月初一日，太上王李成桂传旨要求还都汉城，李芳远以此为依据，决定第二年还都。同时，他还以郑道传所建的景福宫风水不佳、是“山囚水渴、虏王灭族”的凶地为由，下令在汉城修建一座新的离宫，即昌德宫，供自己还都后常住。

永乐三年（1405年）十月十一日，李芳远带领王室成员回到汉城，二十日住进了刚刚建成的离宫昌德宫。昌德宫的建成不仅解决了李芳远的居住问题，也象征着朝鲜王室的重新扎根汉城。此后，李芳远再也没有迁都，除了朝鲜宣祖、仁祖时期因战乱而短暂逃离外，昌德宫一直作为朝鲜王室的主要宫殿。

六、禅位去世

李芳远有四位嫡子，分别是长子世子李褆、次子孝宁大君李补、三子忠宁大君即世宗李裪、四子诚宁大君李褈。世宗李裪并不是继承王位的第一继承人，而是当时的世子李褆。李褆曾前往明朝觐见过成祖朱棣，并成功完成了一次访问，这使他在朝野内外享有较高的声誉。然而，永乐十六年（1418年）六月，李芳远以“不好学问，沉于声色”“私通群小，恣行非义”“罔有悛心，反怀怨怒，愤然上书，辞甚悖慢，全无臣子之义”等理由，废掉了世子李褆，改立“英明恭俭，孝友温仁，好学不倦”的忠宁大君李裪为世子。

这一决定引起了朝野的震动，但也显示了李芳远对国家未来的深思熟虑。两个月后的八月八日，五十二岁的李芳远禅位于李裪。禅位仪式庄严肃穆，李芳远在众臣的见证下，将王位正式传给了李裪。十一月，李裪为李芳远上尊号“圣德神功大王”，以表彰他在位期间的卓越贡献。

禅位前后，李芳远不断肃清外戚，巩固自己的权力基础。他在禅位前陆续赐死自己的四个妻舅闵无咎、闵无疾、闵无悔、闵无恤，这些举措不仅消除了潜在的威胁，也展示了他坚决维护王权的决心。禅位后，李芳远又赐死亲家沈温，进一步巩固了新王的统治地位。这些残酷的手段虽然令人唏嘘，但也显示了李芳远的政治手腕和决断力。

永乐二十年（1422年）五月八日，李裪奉病重的李芳远移御汉城莲花坊新宫。十日，李芳远薨逝，享年五十六岁。他共计在位十八年，在上王位四年。李芳远的去世标志着一个时代的结束，但他的遗产却深远影响了朝鲜王朝的发展。他死后葬于献陵（在京畿道广州大母山）。明朝赐谥号为“恭定”，以表彰他在位期间的功绩。

清康熙二十一年（1682年），朝鲜肃宗为李芳远加上谥号“睿哲成烈”，以表彰他的智慧和成就。清同治十年（1871年），朝鲜高宗追上尊号“建天体极大正启佑”，进一步肯定了他在朝鲜历史上的重要地位。