小智他们在结束P1大赛后，旅行没多久，来到了神奇宝贝世界的化工厂-黑云市。
一到这里，小智就知道，这里是臭臭泥栖息的城市，但是原着中小智的那只臭臭泥呢…说老实话，水平不怎么样，天赋也不太行，跟随小智以后更是没获得过几次胜利，最后也只能在大木博士后院担任一个谐星的角色，下场可以说是比较倒霉的了。
最后，小智经过慎重的考虑，还是决定让臭臭泥继续留在那里当老大！
因为，就算自己强行把它带走，但是以它的能力天赋，迟早还是会追不上伙伴们的进度，这样的话，最后的结局它还是得回到博士的后院当一个谐星，这对它来说，实在是太不负责任了。
臭臭泥不是比雕和巴大蝴，比雕和巴大蝴的天赋虽然也一般，但一个有Mega，一个有超极巨化，就算本身一般般，但特殊强化能极大地拉高它们的上限，而臭臭泥就不行了，所以，与其把它带走，最后将它打入大木冷宫，还不如把它留在这里，和自己的族人们一起生活。
至少在这里，臭臭泥是统领一方的老大，虽然不敢说一定比跟着自己过得好，但绝对要比跟着自己过得潇洒！
然后，在抵达黑云市后，小智特地停留在了发电厂的进水口一会，阻止了前来捣乱的臭泥军团，并且跟它们进行了友好的沟通，和平的解决了黑云市的臭泥捣乱事件。
随后他们也是马不停蹄地继续往下一个道馆旅行着……
……
又旅行了许久…
今天，小智他们来到一处深山当中，他们看着地图发现，只要翻过这的某座高山，就能抵达下一间道馆了。
可是，地图显示，这附近全是高山，他们也不知道该翻越哪一座，最后，面对自己的日常迷路环节，众人在无奈之下，也只好硬着头皮走下去，只能祈求自己的运气了。
但在他们没走多久，一声剧烈的爆炸声引起了众人的注意。
而另一头正在享用午餐的火箭队也被这爆炸给搞砸了。
所有人对着爆炸声很是好奇，全都不约而同的顺着爆炸声的方向跑了过去。
等跑到公路时，小智等人见到一个工程基地，正在进行爆破，而运输物资的卡车也因为某种原因，全都四仰八叉地倒在一旁。
这时一名类似于包工头的工人踉跄地站了出来，他冲着一旁懊恼的大吼道
“又来了！又来了！又来了！”
“地鼠！地鼠灾啊！”
而小智也顺着他咆哮的地方看了过去，最后发现一群地鼠在远处欢快地伸…缩着。
波导与我同在！
知道这段剧情的小智，二话没说，直接释放波导之力想要与它们沟通。
他要知道地鼠们的田地，究竟在何处，才能带这个包工头过去，让他知道地鼠们的苦心。
不然的话，现在跟他说什么都没有用，搞不好，还会被他召集来的训练家们敌视。
【你们好，地鼠们，我是路过这里的训练家，我叫小智。】
【你好！(?ω?)】地鼠们见这个人类竟然能和它们沟通，也是友善地和他问好。
【地鼠们，说不来你们可能不信，但我其实知道你们的苦心，你们应该是不想让山林遭到破坏，从而引发不必要的灾难，才在这里搞破坏的吧。】
【哦？你怎么知道的？】地鼠们也是疑惑地看着小智。
【哈哈！这你们就不用管了，我想告诉你们的是，我其实也认同你们的做法，也不希望大自然遭受破坏，我希望你们能相信我，带我去你们的田地，然后，我会让这个家伙知道，他做的这一切，其实都是错的，这样我们才能解决好这个问题，不然，你们一直这样捣乱也不是个事，人类的力量，我想你们也应该了解过，一般训练家的神奇宝贝确实能够体会你们的苦心，但如果以后来了更强大的人，你们应该也抵挡不住！】
听了小智的话，地鼠们也在犹豫着，这个人类说得对，人类族群中，也确实存在着一批高手，他们不仅宝可梦的实力强大，自身的实力也不弱，如果他们过来，自己确实无法抵挡，但是，自己也不能凭这个人类的一面之词，就贸然相信他的话，现在地鼠有些犹豫了…
小智也看出了它们顾虑，继续微笑着说道
【你们不用这么紧张，我知道让你们贸然就相信我，确实有点唐突了，但你们完全可以相信我的诚意，这样吧，你们可以先观望观望，等我过去帮你们把这个家伙找来的训练家，通通劝走之后，你们再做决定也不迟。】
【既然如此，那好吧。】地鼠们也是开心地点了点头。
就在他们沟通结束的时候，一声嚣张的声音打断了他们
“第一批现在报道，其他的是我的啦啦队！”
“哟~茂少！好巧啊！”小智见到小茂也是热情地打了个招呼。
“哎呀！太巧了！这不是小智吗？”
“怎么，你也是被他们请来，解决地鼠的吗？”小茂见到小智也是十分地开心。
“小茂，你先过来一下，我有点事情要和你说。”听到此话，小智也是话锋一转，一脸严肃地说道。
“小智，到底怎么啦？”而被小智拉走的小茂，也是满脸疑惑。
“小茂，你听我说，地鼠其实并不是什么喜欢捣乱的神奇宝贝，那个家伙在这里修建水坝的话，以后一个搞不好，就会使这里山洪决堤，造成巨大的灾难，最后受苦的还是神奇宝贝们。”
“小智，你说的是真的吗？”闻言，小茂也露出了认真的表情。
“绝对不会有错，你也应该知道，我早已修炼出了波导之力，这都是我和地鼠们沟通所得。”小智随口编了个理由。
“那既然这样，我们应该阻止他们。”
“是的，我也是这样想的，不过，就凭我们两个人的力量，就算再加上小刚小霞，也无法和那么多的训练家抗衡，现在的当务之急是先糊弄走，他招募来的训练家再说。”
“你有什么办法吗？”
“你听我说……”
随后，小智和小茂商量好对策之后，也是齐齐地朝众人走来，从刚刚开始，小刚小霞就一直疑惑着小智的反应，这时，他们都想问问，到底发生了什么事？
但小智一个眼神，制止了他们，随后，小茂微笑着和包工头说道
“你是这里的负责人吧，请你带我们去集结的地方吧。”
随后，包工头带着他们一起前往了他们的工地……
……
等到所有人都集结后，负责人也是大声宣布了这次的任务，而小智则是无奈地叹了口气。
这种程度的训练家找再多人都没有用，它们的神奇宝贝还没被训练到可以无视一切，可以全心全意回应自己的训练家等级。
就这一步，自己还有很长的一段路要走呢，更别说他们了。
而远处观望的火箭队等人，也是谋划着接下来的方案
武藏：“你看看，这里聚集了这么多的训练家。”
而小次郎则是得意地说道：“但是不管怎么样，还是比我的登陆号码少啊！”
喵喵：“这个不重要！”说完，就给他的脸来了一记疯狂乱抓！
武藏：“对啊，小次郎你算算看，这里会有那么多的训练家，会有多少只神奇宝贝出现呢？”
小次郎闻言，也是拿出计算机认真的数道
“呃…一人有六只的话，天呐！有六倍的神奇宝贝耶！”
喵喵：“不用算就知道啦，猫要金币！神奇宝贝也要金币！”
武藏：“好久没有遇到这么多的宝物了！”
小次郎：“赚到了，大捞一笔吧！”
“呃！不行！不行！有困难！有困难！”小次郎好像想起了什么，也是一脸落寞地说道。
“都这个时候，你喊什么困难啊！”武藏也表现得十分不满！
但小次郎还是可怜兮兮的回答道
“你认为我们的神奇宝贝有办法打败那么多的训练家吗？”
“我有阿伯蛇。”
“我有瓦斯弹。”
说到这里，两人也是谈了口气
“不行…”
“像平常那样用骗的啊！”武藏又恢复了活力。
但小次郎还是那副丧丧的表情
“像平常那样，我们有赢过吗？”
“好像没有…”
“快想个办法！”喵喵也是不耐烦地插嘴道。
“既然这样，就只剩一个方法了！”
“要动用它吗！”
“没错！”
三人立刻同一时间恢复了活力！
“神奇宝贝进化的法则！”
……
回到广场，所有人都开始使用起自己的神奇宝贝，但没有一个人能成功把神奇宝贝们释放出来。