贼退入兰州，复遵义府。时有湄潭叛民王伦引贼焚掠。湄潭为川、贵险要。都司陈一龙追至水西境，降之。诸军进驻遵义。官军乘势复州、县、卫所凡四十余，惟重庆为樊龙等所据。重庆，古渝州地也，三面临江，春水泛涨，一望弥漫不可渡。其出入必经之要道，惟佛图关至二郎关一路。贼自通远门城濠至二郎关，连营十七座，宿精兵数万。监军副使丘志充、杨述程，总兵杜文焕帅兵进攻之，再战，几入其垒。

翌日，杜文焕帅参将杨克顺等直抵贼营，石柱宣抚官秦民屏率部兵绕出其后，贼惊败，遂连复佛图、二郎二关，杀贼三千余人，积尸深沟，两岸俱平，乘胜进逼重庆。

其地三面阻江，一面通陆，副使徐如珂率兵绕出佛图关后，与秦良玉攻拔之。奢崇明发卒数万来援，徐如珂迎战，檄同知越其杰蹑贼后，杀万余人。监军佥事戴君恩令守备金富廉攻斩贼将张彤，樊龙亦战死。天启皇帝告庙受贺，进戴君恩加官三级。朱燮元所遣他将复建武、长宁，获伪丞相何若海，泸州亦旋复。朝议录朱燮元守成都功，加兵部侍郎，总督四川及湖广荆、岳、郧、襄、陕西汉中五府军务，兼巡抚四川，

当是时，奢崇明未平，贵州水西土目安邦彦叛。安邦彦，安尧臣别枝也。安尧臣冒陇姓，并陇地，受抚，得袭其兄安强臣世职。安尧臣死，妻奢社辉、子安位年幼，安邦彦挟之反。时四十八马头与头目安邦俊、鲁连、安若山、陈其愚、陈万典等，蜂起和之。都司杨明廷以三千人败没于毕节。参将尹启易等自乌撒奔回沾益，炎方、松林皆不守，平夷卫亦为贼党李贤所破。

贼围普安、安南。云南都司李天常帅兵四千救之。贼将罗应奎伪降，诱至迭水铺遂发动，伏兵四动，李天常全军皆没。于是交水、曲靖、武定、寻甸、嵩明之间，骚然苦兵矣。贼分遣王伦、石胜俸下瓮安，袭偏、沅以断我军。王伦等，杨应龙余孽也。洪边土司宋万化纠苗仲九股，据龙里，安邦彦自统蜀贼苗仲数万，进围贵州。

自二月初九日薄城下，造云梯，制滚厢，筑墩台，百计攻城。按臣史永安悉力御之。贼沿山札营，四面伏路把截，以断城中出入，尽掘环城坟墓，杀掠甚惨。置木栅垒户墙，鸟雀不能飞渡。镇将张彦芳将兵二万赴援，隔龙里不得进。贵州总兵杨愈懋、推官郭象仪与贼战于江门白杵营，死之。

先是，水西未叛，管良相私与人曰：“奢氏反，安必继之。黔中无兵饷，猝然有变，计将安出？宜招兵万人，积二年谷，用许成名将之，以观其变。”以力不能止。后管良相以祖母病乞假去，部下泣而曰：“乌撒孤城，且与安效管良相仇，水西有难，祸必首及。“管良相亦泣：”我只身无子，愿以死报国。乞图长策，保此一方。”管良相遂留守，甫一月而难起。乌撒卫被安邦彦攻破，管良相自缢死。