到了崇祯末年五军都督府早已形同虚设，所以卫所制度单从军事角度看也就名存实亡了。

现在明朝的军事制度是军与兵共存，是明朝独有的军事制度。

军属卫所，由小旗、总旗、百户、千户、卫指挥使、都指挥使，上而至五军都督府统辖。

卫所军及官世袭，仅五军都督府官及都司不世袭，为流官，由世职卫所官及武举选授。

卫所军及官属军籍，携带家属，世居一地，并代代相传，基本上不再变动。

兵属营，由什长、队长、哨官、把总、守备、都司、游击、参将、副总兵、总兵统属，直属兵部。

兵一般不世袭，但由卫所军转为兵者例外。兵无户籍的规定，兵服役期限不长，一般不终身服役，多战时创设，事毕汰兵撤营，但在重要的军事防御卫则常川戍守。营兵不随家属，更接近现代兵制。

而这次方正化的一个主要任务就是在辽东试点朱慈烺制定的新军事制度，朱慈烺称为军团制，全部由职业兵组成的现代兵制。

明代的军户，根据永乐年间，左都御史陈瑛所说，“以天下通计，民不下一千万户，官军不下两百万家。”

军户竟然占到了全国五分之一的人口，这数字大的可怕，如果按照预想的那样，大明几乎就是无敌的，被兵力仅有十三万的清虏窃国，简直就是天方夜谭。

军户是怎么来的呢？

一是继承。洪武二年，发布命令说:“凡军、民、医、匠、阴阳诸色户，许以原报抄籍为定。不许妄行变乱，违者治罪，仍从原籍。”

命令明确地规定元末人户属军籍的，到了明代依然是军户，不许变乱、脱籍。

二是“垛集”。史载:“明初，垛集令行，民出一丁为军。”。

根据《明史》的解释，“从征者，诸将所部兵”，就是原来参加元末农民起义的战士。