随着织田信长这一举动，武田家与织田家的关系瞬间变的微妙起来，毕竟当初是武田家牵头让双方达成停战协议的，现在织田信长撕毁协议让武田家十分尴尬。

而本愿寺也借助逃往中的足利将军名义，拉拢四国地区大名和毛利家与织田家对抗。

同时上杉谦信也正式响应足利义昭的请求出兵上洛，织田包围网再次形成，这种种变故打的武田信谦措手不急，原以为会是短暂和平的一年瞬间再次被战火点燃。

织田信长命令柴田胜家与羽柴秀吉一起率军进攻加贺国，丹羽长秀则固守京都，泷川一益率军进攻长岛，平定长岛一向一揆。

同时被北畠具房养嗣子，并且迎娶北畠具教之女的织田信雄，察觉到北畠具教有谋反之意，率众去暗杀北畠具教。

当天夜里北畠具教听说自己女婿和旧臣来访，别满心欢喜的将他们请进屋内，谁知突然旧臣长野左京亮举枪刺向北畠具教，北畠具教慌忙从身旁抽出太刀挡下这一击，而此时周围早已被织田信雄所收买的人也一起起身向他进攻过去。

虽然北畠具教师从剑圣冢原卜传，并且是闻名天下的大剑豪，但是在人数的压制下，即便是他也应对乏力，终于在斩杀逆臣19人，重伤100余人后跳上七尺余高的石垣后用自己的爱刀自杀身亡。

与此同时伊势的豪族长野具藤及北田氏一族也被织田信雄在居城田丸城杀害，仅北畠具房一人得以幸免，至此伊势已全部被织田家占领，再也没有任何反对势力存在。

八月，越中、能登、加贺、摄津、播磨、淡路、丹波、丹后等国都已经进入了全面战斗状态，泷川一益集中兵力在织田水军九鬼嘉隆帮助下成功扫清长岛城中周围大部分势力。

一向宗门徒将家人全部迁到群岛中心的长岛城上进行最后的抵抗，而织田信长的弟弟织田信兴与兄长织田信广也在这场战役中战死，最终被围困在长岛城中的一向一揆军们无奈之下向织田信长请求投降，但是愤怒的织田信长直接拒绝了他们的要求。

“杀死信广、信兴之仇不共戴天，怎么可轻易放过他们，这一切都是他们应有的报应，我要让他们全部埋葬在那里，祭奠所有死去的将士们！”

之后织田信长命人强攻仅存的三座城池长岛城、中江城与大鸟居城，终于大鸟居城率先失守，守军弃城逃往，但还是被织田家发现并追上全部斩杀，男女老幼近千余人被杀死。

竖日长岛城再次向织田信长请求投降，于是织田信长假装接受他们投降，将他们骗出城内，在他们登上船只将要离开的时候，泷川一益命令周围埋伏的将他们射杀，而没来的急出城的人们见到织田军惨绝人寰的大屠杀后，紧闭大门誓死不投降织田军。

之后织田信长命令泷川一益将这两座城的城门用木栅封死，放火烧毁这最后的两座城长岛城与中江城，城中的一向宗信徒们在烈火中口颂“南无阿弥陀佛”，从容赴死。

此战织田军共屠杀平民近两万多人，而之前火烧比叡山时也才仅仅是数千人而已，才没过几年织田信长又进行了这种惨无人道的屠杀，知道这一切后愤怒的摄津平民们毅然加入本愿寺僧人中保卫自己的家园。

鉴于织田信长这种惨无人道的屠杀，织田包围网中本愿寺、毛利、赤松、一色、上杉等大名联名一起向武田信谦送来了文书，希望武田家加入织田包围网剿灭织田信长。

而虽然在长岛获胜但同样损失惨重的织田信长，也送来了文书请求武田信谦出兵进攻上杉家，同时送来的还有朝廷官职左京大夫的任命文书。