燕王朱棣已经开始称兵造反了，但眼下的耿炳文感到很郁闷，因为眼下的建文皇帝朱允文已经委派他为大将，命他全权讨伐燕王朱棣，更要命的是，严厉的要求他，不许伤害他的叔叔，这就有些瞎扯淡了。
历史上的他也没有什么好下场，即便已经投降了燕王朱棣，1403年，都御史陈瑛上疏朱棣，诬告耿炳文僭用龙凤图饰。收到奏疏后，朱棣大为震怒，下旨逮捕赋闲在家的耿炳文。在说到耿炳文时，朱棣难掩愤怒：
“耿炳文不思圣恩，以红革呈做玉带，服饰、器皿采用龙凤装饰，大逆不道，其心可诛。”
不久后，耿炳文畏罪自杀，他的妻妾、子孙也遭到屠戮，耿氏一门家败人亡。然而，在道光年间，云南出土了一块明初墓碑，墓碑的主人恰是耿炳文的幼子耿琦。根据墓志铭所记，耿炳文却早在真定之战时就已阵亡。那么耿炳文是不是如史料记载的那样“畏罪自杀”呢？他与朱棣之间发生了什么？他的真实死因究竟是什么呢？
耿炳文是耿君用的儿子。1353年，朱元璋受到郭天叙排挤，率领“淮西二十四将”南下定远，独立开创事业，耿君用就是二十四将中的其中一员。
耿君用是朱元璋麾下猛将，跟随他攻略滁州、抢占和州，渡江夺取应天，功勋卓着。然而，在宜兴之战时，耿君用遭到张士诚包围，惨死战场。
朱元璋惯用“兄终弟及，父死子继”的手段笼络人心。在朱元璋争夺天下期间，冯国用死后，朱元璋重用了他的弟弟冯胜。廖永安死后，他又以廖永忠为将。因此在耿君用死后，他的长子耿炳文就成了管军总管，而耿君用昔日的部下也纷纷投奔在耿炳文麾下效力。
俗话说“新官上任三把火”，耿炳文接管军队后，先在长兴击败张士诚麾下大将赵打虎，后又擒获敌首答失蛮，搅扰的张士诚不得安宁。
当时，朱元璋对耿炳文的防守极为赞赏，故而将他放在太湖西岸的长兴，看守张士诚。在长兴期间，耿炳文多次采纳谋士温祥卿的建议，加固城防，整军备战。
1357年，张士诚以潘元明、严再兴为帅，围攻长兴，却遭到耿炳文的猛烈还击，损失惨重。不久后，张士诚又以李伯升为将，统兵十万，分兵两路攻打长兴。朱元璋急调陈德、华高支援耿炳文，却遭到李伯升的伏击，全军覆灭。而耿炳文在长兴城内仅依靠7千兵勇，硬是抗住了李伯升的数十次攻击。防守长兴城一个月，耿炳文将李伯升牢牢地拖在城下，待到常遇春的援军到时，耿炳文又紧急出城，与常遇春前后夹击李伯升，大获全胜。
此战后，常遇春在上报给朱元璋的奏折中，声称耿炳文为“宿将”。在朱元璋麾下诸将中，常遇春的地位、能力仅次于徐达，能够得到这位统帅的赞赏，足见耿炳文的实力绝非一般。
“守强攻弱”的耿炳文
一年后，陈友谅、张士诚相约共同围剿朱元璋。陈友谅兵多将广，实力雄厚，且战舰众多。他顺江而下，直捣应天。然而，在陈友谅与朱元璋大战龙湾时，张士诚却被耿炳文再次阻拦在长兴，无法西进。
当时，张士诚以吕珍为将，分兵三路奇袭长兴。可在抵达长兴城下时，遭到耿炳文的连番攻击，大败而归。极为震怒的张士诚又将徐义派往战场，欲与耿炳文拼个你死我活。可耿炳文并未与徐义决战，反而采取各个击破的战术，迫使徐义再次退兵。
耿炳文镇守长兴十年，张士诚攻打了十年，却从未跨越长兴一步。在徐达、常遇春扫荡大江南北时，朱元璋的宿敌张士诚却被耿炳文硬生生地压在浙东，无法兼顾天下。纵然他不像冯胜、邓愈那样冲锋陷阵，却也不可或缺。
在朱元璋登基称帝时，他曾在诸将面前直言：“耿炳文的功绩，与徐达一样。”可见，在朱元璋的心中，他是极为认可耿炳文的防守作用的。
朱元璋消灭陈友谅、张士诚后，耿炳文的防备任务宣告结束。在北伐时，耿炳文跟随徐达、常遇春攻克山东、河北，功勋显着。
因此，耿炳文成了第一批受封的明初功臣，朱元璋晋封他为长兴侯，赐免死铁券，而耿炳文的父亲耿君用也被迁入功臣庙。
耿炳文虽然受到朱元璋的信赖，可他从未担任过战场大将。无论是讨伐北伐蒙元、南征云南还是兵临捕鱼儿海，耿炳文的顶头上司不是徐达、傅友德，就是蓝玉。朱元璋一向看人很准，他深知耿炳文防守有余，而进攻不足。在明初四处东征西讨的战事中，他只能充任偏将。
耿炳文“守强攻弱”的缺点让他无法进一步成长为徐达那样的军事统帅，可在多疑成性的朱元璋心中，这也是他的优点。
1392年，太子朱标病逝后，朱元璋将屠刀挥向了昔日部下。蓝玉、王弼相继被杀，冯胜全家被赐死，傅友德也成为朱元璋刀下的亡魂。唯有耿炳文、郭英二人逃过一劫。郭英忠心耿耿，谦逊小心，从未对朱元璋心生不满。而耿炳文得以保全的原因，就在于他只会防守，不会进攻，对朱允炆构不成任何威胁。
为了笼络耿炳文，朱元璋还下旨将朱标的女儿、朱允炆的妹妹江都郡主嫁给耿炳文的长子耿璿。通过联姻的方式，将功臣宿将的利益与皇室绑在一起，从而驱使他们为国效力，是朱元璋一贯的手段。
然而，朱元璋病逝后，朱允炆却在黄子澄、齐泰的鼓动下大肆削藩。短短两个月内，他就废掉了周王、齐王，还逼死了湘王朱柏。远在北平的燕王朱棣日夜惴惴不安，终于在姚广孝的劝说下，起兵靖难。
朱棣的谋逆之举早在朱允炆的意料之中，而他也准备好了13万兵马，交付耿炳文。朱允炆家底虽厚，却极其不善用人，耿炳文“守强攻弱”，让他带兵北伐朱棣，无异于飞蛾扑火。
耿炳文刚刚抵达真定后，先锋营的9千兵马就遭到了朱棣的突袭，损失惨重。而在朱允炆的不断催促下，耿炳文又不得不继续进攻，在全军渡河之际，朱棣突然杀出，又击杀了耿炳文麾下两万余人。