然而。

好景不长。

在经历九尾破坏木叶事件后，木叶高层怀疑这场变乱是宇智波一族的族人干的。

因为能操控九尾的只有宇智波一族的写轮眼和千手之力。

于是在志村团藏的建议下对宇智波一族地区进行24小时监控，使宇智波一族从木叶中孤立。

加原本宇智波族人就对自己的处境十分不满，村子和宇智波一族的关系变得越来越恶化……

他们企图在宇智波鼬的父亲宇智波富岳领导下的政治斗争中夺取自己的地位。（宇智波富岳是宇智波一族族长、木叶警务部队长，同时也是宇智波鼬、宇智波佐助的父亲。）

因为二代目火影以建立木叶警务部队为由将宇智波一族隔离的木叶基本政策而不满的宇智波族人终于发动政变。

（木叶警务部队：第二代火影·千手扉间所建立的木叶警务部队，由宇智波一族的人担任，负责维护村子的治安。这既是表达了二代目火影对宇智波的信任，同时也可以观察宇智波的一举一动，这让宇智波一族的人对此十分不满。）

在宇智波一族计划发动政变的前夕。

鼬的好友宇智波止水计划用别天神阻止宇智波的政变。

但在计划实施前却被志村团藏偷袭，被夺去右眼。

止水知道自己的万花筒写轮眼瞳术别天神太过于可怕，且担心最后仅剩的左眼也落入团藏之手，他将左眼托付给了宇智波鼬，让鼬用它守护村子，并保守这个秘密。

（别天神：可以在不被对方发现的情况下直接入侵对方的大脑，修改对方的意志，通俗点说就是此术可以“让施术者所看见的人都化为他的傀儡！”，被誉为“最强幻术”。）

之后，为避免因他眼睛而引起战争，同时也是为了帮助宇智波鼬开启万花筒写轮眼。

临死前他拜托宇智波鼬要将村子和宇智波之名守护好。

最后，他制造了自毁双眼的假象，然后跳河自尽。

宇智波鼬亲眼目睹止水自杀，极度的伤心让他开启万花筒写轮眼。

止水在遗书中说：“已经厌倦了任务，如果这样下去宇智波一族没有未来，所以我也不想这样走下去了”。

过后。

宇智波一族因为宇智波止水的自杀而元气大伤，士气低落。

但是族人仍然决定发动政变。

毕竟也是属于暗部的一员。

鼬对木叶高层汇报了这一情况，在场的高层中只有三代目火影猿飞日斩坚持想以和平谈判的方式解决宇智波一族的政变。

但因为此时事情已经来不及改变，只能说让鼬帮他争取一点时间，事实除了歼灭宇智波一族之外已再无其他办法。

这时，志村团藏之后找到了宇智波鼬，以鼬的弟弟宇智波佐助的性命作为交换让宇智波鼬诛灭全族并对佐助保密。

三代目火影猿飞日斩也默许了这个事实并答应鼬保护他的弟弟。

进退两难的鼬只得答应了这个计划。

鼬的回忆（灭族前夕）。

鼬跪在父亲宇智波富岳的面前：“我明天要去执行任务。”

宇智波富岳：“什么任务？”

鼬：“这我不能说，是机密任务。”

宇智波富岳似乎想到了什么：“鼬，你是我们一族与村子中枢之间的重要沟通渠道，你应该知道这一点吧。”

“呃。”鼬一副心事重重的样子。

宇智波富岳：“将此铭记于心吧，然后一定要来参加明天的集会。

事实。

为了保护村子防止其他国家趁虚而入，也是为了止水的意志和弟弟的性命。

鼬在痛苦与煎熬中被迫接受了灭族任务。

政变当晚宇智波鼬和宇智波斑（实为宇智波带土，视频中并未揭露其身份）联手诛灭了宇智波全族。

宇智波鼬含泪与父母道别，他们将佐助托付给了鼬，并给弟弟设定了一个向自己复仇这一目标之后逃离木叶。

临走前威胁团藏如果敢伤害佐助就将村子情报出卖给敌国。

鼬的回忆（灭族当晚）。