“抚台大人，这潼关的景象真是凄惨啊，闯贼将全城烧得片瓦无存，连城墙都拆毁了。南边的山里，足有四五千座新坟。”一名军官向孙传庭汇报道。孙传庭说：“我还一直奇怪，潼关卫原本直辖于中军都督府，却突然划归陕西都司，由我管辖。原来如此，是因为已经被拆平了，才把烂摊子扔给我了。”
去年秋天孙传庭复出之后，很得崇祯信用，很快就升到了顺天府丞。今年三月时，陕西巡抚甘学阔在去年没堵住高汝利和郭汝磐，导致他们到韩城和李自成会合，还编假战报糊弄朝廷的事情被拆穿了，于是他也被罢了官。
甘学阔实在不是打仗这块料，就连郭汝磐这种二流反王，他也连打一打的勇气都没有。而且他筹措军饷太不讲方法，得罪了很多人。明末农民战争爆发至今，陕西已经换了七个巡抚，没有一个有好下场，都是灰溜溜地滚蛋了，陕西巡抚一职虽然显赫，却成了烫手的山芋，没人肯接了。此时执掌吏部的是谢升，此人性情傲慢，孙传庭这种脾气，和他处得来才见鬼呢。谢升有心要坑孙传庭，打算推荐他担任陕西巡抚，没想到孙传庭一点都不怵这个，反倒蹦着高地主动要去陕西。
但是便殿召对时，孙传庭便和崇祯闹了个不愉快。孙传庭提出秦军主力集中在边镇，但流寇最活跃的地方是关中，这就使得陕西巡抚手上的兵力与承受的压力严重不符。崇祯咬着牙给了孙传庭每年六万两银子的经费，剩下的就让孙传庭自己想办法了。陕西的缺饷实在是严重，崇祯也不得不放开口子，允许孙传庭自己筹钱。
孙传庭组建了一支三千人的抚标，每年六万两银子，只够他们的军饷而已，要出兵打仗，必须另有经费。何况只有三千人的话，也起不到什么作用。理论上来说，西安、汉中、潼关等地的各卫所的兵丁应该有三万多人，但实际上除了少数军官的家丁之外根本不能作战。
经过了和洪承畴的一番讨价还价，孙传庭又凑了些正经的营兵，王根子部二百人，赵大胤部七百人，解文英部六百人，王国栋部六百人，李国政部一千四百人，咸阳参将尤捷、都司贺英、守备马虎三部一共八百人。原本韩郃参将王永祥的兵马也要划到孙传庭麾下，但是他在高汝利和郭汝磐到韩城时被顺手歼灭了。洪承畴原本答应再调两千甘肃兵给孙传庭，然而有情报显示，贺兰部近期在青海活动频繁，此事只好作罢。
各部都有些缺额，加在一起，孙传庭一共有大约七千人的兵力，不过兵马分散在各地，孙传庭真正能随时出动的机动兵力依然只有三千标营。为了让这七千人保证战斗力，每年需要三四十万两银子，崇祯给的那点钱是杯水车薪。陕西本地的财政经过连年的荒旱和战乱，已经严重缩水，从百姓身上敲骨吸髓剥下来的那点钱，首先要供养秦王、瑞王、韩王、庆王、肃王五藩的宗室，其次要提供延绥、固原、宁夏、甘肃四大军镇的军饷，最后再加上大小官吏的好处，实在不剩什么了。
再压榨老百姓，流寇就更多了，想劝士绅出钱，他孙传庭也没这么大的面子，从京城到潼关的这一路上，孙传庭一直在思索到底从哪里搞钱。来到潼关之后，见到潼关卫的组织机构已经被王瑾彻底摧毁，有贪蠹之名的军官几乎被杀得一干二净，孙传庭一方面因为了解了王瑾处置瘟疫的情形，心中对闯军的提防度连升三级，另一方面倒觉得，这是一个好机会。
明朝的卫所屯田制度已经败坏到了极点，孙传庭自己祖上就是军户出身，对此再清楚不过。很多军官世家的子弟都像孙传庭一样参加科举成为士绅，由此形成了一股文武结合的庞大势力。这些豪强侵占卫所的军屯田地，拿士兵当成农奴，这样一来，本来应该用于养兵的军屯收入都流入了军官、豪绅的腰包，卫所军变得毫无战斗力。
所以孙传庭的思路就是：对于卫所的军屯进行彻底的清查，默认占田的现状，不再直接让卫所兵服役，就把他们当成地主和农民，按照田亩和丁口征收钱粮草料，然后用这些钱粮招募没有足够土地的卫所余丁作为营兵，重新训练成职业雇佣兵。
孙传庭的思路是很正确的，严格来说，清军入关之后废卫所，行绿营，其实就是洪承畴学习了孙传庭的办法再教给他们的。这种政策虽然妨碍了军官、士绅的利益，让他们出钱，但毕竟默认了他们占田是合法的，没有刨他们的根，是一种烈度较低的渐进式改革。目的是为了筹措围剿各路反王的军费，也预防兵变，以免大家同归于尽，符合历朝历代封建王朝改革的一贯思路。用一句这个时代没有的话来说，是符合地主阶级的根本利益的。
然而，这件事由大清的三边总督孟乔芳来办就办得成，由孙传庭来办就办不成。当然不是因为孟乔芳的能力比孙传庭强，而是因为孟乔芳是汉军旗人，一般的汉官拿他一点办法都没有，再加上八旗兵的武力后盾，孟乔芳除了反清义军之外谁都不用怕。那些背叛了李自成的陕西军官、士绅，为了防止闯军打回来找他们算账，也只能和大清一条心。纵然清查军屯之后他们得出一些钱，总比李过、高一功、刘体纯、袁宗第、郝摇旗等人打回来之后拿他们当汉奸处置，均他们的田要强。
而孙传庭只是个空降来的巡抚，带着六万军饷和三千新兵，随便哪个言官都能弹劾他。以他的实力，向这个自己出身的阶层开炮，想从豪强嘴里抠出钱来，就算短时间内能取得成效，也注定是不能长久的，孙传庭这样办事，势必遭人嫉恨，被各路官绅群起而攻之。
相比之下，洪承畴就“聪明”得多，他不是不知道军屯里有很大的问题，可他知道这里面涉及的利益攸关方太多，不是轻易动得了的，因此，他宁肯对此视而不见。他是个“识时务”的人，在自己的能力范围内，会尽可能地努力为自己的主君工作，但凡是可能惹祸上身的事，他一件也不会做。就算这样会导致他效力的王朝灭亡，他也并不在乎，反正不管怎么改朝换代，总得有人去镇压那帮刁民，总有用得着他洪承畴的地方。
当一个阶层集体短视，采用饮鸩止渴的方式疯狂聚敛时，你作为这个阶层的一员，偏偏头脑清醒，甚至还想拉着整个阶层舍弃短期利益，追求长远利益，纵然你打心眼里还是要捍卫本阶层的利益，希望大家生存得更好，你还是会被当成叛徒，好一点的话，也是个狂人。
昔有一国，国有一水，号曰“狂泉”。国人饮此水，无一不狂，唯国君穿井而汲，故无恙。国人既狂，反谓国君之不狂为狂。于是聚谋，共执国君，疗其狂疾。针药莫不毕具。国主不胜其苦，遂至狂泉所酌而饮之。于是君臣大小，其狂若一，国人乃欢然。
既然孙传庭已经做了“狂人”，又不肯像那个国王一样接受治疗，他的下场也就可以预见了。