百闻阁：阁主灵照真人（化神后期），祁连浮岛。负责协调各宗事务，维持门派日常运转。有大量修炼室、法术练习场；同时有藏书阁和阅览室，可以研习五行法术、异术、阵法等杂学。有公用炼药鼎，药材、火种需自备。

凤仪阁：阁主冰矶真人（化神后期），泉山浮岛。种植各类药草，饲养灵兽，无阁中信物不得随意进出。

地涌万金阁：阁主荣富（合体初期）。浮岛名为“天地熔炉”，岛上有大量冶炼炉，炼器师的聚集场所，主要炼制各种法器、灵器。夜间有低阶修士的擂台赛场开放。

风息阁：阁主碧微真人（生前为化神后期）。无浮岛，负责情报收集，包括修真界及凡人界的奇闻异事，其他各门派势力要闻，以及部分灵山内部重点人员的监视。

“三宗”为人才培养单位，是所有低阶修士、部分高阶修士的日常居所。所有入门者皆为灵山外门弟子，部分弟子由前辈看中，可收入自己门下，登记造册后成为正式亲传弟子。

正一宗：前任宗主沈宣（合体后期），现宗主未定，暂时由灵照真人兼任。正一浮岛。大部分地区灵气较为稀薄，是所有入门弟子的安置区域。

天一宗：宗主九鹿真人（合体后期），天一浮岛。入门后决心坚持全真道法、愿意恪守戒律者，可进入天一宗。破戒掉阶者无论是否能够重修回原来的实力，都将被天一宗除名，可选择回到正一宗。

剑宗：宗主梅宴，梅山浮岛。原梅山剑宗合并入灵山派，其浮岛为梅宴一人所有。门下收容所有正统体修与剑修（如果有的话）。

特殊地点，君山浮岛：云空上人日常居住，高阶修士闭关场所，有试炼秘境入口。后山的“寒冰洞”被用来当做违反门规弟子的牢狱，因该地区极端环境，也有一些水属性修士在附近修行。

各门派无具体工作责任的闲职，均可称为“供奉”，多为实力强、辈分高的修士。