之后，女娲和四大神兽倾尽毕生神力，将魔族尽数囚禁于若水对岸，设下结界，平息了这场浩劫。

浩劫平息后，女娲和四神兽的灵神也消耗殆尽。四神兽的元神尽数碎裂，化为东西南北二十八星宿；而女娲将三界众生托付给其座下六玄尊之后，亦随之陨灭。

自此，混沌纪宣告结束，进入上古纪。

六玄尊接掌三界后，各司其职，共治三界秩序。浩劫过后，神族所剩无几，故挑选凡界生灵之中天资卓越者加以点化，形成灵体，允其修炼飞升。若能升阶至元君，便可自行点化生灵。

是时，仙族兴旺繁盛，自成一界。

然好景不长。几千年后，魔族冲破结界，强渡若水，大举反攻。仙神人冥四界组成联军合力对抗，不料魔族异常强大，联军死伤惨重。最后，六玄尊之二——后土尊神和紫微帝君与魔界大帝同归于尽，魔族被尽数剿灭，动乱终被平息。

经此动乱，神族愈发凋零，故与仙界合二为一，是为天界。天界以玄尊为上，其次为诸神、星君和元君，再为上仙，又为下仙，灵体为末。

至此，天人冥三界格局终于稳定。

此后，六玄尊之三——勾陈、青华、长生三位帝君相继归隐，太微帝君登基为天帝，为天地共主，统领三界。

自此，上古纪结束，进入玄虚纪。